- 博客(32)
- 收藏
- 关注
RSS订阅原创 【酶改造】如何利用进化信息快速定位蛋白质突变热点？EVcouplings 保姆级教程
通过对比列的得分，我们可以迅速筛选出哪些突变是“高致病性/破坏性”的（极低的负分），哪些突变是“潜力改造点”（正分或接近零的高频突变）。利用 EVcouplings，原本需要盲目进行易错 PCR 或大规模饱和突变筛选的工作，现在可以在计算机上完成高精度的预筛，极大节省了湿实验的时间和成本！原创文章，欢迎交流探讨。如果你在运行过程中遇到参数设置问题，可以在评论区留言！
2026-06-08 09:51:32
2266
原创 GitHub新建仓库并上传
操作命令作用初始化git init让 Git 开始管理这个文件夹暂存git add .把修改过的文件放入“待提交清单”提交git commit -m "描述"给这次修改存一个快照（存档）关联告诉本地 Git 远程服务器在哪推送把本地的存档同步到 GitHub 网页。
2026-04-28 13:42:19
1358
2
原创 MutComputeX安装和使用教程
MutComputeX 是一个强大的基于 3D 深度学习的蛋白质工程工具，能够预测蛋白质-配体界面的突变。然而，官方文档主要针对 AMD 显卡（ROCm平台）进行了配置，对于使用普通 NVIDIA 显卡或仅使用 CPU 的用户来说，直接安装往往会报错。本文将手把手教你在通用的 Linux 服务器环境下部署 MutComputeX。
2026-03-27 09:50:33
482
原创 fpocket安装和使用教程
是一套基于 Voronoi 剖分与方法的蛋白小分子结合口袋（cavity/pocket）快速检测与表征工具。：对单个三维结构（PDB/mmCIF）寻找并打分口袋；：在或结构集合上追踪并输出频率/密度网格与随时间变化的描述符；：批量提取已知口袋的描述符（用于建模/打分开发）；：口袋评分函数的基准评测框架。该项目最早由 Le Guilloux 等提出并在 BMC Bioinformatics 发表，随后提供了 web/集合分析等扩展；现代版本（fpocket 3+）支持。
2025-12-19 11:11:23
1331
原创 DiffDock 环境安装和使用教程
蛋白质的生物学功能可以通过与其结合的小分子配体（如药物）来调节。预测小分子配体化合物与受体蛋白质的结合构象预测对于药物设计至关重要。传统的分子对接方法基于检索和打分函数(score function)，首先是搜索配体和受体可能的结合模式（位置、配体在口袋内的取向、配体构象），候选集可能非常大(百万级)，然后对候选结合复合物打分。近期把分子对接看作回归问题来处理的深度学习方案逐渐增多，虽然减少了运行时间，但尚未显着提高准确性。
2025-09-22 09:13:39
5541
2
原创 AlphaFold 2 本地部署与安装教程（Linux）
蛋白质对生命至关重要，了解其结构有助于理解其功能。通过巨大的实验努力，已测定了约 10万个独特蛋白质的结构，但这仅占已知数十亿种蛋白质序列的一小部分。结构覆盖率的瓶颈在于确定单个蛋白质结构需要数月到数年的艰辛工作。需要精确的计算方法来弥补这一差距，并实现大规模的结构生物信息学。仅根据氨基酸序列预测蛋白质将采取的三维结构——即“蛋白质折叠问题”的结构预测部分——已成为一个重要的开放研究问题超过 50 年。尽管近年来取得了进展，但现有方法在缺乏同源结构时远未达到原子精度。
2025-09-08 09:07:50
6226
3
原创 酶 EC number 预测工具CLEAN的安装和使用
酶往往根据其可以催化的化学反应进行分类，最广为人知的酶催化功能数字分类方案是酶委员会(EC)编号，每个EC编号都与酶催化的化学反应相关，所有催化相同反应的酶都具有相同的EC编号。因此，EC编号是到目前为止最常用的酶分类方案，它使用四位数字来确定酶的催化功能，通过预测EC编号，可以用来完全确定酶的催化功能。针对现有模型无法对研究较少的蛋白质，或者具有未表征功能，或者多种活性的蛋白质的功能进行准确注释的问题，研究人员基于对比学习机制开发了一种酶蛋白功能预测的AI深度学习框架CLEAN。
2025-08-25 18:17:49
2927
2
原创 SaProt 模型部署与运行教程
蛋白质是生物学功能的基础，了解它们为医学、制药和基因研究开辟了有希望的途径。蛋白质语言模型（PLM）从 NLP 方法学中汲取灵感，通过对大量蛋白质 1D 残基序列进行自监督训练，被证明能够非常熟练地捕获长程残基的相关性，成为蛋白质表示的关键技术。一些著名的 PLM，如 UniRep、ProtTrans、ESM和 Evoformer在与蛋白质结构和功能相关的各种任务中展示了出色的性能。
2025-08-04 18:21:18
4554
原创 ESMFold 安装教程
运行esmfold需要安装openfold 1.0.0，如果直接使用pip install openfold或者使用github作者给予的命令，会安装成2.0.0，会造成程序的错误，因此主要解决的一个问题就是需要手动安装1.0.0版本的openfold，过程中遇到的其他问题也会一一解决。对轴向注意力计算进行分块处理，从而降低内存占用。选择以普通的形式进行安装，这样 openfold 的包会被复制到 conda 环境的 site-packages 目录中，而不是仅仅建立一个链接，其他用户无需访问源代码目录。
2025-07-21 18:19:39
8441
13
原创 EVOLVEpro安装使用教程-蛋白质语言模型驱动的快速定向进化
蛋白质是生命活动的基石，其功能和序列之间的复杂关系长期以来吸引着科学家们的关注。尽管深度突变扫描等实验方法可以解析蛋白质突变的功能影响，但这些技术的应用范围局限于序列空间的一小部分。近年来，基于蛋白质语言模型（PLM）的计算方法如ESM2模型取得了一些突破。然而，这些模型在零样本预测中往往无法显著提高蛋白质活性。为了解决这一问题，作者提出了。
2025-07-14 17:49:02
5285
8
原创 VMD安装教程
VMD （Visual Molecular Dynamics）是一款分子可视化程序，可使用三维图形和内置脚本显示、动画演示和分析大型生物分子系统。在 Linux 上安装 VMD软件用于可视化。
2025-07-14 17:48:08
5878
原创 ThermoMPNN/ThermoMPNN-D 的安装及使用教程
ProteinMPNN使用了整个PDB中的19700个蛋白簇进行训练，目标是根据给定的蛋白质骨架预测天然序列，它通过预测每个位置的天然残基的概率来实现这一点。这些预测是基于从PDB中的天然蛋白质中学习到的结构模式。
2025-06-23 09:24:32
3162
原创 Zero-Shot突变预测VenusREM的安装和使用
通过改造野生型蛋白质，以提升其催化活性、稳定性、结合亲和力等特性，从而满足工业和科研的需求。近年来，展现出了相较于传统方法（如定向进化和理性设计）更优越的效果和更低的成本。在突变效应预测中，预训练深度学习模型的关键在于精准理解蛋白质。本研究提出了一种，用于综合分析蛋白质的本征属性（通过序列和局部结构相互作用）以及进化属性（通过检索得到的同源序列）。研究人员在一个公开基准数据集 ProteinGym 上，使用来自 217 个实验的逾 200 万个突变体对该模型进行了评估，验证了其领先的性能。
2025-06-11 17:53:05
2437
原创 服务器数据迁移
本文提供了一个稳健的服务器迁移方案，将用户文件、Conda环境和配置文件分类处理。关键步骤包括：1）使用rsync同步用户项目文件(.zshrc/.oh-my-zsh等)和模型缓存；2）通过conda-pack打包旧服务器环境，在新服务器解压后执行conda-unpack修复路径；3）安装相同版本Miniconda并配置国内镜像。方案强调测试验证（--dry-run）和权限修正（chown），确保迁移后环境完整可用。特别提醒conda-unpack步骤对解决路径引用问题的必要性。
2025-05-27 09:45:27
1735
原创 AI设计蛋白质评估流程-COMPSS安装和使用教程
近年来，基于语言模型或逆向折叠算法进行蛋白序列设计可谓如火如荼。然而，预测评估生成的蛋白质是否还会折叠和发挥功能仍具有挑战性。本文尝试了20种不同的计算指标，以评估三种模型（祖先序列重建、生成对抗网络和蛋白质语言模型）生成的酶蛋白序列质量。我们重点关注两个酶家族，表达并纯化了500多个天然和生成序列，生成序列与最相似的天然序列具有70-90%一致性。对预测体外酶活性的计算指标进行基准测试。经过三轮实验，我们提出一种计算过滤标准COMPSS，将实验成功率提高了 50-150%。
2025-05-13 16:32:59
1832
2
原创 酶动力学预测工具CataPro安装教程
在此，研究人员基于蛋白质语言模型、小分子语言模型和分子指纹，提出了一种名为 CataPro 的新酶动力学参数预测算法。该研究从 BRENDA 和 SABIO-RK 数据库中收集了最新的转化率（kcat）、迈克尔常数（Km）和催化效率（kcat/Km）数据。根据 0.4 的蛋白质序列相似性对这些数据进行聚类，我们得到了相应的 10 倍交叉验证数据集。CataPro 在这些无偏 10 倍交叉验证数据集上进行了训练，在预测 kcat、Km 和 kcat/Km 方面的性能优于之前的预测器。1、创建并激活虚拟环境。
2025-04-02 20:48:03
3140
7
原创 Linux修改默认shell为zsh
加入之前输入过这个指令 ssh node01，那么当你输入 ssh no 的时候，终端会提示灰色，只需要按 →（右箭头）或者。Oh My Zsh 是一个超好用的 Zsh 配置框架，让终端更智能、自动补全超强、还有主题美化 ✨。而conda是有效命令，会是绿色。其中合法命令是绿色，错误命令是红色，路径、参数、变量会以不同的颜色区分。，就像你在用 fish shell 或输入法那样的“灰色提示”。支持更复杂的参数结构提示（比自带的 zsh 更强）（语法高亮）：为你在终端中输入的命令加上。
2025-03-29 18:28:00
2608
2
原创 Docker 镜像传输
可以通过任何文件传输方式（如 scp、rsync 等）将 .tar 文件传输到目标服务器。这将把 hello-world:latest 镜像保存为名为 hello-world.tar 的 tar 文件；其中，user@target_server:/path/to/destination 为目标服务器的实际路径；这会将 tar 文件中的 Docker 镜像加载到 Docker 中。目的：已下载的 Docker 镜像从一个机器传输到另一个机器。
2024-12-02 10:48:00
605
原创 Docker卸载
6、删除Docker配置文件（可选）2、查找已安装的docker软件包。4、删除Docker相关文件和目录。3、移除Docker软件包。5、删除Docker用户组。1、停止Docker服务。
2024-12-01 11:23:19
1429
原创 Linux安装NVIDIA 容器工具包（NVIDIA Container Toolkit）
该错误通常发生在使用 Docker 容器时，特别是涉及 GPU 加速的任务。这个错误提示说明当前系统没有正确安装或配置 NVIDIA 容器工具包（NVIDIA Container Toolkit），该工具包是用于支持 Docker 容器中使用 NVIDIA GPU 的必需工具。
2024-11-29 20:09:01
3270
原创 Docker问题：docker: Error response from daemon
出现 docker: Error response from daemon: Get "https://registry-1.docker.io/v2/": read tcp 12.12.12.3:54552->54.236.113.205:443: read: connection reset by peer 错误，通常是因为 Docker 无法通过代理连接到 Docker Hub 来拉取镜像。这通常是由于网络访问问题或代理配置不当。3、保存并退出文件；
2024-11-29 10:47:35
8696
1
原创 Docker常用命令
这些是一些常用的Docker命令；其中，表示镜像id， 表示镜像名称，表示容器id，使用过程中，需要将其替换成具体的镜像或者容器值；可以帮助你管理容器和镜像。
2024-11-28 22:05:49
221
原创 将Docker加入系统的Module管理
是一种用于在集群环境中动态加载和卸载环境模块的工具。它通常用于加载不同版本的软件环境和设置必要的路径和环境变量。如果 Docker 已经安装，并且你的系统支持使用 module 工具来管理它，你可以将 Docker 配置为一个模块，并通过 module load docker 来加载 Docker 环境。
2024-11-28 14:24:14
689
原创 Linux安装Docker
Docker 是一种开源的容器化平台，用于开发、运维和部署应用程序。Docker 允许你将应用程序及其依赖项封装到一个标准化的容器中，并能确保在任何环境下都能一致地运行。容器是一种轻量级、可移植的虚拟化技术，它比传统的虚拟机更高效。
2024-11-27 22:36:29
2038
原创 Linux服务器将普通用户添加到sudoers组
在 Rocky Linux 8 中，通常将用户添加到 wheel 组，以允许其使用 sudo 权限。可以执行以下命令将 username 用户添加到 wheel 组（这里的username替换成需要修改权限的用户名），-aG 选项表示将用户 username 添加到 wheel 组，并保留该用户的其他组信息。注意：只有root用户才有权限将普通用户添加到 sudoers文件中并授予其管理员权限，所以事先必须知道root用户的密码，本文以Rocky Linux 8为例。
2024-11-27 21:52:32
2618
原创 git clone下来的文件不完整（仓库中部分文件是用Git LFS上传的）
Git 克隆操作已经成功完成了普通对象的下载。Git LFS 管理的大文件可能尚未下载，需要通过命令下载完整的 LFS 文件。确保本地正确安装了 Git LFS，并在克隆后运行相应的命令来拉取大文件。
2024-10-08 13:24:51
6688
2
原创 VSCode连接远程服务器时打开TensorBoard报错：The package TensorBoard is required to launch a TensorBoard session.
最终经过查询终于找到了出现这个问题的原因：是VSCode中错误的使用了Linux系统的Python3.6解释器，而不是我项目中conda虚拟环境的python3.10解释器，所以只需要把当前的python解释器切换成你想要的python解释器即可；我也曾尝试过用管理员权限去执行上述指令，但是还是有问题，无法正常打开tensorboard的窗口；3、最后就可以在VSCode中正常启动tensorboard了，快去试试吧，希望能解决你的问题！2、 选择我们该项目的虚拟环境中python的解释器即可；
2024-08-09 11:36:53
1181
2
原创 Linux 常用命令集合
linux查看指定文件（filename）最后几行数据；linux查看一个文件有多少行；文件中最长的那一行是多少个字符；4、统计指定文件中的单词数；
2024-08-06 21:21:09
250
1
原创 使用WSL2安装Ubuntu 24.04和蛋白隧道动力学分析工具Caverdock v1.2
4、从Caverdock的官网下载Apptainer/Singularity Image 的 CaverDock软件，但是点击download之后是一个乱码的sif文件；9、输入 caverdock --help 发现缺少一些依赖的包，逐一对其进行安装（安装过程发现有些特定版本的依赖项找不到，但是换源之后找到了，体现了换源的重要性）；这些隧道是蛋白质内部的路径，通常允许小分子或者离子通过，从而参与和调控生物分子的功能；3、安装Apptainer容器，它是一个相对较新的容器软件（类似docker）；
2024-08-06 20:39:21
2627
5
空空如也
空空如也
TA创建的收藏夹 TA关注的收藏夹
TA关注的人