pssm

本文中的Windows平台本地化blast2.9生成pssm的方法主要来源于以下两篇文章

https://blog.csdn.net/cpc784221489/article/details/88879650

https://blog.csdn.net/cpc784221489/article/details/88879650

然后根据自己的实际情况以及文件的路径略微进行了调整。

1、cmd命令进入其他盘文件（一直记不住，决定写进来，希望自己能记住）

2、命令提示符 pssm命令

我所对比的是swissprot数据库

第一种：

将要生成pssm文件的fasta文件放入bin文件夹中，输入以下命令

D:\Program Files\NCBI\blast-2.9.0+\bin>psiblast -query 1.fasta -db sp -num_iterations 3 -out 1 -out_ascii_pssm 1.pssm

或

D:\Program Files\NCBI\blast-2.9.0+\bin>psiblast -query 1.fasta -db sp -evalue 0.001 -num_iterations 3 -out 1 -out_ascii_pssm 1.pssm

第二种：

把fasta文件放入db文件夹里，输入以下命令

D:\Program Files\NCBI\blast-2.9.0+\bin>bin\psiblast -db sp -query db\1.fasta -evalue 0.001 -num_iterations 3 -out_ascii_pssm 1.pssm

第一种方法的运行速度要比第二个快一点。

3、批量生成pssm命令

部分（其余部分第一个链接中）

visitDir("D:/Program Files/NCBI/blast-2.9.0+/db/cy/")
print(fileNum)
for i in range(0,fileNum):
    os.system(r'D:/"Program Files"/NCBI/blast-2.9.0+/bin/psiblast.exe -query D:/"Program Files"/NCBI/blast-2.9.0+/db/cy/'+ str(i)+".fasta"+" -db sp -num_iterations 3"+" -out_ascii_pssm "+str(i)+".pssm")

最开始根据第一个链接中的代码修改了路径如下，但一直报错

因为自己是个渣渣，看了很久才明白过来报错是什么问题，这不就是program后面的东西读不出来嘛，然后开始在百度上搜，才知道os.system()不能处理空格，解决的方法就是在路径前加r''，并在有空格的地方加入双引号"",然后问题解决。

pssm生成了，接下来我该看怎么进行特征提取了……

身为渣渣的我，真的觉得好难啊……