RDKit
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RDKit 是一个用 C++ 编写的开源化学信息学工具包,也可以从 Java 或 Python中使用。它包括一系列用于分子 I/O、子结构搜索、化学反应、坐标生成(2D 或 3D)、指纹识别等的标准化学信息学功能。
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一种新的、更好的生成相识度图的方法
本文会比较用经典的方法和新的方法分别得到的相似度图,看看两者的区别。这里使用阿托伐他汀(立普妥)和罗苏伐他汀(Crestor)这两种药物的摩根指纹为例。原创 2022-09-27 10:08:12 · 329 阅读 · 0 评论 -
RDKit分子的3D结构
RDKit MCS代码的功能之一是在生成MCS时将原子坐标考虑在内,这一点可能不太为人所知。这里的想法是找到一组3D分子之间的MCS,其中考虑了潜在匹配原子之间的距离。2、读取小分子的SDF格式并可视化获取更多关于“RDKit”知识,请关注AIDD Learning,微信公众号同名。AIDD learning 便捷查看...原创 2022-07-07 08:00:00 · 506 阅读 · 0 评论 -
RDKit新手入门
RDKit介绍、安装、简单可视化和相似性搜索原创 2022-07-06 18:04:54 · 1996 阅读 · 0 评论