RDKit的基本数据结构:分子对象

RDKit的基本数据结构:分子对象

RDKit 是一个强大的化学信息学库,其中的核心数据结构是分子对象。分子对象在 RDKit 中用于表示化学分子结构,是所有分子操作和分析的基础。下面我们将详细介绍分子对象的创建、操作和应用。

1 分子对象简介

在 RDKit 中,分子对象由 rdkit.Chem.Mol 类表示。这个类可以容纳有关分子的信息,包括原子、键、立体化学等。分子对象可以从多种输入格式(如 SMILES、Mol 文件、SDF 文件)中创建。

2 创建分子对象

分子对象可以通过多种方式创建,最常见的方式是使用 SMILES(Simplified Molecular Input Line Entry System)字符串。

示例:创建分子对象

from rdkit import Chem

# 使用 SMILES 字符串创建分子对象
smile
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