网络药理学:融合系统生物学、生物信息学、网络科学等学科,从系统层次和生物网络的整体角度出发,解析药物与治疗对象之间的分子关联,揭示药物的系统性药理机制,从而指导新药研发和临床诊疗,是人工智能和大数据时代药物系统性研究的新兴原创学科。
《网络药理学评价方法指南》
1、中药化学成分收集
中药成分的收集可从文献检索、数据库和实验来源。
文献检索
文献检索可通过知网、pubmed查询,搜索相关中药的成分文章。
-
在知网中检索如“黑骨藤”,下载收集与成分相关的文章。
-
尽可能收集相关的化学成分,保存在excel表格。在表格中的设计了“编号、中文名称、英文名称、CAS、SMILES”,主要是方便对成分整合,去除重复成分。
-
完善成分信息,通过对应的英文名和CAS号,可以在PubChem里面进行查询,下载对应成分的二级、三级结构信息。
中药成分数据库
免费的中药成分数据库,可以收集中药成分和对应靶点,但是信息比较少,建议联合其它方式收集。
数据库 | 网址 |
---|---|
TCMSP | https://old.tcmsp-e.com/tcmsp.php |
ETCM | http://www.tcmip.cn/ETCM/index.php/Home/Index/index.html |
BATMAN-TCM | http://bionet.ncpsb.org.cn/batman-tcm/ |
- TCMSP:可以通过直接搜索中药名,获得对应成分、OB和类药性(DL)等信息某,以及通过成分查询到对应的靶点,方便对成分进行筛选。缺点是中药收录不全,某此中药查询不全,其次是收录中药的成分不全,需要通过其它方式补充。
- ETCM:可探索中药草药,配方,成分,基因靶标以及相关途径或疾病之间的关系或建立网络。
- BATMAN-TCM:一体化分析工具,具体使用需要自己探索。
- 其它数据库</