利用snakemake + singularity搭建生信分析流程

本文是作者学习笔记。

snakemake作为一款主流流程管理软件，对比shell，py，R写的流程它的好处是不言而喻的。基本操作和技巧可以参考官方文档和各种博客上的文章，这里主要介绍如何利用singularity容器配合snakemake。

我们搭建生信流程的时候最麻烦的事是什么？那我相信很多同学的答案都会是：装软件。装软件这个活它主要麻烦在于我们的环境是各不相同的（包括操作系统，编译软件，语言版本，linux内核等等），更头痛的是有些依赖需要root权限（使用实验室，公司的服务器），这个时候docker容器就显示出威力了。通过构建镜像，我们可以完全定制自己环境，外加现在一些软件都提供了Dockerfile（构建镜像的文件），可以说是非常方便了。而singularity是一款类似docker的容器软件，它的好处是1.运行容器的权限比较低（docker需要至少用户加入docker组）2.命令更加简洁 3.构建镜像更简单，并且可以直接pull docker 镜像 4.被snakemake所支持（最重要的一点）。下面说一下具体怎么实现。

1.安装singularity

如果你不是sudoer的话，请系统管理员帮忙安装吧。

• 安装系统依赖：

$ sudo apt-get update && sudo apt-get install -y \
    build-essential \
    libssl-dev \
    uuid-dev \
    libgpgme11-dev \
    squashfs-tools \
    wget \
    git

• 安装go：

下载go安装包

$ export VERSION=1.11 OS=linux ARCH=amd64
$ cd /tmp
$ wget https://dl.google.com/go/go$VERSION.$OS-$ARCH.tar.gz

解压到 /usr/local（需要sudo权限）

$ sudo tar -C /usr/local -xzf go$VERSION.$OS-$ARCH.tar.gz

最后添加$GO_PATH, 更新$PATH

$ echo 'export GOPATH=${HOME}/go' >> ~/.bashrc
$ echo 'export PATH=/usr/local/go/bin:${PATH}:${G