R扩展包管理

本文基于windows系统，Rstudio编辑器

1. 扩展包安装路径

为了便于管理，一般将扩展包和基础包分开，利于包的更新。

file.edit("C:/appinstallation/R/R4.0.0/.Rprofile")

之后在文件中写入下面内容：

.CUSTOM_LIB = "C:/appinstallation/R/R4.0.0/R_Library"

if(!dir.exists(.CUSTOM_LIB)){
  dir.exists(.CUSTOM_LIB, recursive = T)
}

.libPaths(c(.CUSTOM_LIB, .libPaths()))

保存后重启，则路径切换。

2. 安装

目前为止，R语言已经有一万多个扩展包，提供了各式各样的功能。这些扩展软件包主要由CRAN,Github和Bioconductor提供。每个网站都提供了不同的R包下载函数，接下来一一介绍。

1.1 从CRAN安装

由于CRAN官网的镜像在国内一般比较慢，所以可以去官网查看并使用国内镜像，这里以清华大学镜像地址为例，改变镜像。

options(repos="http://mirror.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/")
install.packages("ggplot2")

一般地，在安装R包之前，一定要了解R包的安装路径，可以使用.libPaths()查看包的安装路径。此外，也可以通过参数lib来指定R包的安装路径。

.libPaths()
## [1] "C:/appinstallation/R/R4.0.0/R-4.0.2/library"
install.packages("ggplot2", lib=.libPaths()[1])

1.2 从Github安装

从Github安装R包需要先安装devtools软件包。

if(!require(devtools)) install.packages('devtools')
devtools::install_github("renkun-ken/rlist")

其中renkun-ken是Github 网站的某个作者的名称，rlist是该作者名下的一个R 软件包。

从Github上安装R包总是会报错，一般在换网之后大概率会成功。个人感觉github安装R包对网速需求较高。

1.3 从Bioconductor安装

从Bioconductor安装R包需要先安装BiocManager软件包。Bioconductor

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE)) install.packages("BiocManager")
BiocManager::install(c("Biostrings"))

也可以使用 install.packages() 来安装 CRAN 和 Bioconductor 所有的包，你要做的很简单，在 ~/.Rprofile 里加入以下两行内容即可。

options(BioC_mirror="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor")
utils::setRepositories(ind=1:2)

最后，很不建议手动安装包，因为很多包是需要依赖的，手动安装会带来不必要的麻烦，甚至会让你心态爆炸。

3. 更新

在RStudio 中用“Tools–Check for Package Updates” 菜单，可以显示有新版本的扩展包，并选择进行更新。当然，也可以通过命令更新。

old.packages() # 检查需要更新的R包
options(repos="http://mirror.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/")
update.packages(checkBuilt=TRUE, ask=FALSE) # CRAN包更新
BiocManager::install() # Bioconductor包更新
devtools::update_packages() # Github包更新
rvcheck::update_all() # 一键更新所有存在新版本的R包

4. 迁移

有时候我们更换了电脑，或者出于其他方面的原因，需要重新安装之前使用过的包，一个个去安装显然不太现实，这时候就需要批量安装所需要的包。

.packages(all.available=T) # 查看已安装R包
installed.packages() # 同上
# 在更新R 软件前，运行以下命令
packages <- .packages(TRUE)
dump("packages", file="packages-mv.R")
# 更新完成后，运行如下命令
options(repos=c(CRAN="http://mirror.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))
source("packages-mv.R")
install.packages(packages)

5. 加载、卸除，卸载

library() # 加载
detach("package:ggplot2") # 卸除，从当前R环境中移除
remove.packages() # 卸载

最后，如果要查看R包帮助文档，可以使用：

help(package = "ggplot2")

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如果有关于R包基础操作，欢迎补充！

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