Dargon2的博客

1.生物学背景知识生物信息就是利用统计知识和处理软件对生物标记数据进行分析，研究其具体的意义肯定要了解生物学背景的。2.生信分析类软件使用大多数人都是使用别人开发好的生信软件处理数据，软件怎么使用就是最基础的能力了；另外就是生物信息分析的软件开发，这个要求对于大多数人来说就很困难了。3.统计学基础知识在分析具体数据的时候，我们需要选择合适的分析方法对数据进行统计分析，概率论和数理统计知识是必不可少的。4.linux操作常用的命令比如ls，mkdir等等一天就可以掌握，高级一点的命令比如awk，

1.docker容器安装有root权限，发现安装出现报错 磁盘已满，查看原因sudo df -h /var/lib/docker/dev/mapper/centos-root 6.7G 6.7G 56M 100% /网上搜了一下，发现是container 默认安装到Docker Root Dir: /var/lib/docker ， 按照网上说明的修改docker root路径还是无法成功安装，索性直接将这个路径链接到其它盘阵sudo mv /var/lib/docker /var/lib

metascape 功能注释工具1.网址https://metascape.org/gp/index.html#/main/step1metascape是一个在线的功能注释网址，使用简单，说明详细，一般转录组测序分析中，挑选出的差异基因可以使用这个网址进行功能注释。2.输入推荐使用文档或EXCEL文件，内容包含基因的信息，可以是gene ID 或者 symbol。3.选择物种选择本次研究的基因对应的物种。4.执行在默认的设置下可以点击Express Analysis一键执行，个性化设置

VEP 注释Ensembl Variant Effect Predictor (VEP)VEP determines the effect of your variants (SNPs, insertions, deletions, CNVs or structural variants) on genes, transcripts, and protein sequence, as well as regulatory regions.1.下载安装http://asia.ensembl.org/i

SRA 数据下载1.链接https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/2.输入文章中accession no. SRA编号，选择每一页100 个list，然后点击 Send results to Run selector3.选择所需要下载的样品对应的SRR编号4.点击 data access，可以通过aws 或 wget直接下载wget https://sra-downloadb.be-md.ncbi.nlm.nih.gov/sos1/sra-pub-run-5/SRR

TCGATCGA 数据库是目前最大的癌症基因信息数据库，TCGA的全面不仅仅体现在众多癌型上，还体现在多组学数据，包括基因表达数据、miRNA表达数据、拷贝数变异、DNA甲基化、SNP。数据下载肿瘤研究经常需要下载相关数据，目前可以通过官网（http://www.cbioportal.org/）直接下载，或者xenabrowser 下载。xena下载比较简单，选择需要研究的癌症种类，直接下载所需的文件就可以了。https://xenabrowser.net/datapages/?hub=https