metascape

metascape 功能注释工具

1.网址
https://metascape.org/gp/index.html#/main/step1
metascape是一个在线的功能注释网址，使用简单，说明详细，一般转录组测序分析中，挑选出的差异基因可以使用这个网址进行功能注释。

2.输入
推荐使用文档或EXCEL文件，内容包含基因的信息，可以是gene ID 或者 symbol。

3.选择物种
选择本次研究的基因对应的物种。

4.执行
在默认的设置下可以点击Express Analysis一键执行，个性化设置点击Custom Analysis。

5.结果下载
点击 Analysis Report page，然后 下载 Zip file，按照说明文档查看结果。

6. 个性化设置
ID conversion 可以进行数据的筛选

Annotation 选择描述，需要注释的数据库相关信息，然后点击apply

membership，选择搜索范围，输入感兴趣的内容，比如cancer等，然后点击apply

Enrichment ， pathway和PPI富集分析，选择感兴趣的数据库，设置参数，点击 Enrichment Analysis， 完成后点击apply，之后可以在analysis report page 查看或者下载分析结果