MATLAB pdist函数的使用

pdist：
Pairwise distance between pairs of observations（计算观测点对之间的距离）

示例：

D = pdist(X)
D = pdist(X,Distance)
D = pdist(X,Distance,DistParameter)

1. D = pdist(X)

D = pdist(X) 返回 观测点对之间的欧氏距离。X是m*n矩阵，矩阵中每一行作为observation，每一列作为variables（即计算矩阵中每一行之间的距离），D得到的是一个长度为 m*(m-1)/2 的距离向量，距离是按顺序排列的（2,1），（3,1）…….(m,1),(3,2)………(m,2)………(m,m-1);

举例说明：

X = [0 1; 0 2; 0 3; 0 4;0 5];
D = pdist(X) % 计算 pdist()
Z = squareform(D) % 通过函数 squareform() 得到 i j 的对应关系

输出结果为：

D = 
1     2     3     4     1     2     3     1     2     1

Z =

     0     1     2     3     4
     1     0     1     2     3
     2     1     0     1     2
     3     2     1     0     1
     4     3     2     1     0

可以发现，这里X是 5*2 矩阵( m=5,n=2 )，矩阵D 是 矩阵Z 中的 一部分数据，并且矩阵D 中的数据是 Z(2,1),Z(3,1）…….Z(m,1),Z(3,2)………Z(m,2)………Z(m,m-1) 的顺序排列的

计算方法：
(1) 每一行作为一个观测: x1 = [0 1]; x2 = [0 2]; x2 = [0 3]; x2 = [0 4]; x5 = [0 5];
(2) 计算任意两个之间的欧式距离：
欧氏距离定义：

两点间的欧式距离	x1 = [0 1]	x2 = [0 2]	x3 = [0 3]	x4 = [0 4]	x5 = [0 5]
x1 = [0 1]	0	1	2	3	4
x2 = [0 2]	1	0	1	2	3
x3 = [0 3]	2	1	0	1	2
x4 = [0 4]	3	2	1	0	3
x5 = [0 5]	4	3	2	1	0

可以发现，这个表格就是矩阵Z。由于这里X是 5*2 矩阵( m=5,n=2 )，相应的 矩阵D 是 矩阵Z 中的 一部分数据，并且矩阵D 中的数据是 Z(2,1),Z(3,1）…….Z(m,1),Z(3,2)………Z(m,2)………Z(m,m-1) 的顺序排列的。
即

D =	Z(2,1)	Z(3,1)	Z(4,1)	Z(5,1)	Z(3,2)	Z(4,2)	Z(5,2)	Z(4,3)	Z(5,3)	Z(5,4)
D =	1	2	3	4	1	2	3	1	2	1

关于其他 pdist 函数 的其他使用方法，具体参考

%在 matlab 中直接执行 help 指令
help  pdist
%然后进入到 pdist 的参考页

参考链接：
[1] matlab的pdist函数详解 http://www.mamicode.com/info-detail-2375292.html