snakemake:脚本中的expand 函数用法详解

Snakemake的expand函数用于基于模板和值列表生成文件路径,减少手动列举,方便规则编写。它支持单个和多个通配符、交叉组合,并能处理复杂情况,如与列表推导式结合使用。正确匹配通配符值列表长度是使用关键。expand的运用使Snakemake规则更清晰,工作流更易于维护。
摘要由CSDN通过智能技术生成

Snakemake的**expand**函数是一个非常强大的工具,用于基于模板和一组值生成文件路径列表。这在定义大量相似路径时尤其有用,可以避免手动列举每个文件,从而简化Snakemake规则的编写。

基本用法

expand(template, **wildcards
  • template: 一个字符串模板,其中包含用大括号**{}**括起来的通配符名称。
  • *wildcards: 一个或多个关键字参数,每个参数的名称对应模板中的通配符,参数的值是一个列表,列表中的每个值都将被插入到模板中相应位置。

示例

假设我们有一组样本编号**["sample1", "sample2"],我们想为每个样本生成一个.txt*

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