遗传编程解释

请向我看齐

已于 2024-11-15 13:30:41 修改

阅读量438

点赞数 5

分类专栏：人工智能文章标签：人工智能

于 2024-11-15 12:41:13 首次发布

本文链接：https://blog.csdn.net/qq_40844444/article/details/143794278

版权

人工智能专栏收录该内容

51 篇文章

订阅专栏

遗传编程方法概念

遗传编程（Genetic Programming, GP）是一种自动编程技术，它借鉴了生物进化理论和自然选择原理，通过模拟遗传和自然选择的过程来自动生成和进化计算机程序。在遗传编程中，程序被视为解决问题的候选解，它们通过一系列的遗传操作（如选择、交叉和变异）来优化，以找到问题的最优解或近似最优解。

用途

遗传编程被广泛应用于以下领域：

符号回归：寻找数据的最优数学模型。
分类任务：生成用于数据分类的决策规则。
图像处理：设计图像识别和图像增强算法。
机器人控制：自动生成机器人的控制策略。
经济预测：建立经济时间序列的预测模型。
算法优化：改进现有算法的性能。
人工生命：模拟生物进化和生态系统。

种类

遗传编程可以根据表示方法、操作方式和应用领域分为以下几种：

基于树的遗传编程（Tree-based GP）：使用树形结构表示程序，是最常见的遗传编程形式。
基于树的遗传编程（Tree-based Genetic Programming，TGP）是一种进化算法，它使用树形结构来表示问题的解决方案。在遗传编程中，解决方案通常被称为“个体”，它们通过模拟自然选择和遗传学的原理来进化，以找到问题的最优解。
以下是基于树的遗传编程的基本组成部分和步骤：
####树形结构

节点（Node）：树中的每个节点代表一个操作或函数，或者是输入数据（称为“终端”或“叶节点”）。
内部节点（Internal Node）：执行某种操作或函数的节点。
叶节点（Leaf Node）：代表输入变量或常量。

遗传操作

初始化（Initialization）：随机生成一组初始的树形结构作为种群。
适应度评估（Fitness Evaluation）：对每个个体进行评估，以确定它们解决问题的好坏程度。
选择（Selection）：根据适应度选择个体进行繁殖。
交叉（Crossover）：交换两个父代个体的子树，生成新的后代个体。
变异（Mutation）：随机改变树的结构，例如添加、删除或替换节点。
生存（Survival）：决定哪些个体将被保留到下一代。

进化过程

生成初始种群：随机生成一定数量的树形结构作为初始解。
评估：计算每个个体的适应度。
选择：根据适应度选择个体作为父代。
繁殖：通过交叉和变异操作生成新的个体。
替换：用新生成的个体替换种群中的一部分个体。
重复：重复上述步骤，直到满足停止条件（例如，达到预设的进化代数或适应度阈值）。

应用

基于树的遗传编程可以应用于多种问题，包括：

符号回归（Symbolic Regression）：寻找数学函数的最佳拟合。
分类问题：生成分类规则。
控制策略：为机器人或其他动态系统生成控制算法。
程序优化：自动优化程序代码。
基于树的遗传编程是一种强大的方法，因为它能够处理复杂的解决方案空间，并且不需要特定的领域知识来设计解决方案的结构。然而，它也可能面临一些挑战，如搜索空间的规模巨大、计算成本高以及如何有效地设计遗传操作等。

代码实现
基于树的遗传编程（Tree-based GP）是一种遗传编程的形式，其中程序被表示为树结构。以下是使用Python实现Tree-based GP的一个详细示例，每行代码都附有注释：

# 导入必要的库
from deap import base, creator, gp, tools
import random

# 定义遗传算法的适应度函数、个体和种群
creator.create("FitnessMin", base.Fitness, weights=(-1.0,))
creator.create("Individual", gp.PrimitiveTree, fitness=creator.FitnessMin)

# 定义树结构的函数集，这里以简单的数学运算为例
def protectedDiv(left, right):
    return 1.0 / (left + 0.001) if right == 0 else left / right

pset = gp.PrimitiveSet("MAIN", 1)
pset.addPrimitive(operator.add, 2)
pset.addPrimitive(operator.sub, 2)
pset.addPrimitive(operator.mul, 2)
pset.addPrimitive(protectedDiv, 2)
pset.addPrimitive(operator.neg, 1)
pset.addEphemeralConstant(lambda: random.randint(1, 100))

# 初始化遗传算法的工具箱
toolbox = base.Toolbox()
toolbox.register("expr", gp.genFull, pset=pset, min_=1, max_=3)
toolbox.register("individual", tools.initIterate, creator.Individual, toolbox.expr)
toolbox.register("population", tools.initRepeat, list, toolbox.individual)

# 定义评估函数
def evalFunc(individual):
    # 这里以个体表达式计算x=2时的值作为适应度评估
    x = 2
    return (individual(x),)

# 注册评估函数
toolbox.register("evaluate", evalFunc)
toolbox.register("mate", gp.cxOnePoint)
toolbox.register("expr_mut", gp.genGrow, pset=pset, min_=0, max_=2)
toolbox.register("mutate", gp.mutUniform, expr=toolbox.expr_mut, pset=pset)

# 定义遗传算法的参数
POP_SIZE = 300
CXPB, MUTPB = 0.5, 0.2

# 主遗传算法循环
def main():
    random.seed(64)
    pop = toolbox.population(n=POP_SIZE)
    
    # 评估初始种群
    fitnesses = map(toolbox.evaluate, pop)
    for ind, fit in zip(pop, fitnesses):
        ind.fitness.values = fit
    
    # 开始遗传算法循环
    for gen in range(50):
        offspring = algorithms.varAnd(pop, toolbox, CXPB, MUTPB)
        fits = toolbox.map(toolbox.evaluate, offspring)
        for fit, ind in zip(fits, offspring):
            ind.fitness.values = fit
        pop = toolbox.select(offspring, k=len(pop))
    
    return pop

# 运行遗传算法
if __name__ == "__main__":
    pop = main()
    # 输出结果
    best_ind = tools.selBest(pop, 1)[0]
    print("Best individual is %s, %s" % (best_ind, best_ind.fitness.values))

这段代码是一个基于DEAP库的遗传编程实现，它定义了一个简单的数学问题，并使用树结构来表示解决方案。代码中包含了个体的创建、评估、选择、交叉和变异等遗传算法的关键步骤。每行代码都有注释，解释了代码的功能和目的。这个实现可以作为一个基础，根据具体问题进行调整和扩展。

基于线性遗传编程（Linear GP）：使用线性结构表示程序，类似于传统遗传算法。
基于线性的遗传编程（Tree-based GP）通常指的是遗传编程中的一种形式，其中个体被表示为树结构。以下是使用Python实现基于线性的遗传编程的一个详细示例，每行代码都附有注释：

# 导入必要的库
import random
from deap import base, creator, tools, gp

# 定义适应度类，这里我们希望最小化适应度，所以使用FitnessMin
creator.create("FitnessMin", base.Fitness, weights=(-1.0,))
# 定义个体类，这里使用gp.PrimitiveTree来表示树结构的个体
creator.create("Individual", gp.PrimitiveTree, fitness=creator.FitnessMin)

# 定义函数集，这里以简单的数学运算为例
pset = gp.PrimitiveSet("MAIN", 1)
# 添加原语操作，arity=2表示这些操作需要两个操作数
pset.addPrimitive(operator.add, 2)
pset.addPrimitive(operator.sub, 2)
pset.addPrimitive(operator.mul, 2)
# 添加一元操作
pset.addPrimitive(operator.neg, 1)
# 添加临时常量，这里使用随机生成的-1到1之间的数
pset.addEphemeralConstant(lambda: random.uniform(-1, 1))

# 重命名参数，以便在树中使用
pset.renameArguments(ARG0='x')

# 初始化工具箱，用于注册遗传算法的操作
toolbox = base.Toolbox()
# 注册树的生成方法，这里使用ramped half and half方法，生成深度为1-3的树
toolbox.register("expr", gp.genHalfAndHalf, pset=pset, min_=1, max_=3)
# 注册个体的创建方法，使用上一步注册的expr
toolbox.register("individual", tools.initIterate, creator.Individual, toolbox.expr)
# 注册种群的创建方法，使用上一步注册的individual
toolbox.register("population", tools.initRepeat, list, toolbox.individual)

# 定义评估函数，这里以符号回归为例，计算个体对一组数据的拟合程度
def evalSymbReg(individual, pset):
    # 编译GP树为函数
    func = gp.compile(expr=individual, pset=pset)
    # 计算均方误差（Mean Square Error，MSE）
    mse = ((func(x) - x**2)**2 for x in range(-10, 10))
    return (sum(mse),)

# 注册评估函数
toolbox.register("evaluate", evalSymbReg, pset=pset)
# 注册交叉方法，这里使用一点交叉
toolbox.register("mate", gp.cxOnePoint)
# 注册变异方法，这里使用均匀变异
toolbox.register("mutate", gp.mutUniform, expr=toolbox.expr, pset=pset)
# 注册选择方法，这里使用锦标赛选择
toolbox.register("select", tools.selTournament, tournsize=3)

# 主函数，运行遗传算法
def main():
    # 创建初始种群
    pop = toolbox.population(n=300)
    
    # 评估初始种群
    fitnesses = map(toolbox.evaluate, pop)
    for ind, fit in zip(pop, fitnesses):
        ind.fitness.values = fit
    
    # 定义遗传算法的参数
    NGEN = 40 # 代数
    cxpb = 0.5 # 交叉概率
    mutpb = 0.2 # 变异概率
    
    # 开始遗传算法循环
    for gen in range(NGEN):
        # 选择下一代个体
        offspring = toolbox.select(pop, len(pop))
        # 克隆选中的个体
        offspring = list(map(toolbox.clone, offspring))
        
        # 应用交叉和变异
        for child1, child2 in zip(offspring[::2], offspring[1::2]):
            if random.random() < cxpb:
                toolbox.mate(child1, child2)
                del child1.fitness.values
                del child2.fitness.values
        
        for mutant in offspring:
            if random.random() < mutpb:
                toolbox.mutate(mutant)
                del mutant.fitness.values
        
        # 评估新的种群
        invalids = [ind for ind in offspring if not ind.fitness.valid]
        fitnesses = map(toolbox.evaluate, invalids)
        for ind, fit in zip(invalids, fitnesses):
            ind.fitness.values = fit
        
        # 选择下一代种群
        pop = toolbox.select(offspring, len(pop))
    
    # 返回最终的种群
    return pop

# 运行遗传算法
if __name__ == "__main__":
    pop = main()
    # 输出结果
    best_ind = tools.selBest(pop, 1)[0]
    print("Best individual is %s, %s" % (best_ind, best_ind.fitness.values))

这段代码使用了Python编程语言中的DEAP库来实现一个基于树的遗传编程。主要步骤包括定义适应度函数、个体和群体，注册基本操作如交叉和变异，以及实现遗传算法的迭代过程。每行代码都有注释，解释了代码的功能和目的。这个实现可以作为一个基础，根据具体问题进行调整和扩展。

模块化遗传编程（Modular GP）：将程序分解为可重用的模块，提高搜索效率。
多目标遗传编程（Multi-objective GP）：用于解决具有多个优化目标的问题。

以下是一个使用DEAP库实现的多目标遗传编程示例，这个示例实现了NSGA-II算法，这是一种流行的多目标优化算法。

# 导入必要的库
from deap import base, creator, tools, algorithms
import random
import numpy as np

# 定义多目标优化问题的目标数量
NOBJ = 2

# 创建适应度类和个体类
creator.create("FitnessMin", base.Fitness, weights=(-1.0, -1.0), nobj=NOBJ)  # 两个目标都最小化
creator.create("Individual", list, fitness=creator.FitnessMin)

# 初始化工具箱
toolbox = base.Toolbox()

# 定义属性生成函数，这里使用随机数生成属性值
toolbox.register("attr_float", random.random)

# 定义个体生成函数，使用上面定义的属性生成函数
toolbox.register("individual", tools.initRepeat, creator.Individual, toolbox.attr_float, n=2)

# 定义种群生成函数，使用上面定义的个体生成函数
toolbox.register("population", tools.initRepeat, list, toolbox.individual)

# 定义评估函数，这里以简单的二维空间为例
def evalMultiObjective(individual):
    # 两个目标函数：x1^2 + x2^2 和 (1-x1)^2 + x2^2
    return (individual[0]**2 + individual[1]**2, (1-individual[0])**2 + individual[1]**2)

# 注册评估函数
toolbox.register("evaluate", evalMultiObjective)

# 定义交叉算子，这里使用两点交叉
toolbox.register("mate", tools.cxTwoPoint)

# 定义变异算子，这里使用多项式变异
toolbox.register("mutate", tools.mutPolynomialBounded, low=0.0, up=1.0, eta=1.0, indpb=0.1)

# 定义选择算子，这里使用锦标赛选择
toolbox.register("select", tools.selNSGA2)

# 定义算法参数
POP_SIZE = 100
NGEN = 40
CXPB = 0.9
MUTPB = 0.1

# 运行遗传算法
pop = toolbox.population(n=POP_SIZE)
hof = tools.ParetoFront()

# 评估初始种群
for ind in pop:
    ind.fitness.values = toolbox.evaluate(ind)

# 记录每一代的最佳解
stats = tools.Logbook()
stats.header = ["gen", "nevals"] + ("std" + str(i) for i in range(NOBJ))

# 开始遗传算法循环
for gen in range(NGEN):
    # 选择下一代个体
    offspring = toolbox.select(pop, len(pop))
    # 克隆选中的个体
    offspring = list(map(toolbox.clone, offspring))

    # 应用交叉和变异
    for child1, child2 in zip(offspring[::2], offspring[1::2]):
        if random.random() < CXPB:
            toolbox.mate(child1, child2)
            del child1.fitness.values
            del child2.fitness.values

    for mutant in offspring:
        if random.random() < MUTPB:
            toolbox.mutate(mutant)
            del mutant.fitness.values

    # 评估新的种群
    invalids = [ind for ind in offspring if not ind.fitness.valid]
    fitnesses = map(toolbox.evaluate, invalids)
    for ind, fit in zip(invalids, fitnesses):
        ind.fitness.values = fit

    # 合并父代和子代，选择下一代种群
    pop = toolbox.select(pop + offspring, len(pop))
    hof.update(pop)

    # 记录统计信息
    record = stats.record(gen=gen, nevals=len(invalids))
    for fit in (pop + offspring):
        record.extend(fit.fitness.values)
    stats.stream.write(record)

# 输出结果
print("Pareto front:")
for ind in hof:
    print(ind.fitness.values)

# 引用来源：[^10^]

这段代码实现了一个基于DEAP库的多目标遗传编程。主要步骤包括定义适应度函数、个体和群体，注册基本操作如交叉和变异，以及实现NSGA-II算法的迭代过程。每行代码都有注释，解释了代码的功能和目的。这个实现可以作为一个基础，根据具体问题进行调整和扩展。

# 导入必要的库
from deap import base, creator, tools, algorithms
import random
import numpy as np

# 定义多目标优化问题的目标数量
NOBJ = 2

# 创建适应度类和个体类
creator.create("FitnessMin", base.Fitness, weights=(-1.0, -1.0), nobj=NOBJ)  # 两个目标都最小化
creator.create("Individual", list, fitness=creator.FitnessMin)

# 初始化工具箱
toolbox = base.Toolbox()

# 定义属性生成函数，这里使用随机数生成属性值
toolbox.register("attr_float", random.random)

# 定义个体生成函数，使用上面定义的属性生成函数
toolbox.register("individual", tools.initRepeat, creator.Individual, toolbox.attr_float, n=2)

# 定义种群生成函数，使用上面定义的个体生成函数
toolbox.register("population", tools.initRepeat, list, toolbox.individual)

# 定义评估函数，这里以简单的二维空间为例
def evalMultiObjective(individual):
    # 两个目标函数：x1^2 + x2^2 和 (1-x1)^2 + x2^2
    return (individual[0]**2 + individual[1]**2, (1-individual[0])**2 + individual[1]**2)

# 注册评估函数
toolbox.register("evaluate", evalMultiObjective)

# 定义交叉算子，这里使用两点交叉
toolbox.register("mate", tools.cxTwoPoint)

# 定义变异算子，这里使用多项式变异
toolbox.register("mutate", tools.mutPolynomialBounded, low=0.0, up=1.0, eta=1.0, indpb=0.1)

# 定义选择算子，这里使用锦标赛选择
toolbox.register("select", tools.selNSGA2)

# 定义算法参数
POP_SIZE = 100
NGEN = 40
CXPB = 0.9
MUTPB = 0.1

# 运行遗传算法
pop = toolbox.population(n=POP_SIZE)
hof = tools.ParetoFront()

# 评估初始种群
for ind in pop:
    ind.fitness.values = toolbox.evaluate(ind)

# 记录每一代的最佳解
stats = tools.Logbook()
stats.header = ["gen", "nevals"] + ("std" + str(i) for i in range(NOBJ))

# 开始遗传算法循环
for gen in range(NGEN):
    # 选择下一代个体
    offspring = toolbox.select(pop, len(pop))
    # 克隆选中的个体
    offspring = list(map(toolbox.clone, offspring))

    # 应用交叉和变异
    for child1, child2 in zip(offspring[::2], offspring[1::2]):
        if random.random() < CXPB:
            toolbox.mate(child1, child2)
            del child1.fitness.values
            del child2.fitness.values

    for mutant in offspring:
        if random.random() < MUTPB:
            toolbox.mutate(mutant)
            del mutant.fitness.values

    # 评估新的种群
    invalids = [ind for ind in offspring if not ind.fitness.valid]
    fitnesses = map(toolbox.evaluate, invalids)
    for ind, fit in zip(invalids, fitnesses):
        ind.fitness.values = fit

    # 合并父代和子代，选择下一代种群
    pop = toolbox.select(pop + offspring, len(pop))
    hof.update(pop)

    # 记录统计信息
    record = stats.record(gen=gen, nevals=len(invalids))
    for fit in (pop + offspring):
        record.extend(fit.fitness.values)
    stats.stream.write(record)

# 输出结果
print("Pareto front:")
for ind in hof:
    print(ind.fitness.values)

# 引用来源：[^10^]

协同进化遗传编程（Co-evolutionary GP）：同时优化多个种群，以解决复杂问题。
协同进化遗传编程（Co-evolutionary Genetic Programming, CGP）是一种遗传编程的形式，其中两个或多个种群共同进化，通常一个种群代表问题的解决方案，而另一个种群代表问题的环境或对手。以下是一个简单的协同进化遗传编程的Python实现，每行代码都附有注释：

import random
from deap import base, creator, tools, gp

# 定义适应度类，这里我们希望最小化适应度，所以使用FitnessMin
creator.create("FitnessMin", base.Fitness, weights=(-1.0,))
# 定义个体类，这里使用gp.PrimitiveTree来表示树结构的个体
creator.create("Individual", gp.PrimitiveTree, fitness=creator.FitnessMin)

# 定义函数集，这里以简单的数学运算为例
pset = gp.PrimitiveSet("MAIN", 1)
# 添加原语操作，arity=2表示这些操作需要两个操作数
pset.addPrimitive(operator.add, 2)
pset.addPrimitive(operator.sub, 2)
pset.addPrimitive(operator.mul, 2)
# 添加一元操作
pset.addPrimitive(operator.neg, 1)
# 添加临时常量，这里使用随机生成的-1到1之间的数
pset.addEphemeralConstant(lambda: random.uniform(-1, 1))

# 重命名参数，以便在树中使用
pset.renameArguments(ARG0='x')

# 初始化工具箱，用于注册遗传算法的操作
toolbox = base.Toolbox()
# 注册树的生成方法，这里使用ramped half and half方法，生成深度为1-3的树
toolbox.register("expr", gp.genHalfAndHalf, pset=pset, min_=1, max_=3)
# 注册个体的创建方法，使用上一步注册的expr
toolbox.register("individual", tools.initIterate, creator.Individual, toolbox.expr)
# 注册种群的创建方法，使用上一步注册的individual
toolbox.register("population", tools.initRepeat, list, toolbox.individual)

# 定义评估函数，这里以符号回归为例，计算个体对一组数据的拟合程度
def evalSymbReg(individual, pset):
    # 编译GP树为函数
    func = gp.compile(expr=individual, pset=pset)
    # 计算均方误差（Mean Square Error，MSE）
    mse = ((func(x) - x**2)**2 for x in range(-10, 10))
    return (sum(mse),)

# 注册评估函数
toolbox.register("evaluate", evalSymbReg, pset=pset)
# 注册交叉方法，这里使用一点交叉
toolbox.register("mate", gp.cxOnePoint)
# 注册变异方法，这里使用均匀变异
toolbox.register("mutate", gp.mutUniform, expr=toolbox.expr, pset=pset)
# 注册选择方法，这里使用锦标赛选择
toolbox.register("select", tools.selTournament, tournsize=3)

# 主函数，运行遗传算法
def main():
    # 创建初始种群
    pop = toolbox.population(n=300)
    
    # 评估初始种群
    fitnesses = map(toolbox.evaluate, pop)
    for ind, fit in zip(pop, fitnesses):
        ind.fitness.values = fit
    
    # 定义遗传算法的参数
    NGEN = 40 # 代数
    cxpb = 0.5 # 交叉概率
    mutpb = 0.2 # 变异概率
    
    # 开始遗传算法循环
    for gen in range(NGEN):
        # 选择下一代个体
        offspring = toolbox.select(pop, len(pop))
        # 克隆选中的个体
        offspring = list(map(toolbox.clone, offspring))
        
        # 应用交叉和变异
        for child1, child2 in zip(offspring[::2], offspring[1::2]):
            if random.random() < cxpb:
                toolbox.mate(child1, child2)
                del child1.fitness.values
                del child2.fitness.values
        
        for mutant in offspring:
            if random.random() < mutpb:
                toolbox.mutate(mutant)
                del mutant.fitness.values
        
        # 评估新的种群
        invalids = [ind for ind in offspring if not ind.fitness.valid]
        fitnesses = map(toolbox.evaluate, invalids)
        for ind, fit in zip(invalids, fitnesses):
            ind.fitness.values = fit
        
        # 选择下一代种群
        pop = toolbox.select(offspring, len(pop))
    
    # 返回最终的种群
    return pop

# 运行遗传算法
if __name__ == "__main__":
    pop = main()
    # 输出结果
    best_ind = tools.selBest(pop, 1)[0]
    print("Best individual is %s, %s" % (best_ind, best_ind.fitness.values))

这段代码使用了Python编程语言中的DEAP库来实现一个基于树的遗传编程。主要步骤包括定义适应度函数、个体和群体，注册基本操作如交叉和变异，以及实现遗传算法的迭代过程。每行代码都有注释，解释了代码的功能和目的。这个实现可以作为一个基础，根据具体问题进行调整和扩展。这个示例并没有直接展示协同进化的过程，因为协同进化通常涉及到两个或多个相互依赖的种群的共同进化，这需要更复杂的逻辑来处理种群间的相互作用。

原理

遗传编程的基本原理包括以下几个步骤：

初始化：随机生成一个初始种群，种群中的每个个体都是程序的一个可能解。
适应度评估：使用适应度函数评估种群中每个个体的性能，适应度函数通常根据问题特定设计。
选择：根据个体的适应度，选择一些个体作为下一代的父母。适应度高的个体有更大的机会被选中。
遗传操作：
- 交叉（Crossover）：通过交换父母的部分结构来生成新的个体。
- 变异（Mutation）：随机改变个体的一部分，以引入新的遗传多样性。
生存选择：决定哪些新个体将取代旧个体进入下一代种群。这可以通过多种策略实现，如完全替换、精英主义（保留最佳个体）等。
终止条件：重复上述步骤直到满足某个终止条件，如达到最大迭代次数、找到足够好的解或适应度不再提升。
遗传编程的核心思想是利用进化过程中的自然选择和遗传机制来逐步改进程序种群，最终找到或近似找到最优解。