AMDock分子对接

最新推荐文章于 2024-08-06 23:59:25 发布
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分类专栏： 网络药理学 文章标签： 学习方法 开源软件
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AMDock结合Autodock工具，支持多种功能，尤其适合处理含锌离子的蛋白质。对接流程包括准备受体和配体结构，选择合适的对接空间，最后通过PymOL进行结果可视化。提供详细的操作指南，从UniProt获取蛋白质结构，ZINC下载配体，到使用AMDock进行分子对接。
摘要由CSDN通过智能技术生成

分子对接

AMDock集成了Autodock Vina 和 Autodock4、ADT scripts、AutoLigand、Open Babel、PDB2PQR 和 PyMOL 的功能。对于活性位点中含有锌离子的蛋白质，AMDock可以选择使用专门定制的 Autodock4Zn参数。

软件对应文献
软件下载地址
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  1. 对接流程图

  1. 首先需要准备分子对接的受体结构。使用 UniPort 数据库可以查询蛋白质的相关信息。在检索框检索蛋白质，在 Structure 查看蛋白质结构信息。

在这里插入图片描述

结构信息包含 X-ray、HMR 解析的结构，点击用RSCB-PDB 可以在PDB数据库下载蛋白质结构。

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