蓝桥杯—DNA比对

原创 2018年04月17日 14:46:28
    脱氧核糖核酸即常说的DNA,是一类带有遗传信息的生物大分子。它由4种主要的脱氧核苷酸(dAMP、dGMP、dCMT和dTMP)通过磷酸二酯键连接而成。这4种核苷酸可以分别记为:A、G、C、T。

    DNA携带的遗传信息可以用形如:AGGTCGACTCCA.... 的串来表示。DNA在转录复制的过程中可能会发生随机的偏差,这才最终造就了生物的多样性。

    为了简化问题,我们假设,DNA在复制的时候可能出现的偏差是(理论上,对每个碱基被复制时,都可能出现偏差):

  1. 漏掉某个脱氧核苷酸。例如把 AGGT 复制成为:AGT

    2. 错码,例如把 AGGT 复制成了:AGCT

    3. 重码,例如把 AGGT 复制成了:AAGGT

    如果某DNA串a,最少要经过 n 次出错,才能变为DNA串b,则称这两个DNA串的距离为 n。

    例如:AGGTCATATTCC 与 CGGTCATATTC 的距离为 2

    你的任务是:编写程序,找到两个DNA串的距离

【输入、输出格式要求】

    用户先输入整数n(n<100),表示接下来有2n行数据。

    接下来输入的2n行每2行表示一组要比对的DNA。(每行数据长度<10000)

    程序则输出n行,表示这n组DNA的距离。

    例如:用户输入:
3
AGCTAAGGCCTT
AGCTAAGGCCT
AGCTAAGGCCTT
AGGCTAAGGCCTT
AGCTAAGGCCTT
AGCTTAAGGCTT

    则程序应输出:
1
1

2

思路:按照四种情况(相等 错码 漏码 重码)写出状态转移方程

代码:

#include<bits/stdc++.h>


using namespace std;
const int maxn = 1e4 + 50;


int n, dp[maxn][maxn];
string s1, s2;


int fun(int len1, int len2)
{
    int len = max(len1, len2);
    for(int i = 0;i <= len;i++)
    {
        dp[i][0] = dp[0][i] = i;
    }
    for(int i = 1;i <= len1;i++)
    {
        for(int j = 1;j <= len2;j++)
        {
            if(s1[i] == s2[j]) dp[i][j] = dp[i-1][j-1];//如果最后一个字母相同则不必改变
            else dp[i][j] = min(min(dp[i-1][j] + 1, dp[i][j-1] + 1), dp[i-1][j-1]+1);
            //不同的话分别按三种方法(漏码 重码 错码)改变一次
        }
    }
    return dp[len1][len2];
}


int main()
{
    while(cin >> n)
    {
        while(n--)
        {
            cin >> s1 >> s2;
            cout << fun(s1.size(), s2.size()) << endl;
        }
    }
    return 0;
}

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