Snakemake学习记录

集群运行

之前在上一家公司使用的集群管理为slurm，以此为例，参考了简书中的一篇文章，可以直接使用sbatch命令来玉兴Snakemake file

#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=sbatch_rna_flow
#SBATCH --time=40:00:00
#SBATCH --cpus-per-task=20
#SBATCH --mem=60g
module load snakemake singularity
ml python/3.6
snakemake  -j 3 --use-singularity

将该shell文件保存为任意名称+.sh，例如run.sh，便可以通过sbatch run.sh来运行对应的snakemake file了

P.S.

module load snakemake singularity这条命令不知道是什么意思，
ml应该是该作者自定义的命令，
最后一行则为snakemake正常的命令行运行