![](https://img-blog.csdnimg.cn/bb42fe912f6046a1a526913c300c19d8.png?x-oss-process=image/resize,m_fixed,h_224,w_224)
RDKit
文章平均质量分 69
RDKit 是一个用 C++ 编写的开源化学信息学工具包,也可以从 Java 或 Python中使用。它包括一系列用于分子 I/O、子结构搜索、化学反应、坐标生成(2D 或 3D)、指纹识别等的标准化学信息学功能。
AIDD Learning
聚焦全球人工智能与药物研发领域进展,探索生物医药行业创新。
展开
-
RDKit在数据科学中的应用|药物筛选中的数据清理与标准化
在化学信息学和药物研发的过程中,分子数据的质量至关重要。数据清理与标准化是确保分子库数据一致性、可靠性和可比较性的关键步骤。RDKit 提供了丰富的工具,帮助用户清理和标准化分子数据,从而提高下游分析和建模的准确性。原创 2024-08-19 22:48:05 · 41 阅读 · 0 评论 -
RDKit|分子基本信息的提取(原子、键、环、芳香性等)
本节详细介绍了如何使用 RDKit 提取分子的基本信息,包括原子、键、环和芳香性等。RDKit 提供了丰富的工具,用于从分子对象中提取原子、键、环、芳香性等各种信息。芳香性是分子的一种特殊性质,具有芳香性的分子通常具有稳定的电子结构。在 RDKit 中,可以轻松提取分子中的原子信息,如原子数量、原子类型、原子序号等。在 RDKit 中,可以提取分子中的键信息,如键的数量、类型、键的键级等。可以遍历分子中的每个键,提取其类型(单键、双键等)和键级(1、2、3)。方法获取分子中的环信息,并计算环的数量。原创 2024-08-15 17:43:41 · 55 阅读 · 0 评论 -
RDKit|分子输入输出格式解析(如 SMILES、Mol、SDF)
本节介绍了 RDKit 中常用的分子输入输出格式及其解析方法,包括 SMILES、Mol 文件和 SDF 文件的创建与操作。通过这些示例,你可以掌握如何在 RDKit 中处理不同格式的分子数据,为化学信息学的进一步研究和应用奠定坚实基础。在化学信息学中,分子的表示方式有很多种,常见的包括 SMILES、Mol 文件、SDF 文件等。SMILES 用字符串来描述分子的结构,能够简单、直观地表示分子信息。RDKit 提供了读取 Mol 文件的功能,可以轻松将文件中的分子结构读取为 RDKit 的分子对象。原创 2024-08-15 17:40:56 · 94 阅读 · 0 评论 -
RDKit|广义子结构搜索
在这篇文章中,我将展示如何将所有这些结合起来使用 RDKit 进行“广义子结构搜索”。在文章的底部,有几个 Python 函数可以在其他脚本中使用,以使这个过程更容易。我还将尝试找出一种将其纳入未来 RDKit 版本的好方法。3. 链接节点 + 变量附件 + 互变异构体枚举查询。3. 链接节点 + 变量附件 + 互变异构体枚举查询。1. 导入相应包和数据。1. 导入相应包和数据。2. 定义查询目标。原创 2024-08-12 10:42:04 · 77 阅读 · 0 评论 -
RDKit的基本数据结构:分子对象
RDKit 是一个强大的化学信息学库,其中的核心数据结构是分子对象。分子对象在 RDKit 中用于表示化学分子结构,是所有分子操作和分析的基础。下面我们将详细介绍分子对象的创建、操作和应用。原创 2024-08-11 16:41:23 · 45 阅读 · 0 评论 -
一种新的、更好的生成相识度图的方法
本文会比较用经典的方法和新的方法分别得到的相似度图,看看两者的区别。这里使用阿托伐他汀(立普妥)和罗苏伐他汀(Crestor)这两种药物的摩根指纹为例。原创 2022-09-27 10:08:12 · 356 阅读 · 0 评论 -
RDKit分子的3D结构
RDKit MCS代码的功能之一是在生成MCS时将原子坐标考虑在内,这一点可能不太为人所知。这里的想法是找到一组3D分子之间的MCS,其中考虑了潜在匹配原子之间的距离。2、读取小分子的SDF格式并可视化获取更多关于“RDKit”知识,请关注AIDD Learning,微信公众号同名。AIDD learning 便捷查看...原创 2022-07-07 08:00:00 · 561 阅读 · 0 评论 -
RDKit新手入门
RDKit介绍、安装、简单可视化和相似性搜索原创 2022-07-06 18:04:54 · 2129 阅读 · 0 评论