生成PSSM矩阵

最新推荐文章于 2023-07-13 18:52:08 发布
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分类专栏： 生物信息 文章标签： 线性代数
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cdhit90_muscle_trim_round2-remove-gap.fa为cdhit之后的fasta,也可以直接使用下载的fasta序列，无需cdhit,生成cd90_trim_remove_gap一系列文件

unbuntu@unbuntu-virtual-machine:~/1funclib/1gsk$ makeblastdb -in cdhit90_muscle_trim_round2-remove-gap.fa -dbtype prot -out cd90_trim_remove_gap

生成PSSM矩阵

unbuntu@unbuntu-virtual-machine:~/1funclib/1gsk$ psiblast -query 1gsk.fasta -db cd90_trim_remove_gap -out out_trim -num_iterations 3 -out_ascii_pssm cd90_trim_remove_gap_pssm
lengedd
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Trinity转录组无参组装
mushroom234的博客
11-24 2541
软件trinity使用流程 1. 数据下载 从NCBI的SRA下载原始下机数据，选择双端测序的Pair-end,但是一般只有一个文件，需要进行格式转换与解压： 2. 安装软件 本次全部使用conda进行，在conda中安装trinity和其他附带软件： conda install -c bioconda blast conda install -c bioconda trinity 还需要安装sratoolkit，但是conda中没有找到这个软件，所以直接wget了，如果此链接失效可以寻找其他链接：
PSSM算法英文原版
04-24
与级联阴影映射算法相似，同样将场景划分区块进行不同程度的渲染
如何生成PSSM矩阵
weixin_43405130的博客
01-03 5297
这里写自定义目录标题如何生成pssm矩阵1.安装psiblast软件2.添加数据库3.使用功能快捷键合理的创建标题，有助于目录的生成如何改变文本的样式插入链接与图片如何插入一段漂亮的代码片生成一个适合你的列表创建一个表格设定内容居中、居左、居右SmartyPants创建一个自定义列表如何创建一个注脚注释也是必不可少的KaTeX数学公式新的甘特图功能，丰富你的文章UML 图表FLowchart流程图...
linux系统下使用psi_blast生成位置特异性打分矩阵（PSSM)
isxz
01-17 7120
作为一个新手，初次使用PSSM矩阵，感觉无从下手，经过一番研究，终于得到了生成PSSM矩阵的方法，为了给更多像我这样的小白一点思路，特写下我做PSSM矩阵的一些方法，希望能给大家一些帮助，也欢迎大家进行批评指正。 1.下载ncbi-blast,下载地址为：ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/，选择适合自己电脑的版本...
pssm
heiyubai027的博客
10-08 1127
本文中的Windows平台本地化blast2.9生成pssm的方法主要来源于以下两篇文章 https://blog.csdn.net/cpc784221489/article/details/88879650 https://blog.csdn.net/cpc784221489/article/details/88879650 然后根据自己的实际情况以及文件的路径略微进行了调整。 1、cm...
PSSM矩阵（位置权重矩阵）
zjy1125的博客
05-18 8370
PSSM矩阵（位置权重矩阵） 定义 -参考维基百科 -同时参考这篇优秀的博客： http://www.nohup.cc/article/112/ 可以反映出每个位置上不同碱基出现的频率，矩阵每一列表示相应位置上碱基出现的频率。 构造PSSM的第一步：通过计算每个位置上每个碱基出现的次数来创建一个基本频率矩阵（PFM) 第二步：标准化，用每个位置的原核苷酸计数除以序列数。构建位置频率矩阵 给定一个长度为l的序列集合X (N), 第三步：构建位置比重矩阵 获得PSSM矩阵 参考了以下博客： -ht
PSSM阴影 原论文
10-30
PSSM阴影原论文，高效大规模场景渲染使用。 可以供图形渲染开发人员学习研究使用。 英文版，但论文讲解透彻，原理也相对简单,容易看懂。
ABC.rar_ABC_PSSM ON EXCEL_PSSM matlab
09-24
PSSM是一种生物信息学中的矩阵模型，用于描述核酸或蛋白质序列中每个位置的碱基或氨基酸的偏好。 描述 "EXTRACT PSSM INFORMATION FROM EXCEL INTO MATLAB" 提供了主要的操作流程：首先，我们需要从Excel文件中提取...
PSSM算法的HLSL源代码
08-05
PSSM通过将场景空间分成多个区域，并为每个区域生成独立的阴影贴图，从而提高了阴影的视觉质量。 **HLSL（High-Level Shader Language）基础** HLSL是DirectX API中用于编写图形着色器的语言，类似于OpenGL的GLSL...
generatePSSM.py
05-03
使用PSI-BLAST通过多序列比对生成PSSM的脚本。PSSM是位置特异性得分矩阵，L*20维（L指蛋白质长度）。PSSM中包含了蛋白质序列的进化信息，PSSM中的元素是进化过程氨基酸的保守型，起功能性作用的氨基酸其PSSM中的值会...
gpu_pssm:基于 GPU 的滑动窗口 PSSM 评分实现
06-20
GPU PSSM 滑动窗口 这是 Python 中滑动窗口矩阵评分方法的基于 GPU 的实现。 它加快了对大量序列数据的评分，对于宏基因组等更大的数据集很有用。 在此存储库中，您将找到： gpu_pssm.py ：包含主要评分函数score_sequence() 。 有关更多文档和使用示例，请参阅函数定义。 cuda_benchmark.py ：用于帮助标杆代码评估最佳参数与CUDA功能的卡来使用。 score_metagenome.py ：利用 GPU 方法根据结合位点的主题对大型数据集（ ）进行评分。 这些脚本的依赖项是： ：选择它是因为它是 NVIDIA 认可的 CUDA 的 Python 实现。 它有很好的支持，并且正在积极开发中，而且该许可证对学者（任何拥有 .edu 电子邮件地址的人）是免费的，因此可以免费用于研究。 要获得 NumbaPro，首先安装 ，然后按
python 服务器批处理得到PSSM矩阵
Daisy4的博客
07-20 1326
批处理获得蛋白质的PSSM矩阵
python的计算_python计算smoothed PSSM（二）
weixin_31913557的博客
02-10 416
Overview上一篇文章python计算smoothed PSSM(一)当中，介绍了以当前氨基酸残基为基点，左右取相同数目的序列，然后叠加计算。Chris介绍，这样的算法有特定的用场：蛋白质后修饰。但是，普通的蛋白质序列提取特征就不太适用了：因为窗口值(smoothed window)只能取奇数，而如果有偶数长度的序列片段包含有特征，这种算法就会漏掉。于是决定写一个新的python脚本，把所有特...
蛋白质功能预测中PSSM矩阵的生成
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CBB_FT的博客
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pymol如何把蛋白质保存为pdb
qq_39212193的博客
11-24 8948
file–>Export Molecule–>选择存储路径（双击要保存的pdb）
PDB文件中有些残基有多个构像，怎么用pymol图形化界面操作，一个残基只保留一个构像
最新发布
行子的博客
07-13 711
请注意，这些步骤是在PyMOL图形化界面中手动执行的。你可以通过输入命令到PyMOL的命令行或者使用菜单选项进行操作。具体的步骤可能因PyMOL版本和界面布局而有所不同，但基本原理是一样的。通过上述步骤，你可以在PyMOL图形界面中加载PDB文件，选择并保留一个构像，然后将处理后的结构保存为新的PDB文件。
PyMol入门1
weixin_41439798的博客
02-27 921
认识PyMol
PSSM特征-从生成到处理
weixin_34319817的博客
07-28 1211
以下代码均为个人原创，如有疑问，欢迎交流。新浪微博：拾毅者 本节内容： pssm生成 pssm简化 标准的pssm构建 滑动pssm生成 在基于蛋白质序列的相关预測中。使用PSSM打分矩阵会得将预測效果大大提高，同一时候，假设使用滑动的PSSM，效果又会进一步提高。这里主要以分享代码为主，以下介绍下PSSM从生成到处理的全过程。 1.PSSM的生成 PSSM的...
关于pssm的解释
痞子龙3D编程
06-20 3873
this is pssm code// Shader global datafloat4x4 viewProjection;float4x4 world;float3 lightDirection;float3 lightColor;float3 ambientColor;float shadowMapSize;float4x4 shadowMapMatrix;texture shadowText
如何批量获得PSSM矩阵
06-09
要批量获取PSSM矩阵，您需要进行以下步骤： ...请注意，不同的PSSM生成软件可能会产生略微不同的PSSM矩阵。为了确保结果的准确性，您应该选择一个可靠的软件，并根据需要进行参数调整，以获得最佳的PSSM矩阵。

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