linux上使用R保存图片

dir="/data/zhangyong/yyp/yypold/hic/chenhebing/cs" ##定义工作的文件夹

sedwd=(dir)
options(scipen = 20)
Args <- commandArgs(T)

library(GENOVA)

Ha40 <- load_contacts(signal_path = '/data/zhangyong/yyp/yypold/hic/chenhebing/cs/hic_results/matrix/GSE125129_WT_HiC1/iced/40000/GSE125129_WT_HiC1_40000_iced.matrix', 
                              indices_path = '/data/zhangyong/yyp/yypold/hic/chenhebing/cs/hic_results/matrix/GSE125129_WT_HiC1/raw/40000/GSE125129_WT_HiC1_40000_abs.bed',  
                              sample_name = "WT", 
                              colour = "black")

Hb40 <- load_contacts(signal_path = '/data/zhangyong/yyp/yypold/hic/chenhebing/cs/hic_results/matrix/GSE125129_AdnpKO1/iced/40000/GSE125129_AdnpKO1_40000_iced.matrix', 
                                indices_path = '/data/zhangyong/yyp/yypold/hic/chenhebing/cs/hic_results/matrix/GSE125129_AdnpKO1/raw/40000/GSE125129_AdnpKO1_40000_abs.bed',  
                                sample_name = "WAPL", 
                                colour = "red")
                                
                                

jpeg(file = "style.jpg")  ##plot函数输出的文件名字

cisChrom_out <- cis_trans( list(Ha40, Hb40) )
barplot(cisChrom_out$cis, names.arg = cisChrom_out$sample, ylim = c(0, 100) )
abline(h = 90, col = 'red', lty = 3)
abline(h = 93, col = 'red', lty = 3)
dev.off()

 

 

今天，我想用R画图并保存成jpg文件。应用的方法如下：

 

setwd("c://")
plot(1:10)
rect(1, 5, 3, 7, col="white")
savePlot("CTplot", type=c("jpg"),device=dev.cur(),restoreConsole=TRUE)
在R编辑器下运行成功。
可是我在cmd中，使用Rscript 去运行就无法生成图片文件。
问题应该是，命令行无法在窗口中画图，所以也就无法保存图片。
后来，在网上找到一种直接生成图片的方法。
 
setwd("c://")
jpeg(file="myplot.jpeg")
plot(1:10)
rect(1, 5, 3, 7, col="white")
dev.off()
命令行下运行成功。同时查到另外的几种格式生成函数

第一种png格式
png(file="myplot.png", bg="transparent")

...
dev.off()

第二种jpeg格式
jpeg(file="myplot.jpeg")

...
dev.off()

第三种pdf格式
pdf(file="myplot.pdf")

...
dev.off()
https://blog.csdn.net/jianjewl/article/details/69257841?ops_request_misc=&request_id=&biz_id=102&utm_term=R%E4%B8%AD%E7%9A%84plot%E5%87%BD%E6%95%B0%E4%BF%9D%E5%AD%98%E5%9B%BE%E7%89%87&utm_medium=distribute.pc_search_result.none-task-blog-2~all~sobaiduweb~default-1-69257841

 

https://blog.csdn.net/tandelin/article/details/87890280?ops_request_misc=&request_id=&biz_id=102&utm_term=R%E4%B8%AD%E7%9A%84plot%E5%87%BD%E6%95%B0%E4%BF%9D%E5%AD%98%E5%9B%BE%E7%89%87&utm_medium=distribute.pc_search_result.none-task-blog-2~all~sobaiduweb~default-3-87890280