2.4 分子基本信息的提取(原子、键、环、芳香性等)
在化学信息学和药物设计领域,了解分子的基本信息是进行更复杂分析的基础。RDKit 提供了丰富的工具,用于从分子对象中提取原子、键、环、芳香性等各种信息。本节将详细介绍如何在 RDKit 中提取这些基本信息,并展示相关的代码示例。
2.4.1 提取原子信息
原子是构成分子的基本单位。在 RDKit 中,可以轻松提取分子中的原子信息,如原子数量、原子类型、原子序号等。
2.4.1.1 获取原子数量
RDKit 提供了 GetNumAtoms
方法,用于获取分子中的原子数量。
示例:获取分子的原子数量
from rdkit import Chem
# 解析乙醇分子
mol = Chem.MolFromSmiles('CCO')
# 获取原子数量
num_atoms