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R语言
文章平均质量分 78
主要分享R和Rstudio的使用方面的知识。
沉香GG
@生信;@分子
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使用geneHapR进行基因单倍型分析(以vcf文件为例)
如下图所示,可以看到,用户需要准备的包括:基因型文件、注释文件和样本信息文件,以及后续会用的表型文件。输出的主要内容有:变异位点的可视化、单倍型网络、地理分布、表型比较和连锁不平衡热图。geneHapR的工作流程。原创 2024-04-12 23:41:08 · 2058 阅读 · 0 评论 -
使用PopLDdecay软件绘制LD衰减图
PopLDdecay是一款用于进行种群遗传学和关联分析的软件。它可以在全基因组水平上进行基因型数据的相关性和衰减分析,帮助研究人员探索种群间的遗传差异和突变选择的模式。PopLDdecay支持多种数据格式的输入,包括VCF、HapMap、PLINK和BEAGLE等格式。它还提供了直观的可视化功能,可以生成遗传距离和衰减图,帮助用户更好地理解和解释结果。此外,PopLDdecay还具有高效的计算能力和并行处理功能,可以加快分析速度,提高效率。原创 2024-03-29 23:55:34 · 1708 阅读 · 1 评论 -
RNA-seq分析:Step9(共表达分析)
WGCNA(Weighted Correlation Network Analysis)是一种系统生物学中常用的数据分析方法,主要用于分析高通量基因表达数据。该方法通过构建基因共表达网络,将相似的基因组织到同一模块中,并用模块间的关联性进行分析,从而识别与生物学过程相关的模块和关键基因。WGCNA分析流程主要包括:数据预处理、构建共表达网络、模块检测、模块注释和功能分析等步骤。原创 2023-08-30 11:05:32 · 1261 阅读 · 0 评论 -
RNA-seq分析:Step8(富集分析)
RNA-seq富集分析是一种用于分析基因表达数据中特定基因或通路是否富集的分析方法。其基本思想是比较不同基因对应的转录本/基因之间的表达差异及其对应的基因注释信息,通过统计学方法评估差异的显著性,从而确定是否存在某些特定的功能通路或基因集合富集的情况。常用的RNA-seq富集分析工具包括GOseq、KEGG(KEGG enrichment analysis)、DAVID(Database for Annotation, Visualization and Integrated Discovery)等。这原创 2023-08-28 18:06:06 · 2234 阅读 · 0 评论 -
RNA-seq分析:Step7(差异表达分析)
RNA-seq是一种高通量测序技术,可以对转录组进行全面、高灵敏度的分析。差异表达分析是RNA-seq数据分析中常用的方法之一,用于识别不同条件下基因表达水平的差异。差异表达分析一般包括数据预处理、基因表达计数、表达矩阵构建、差异分析、基因功能注释等步骤。在差异分析中会使用一些常见的统计方法,如DESeq2、edgeR等,通过比较不同样本之间的基因表达数目或含量,筛选出差异表达基因,并进行生物学功能注释和通路分析,以探究不同条件下基因表达的差异及其可能的生物学影响。原创 2023-08-26 17:47:47 · 1849 阅读 · 2 评论 -
《使用R包ggtree进行进化树的绘制与美化》
都2023年了,才去使用Y叔早在2018年发表的进化树构建利器——ggtree。刚好最近在做基因家族分析,进化树的构建与美化确实有点麻烦,先前使用MEGA11进行了绘制,但图像简陋,于是导出了nwk文件,准备使用其他软件进行美化。这里,我使用ggtree包进行操作。原创 2023-08-14 18:31:45 · 4405 阅读 · 0 评论 -
R和Rstudio中包的安装、加载和查看等操作
前言R语言中,R包的安装和加载等操作是使用R包进行数据分析和绘图的基础,尤其是对于R语言初学者具有重要的意义。下面主要介绍一些R包的常用操作命令。原创 2023-06-27 09:57:06 · 7521 阅读 · 0 评论 -
R、Rstudio和Rtools的安装(以4.3.0版本为例)
这里下载的是4.3.0版本,选择Windows版本,下载后选择路径进行安装,默认选项即可。选择Windows10版本进行安装。原创 2023-05-09 10:32:07 · 6670 阅读 · 2 评论