SRA数据下载

最新推荐文章于 2024-03-10 19:51:49 发布
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分类专栏： 生物信息
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本文链接：https://blog.csdn.net/qq_41755858/article/details/106252831
版权
SRA 数据下载

1.链接
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/

2.输入文章中accession no. SRA编号，选择每一页100 个list，然后点击 Send results to Run selector
在这里插入图片描述
3.选择所需要下载的样品对应的SRR编号
在这里插入图片描述
4.点击 data access，可以通过aws 或 wget直接下载
在这里插入图片描述

wget https://sra-downloadb.be-md.ncbi.nlm.nih.gov/sos1/sra-pub-run-5/SRR873610/SRR873610.1

5.安装fastq-dump,然后将SRR转换成FQ格式
https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=toolkit_doc&f=fastq-dump

fastq-dump --split-3 -O FQ/ SRR873610.1
Dargon2222
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sra-download:使用sra-toolkit批量下载已发布的数据
03-05
sra下载 使用sra-toolkit批量下载已发布的数据 将所有登录号添加到SRaAccList.txt 相应地在sample_list.txt中定义样品名称 运行sra-download.sh
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wangprince2017
11-27 1851
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生信项目之NCBI下载数据集详解
最新发布
weixin_44540733的博客
03-10 2334
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nci60数据集_#数据库#NCI通路互作数据库介绍
weixin_42297444的博客
12-31 1069
National Cancer Institute (NCI)pathway interaction database是一个经过校对的权威通路互作数据库。数据库中收录了322个来自BioCarta和Reactome的通路数据。并对其进行校对，到2012年9月，已经完成了136个通路的校对过程。除了通路以外，数据库还收录了丰富的通路相关基因信息，便于我们查询基因和通路之间的相关性。NCI主页地址ht...
从EBI中ENA数据库下载原始数据accession的详细信息以及序列
hac_kill_you的博客
02-12 6844
文章目录1. ENA 数据库的检索功能1. 简单搜索2. 复杂搜索2. ENA 数据库中的accession的详细信息下载3. ENA 数据库中的accession的序列下载 学生物的大概都会用到EBI数据库，而其中的ENA数据库更是包含着丰度的序列信息，那么怎么获取他们呢？ 1. ENA 数据库的检索功能 ENA数据库网址：https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/home 在下载信息之前首先是检索信息： 1. 简单搜索 如下图，直接搜多sediment的信息，就会有很多相关的序
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经常需要在GEO中下载测序数据原始文件，得到sra编号之后，有两种方法下载： 一、可以通过在ebi（http://www.ebi.ac.uk/）中搜索SRA编号，然后用aspera直接下载fastq文件，详情参考本博客《Chip-seq流程报告》 二、然而有的数据在ebi上并没有提供fastq文件，这个时候就只能下载SRA文件，然后用sratoolkit中的fastq-dump进行转换 后文
SRA数据下载的一个坑
xuzhougeng blog
07-16 1087
SRA数据真坑啊！
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HLmk12345的博客
05-05 1084
目录 文章目录目录前言一、NCBI官方的 SRA Toolkit 进行下载二、使用步骤1.引入库2.读入数据总结 前言 如果有公司提供的测序数据，包含fastq测序文件，便可直接进行 公共数据库下载数据： EBI数据下载 DDBJ数据下载 NCBI下载SRA数据有四种方法： NCBI官方的 SRA Toolkit 进行下载 aspera 工具下载 wget, curl 命令直接下载 grabseqs 工具下载 一、NCBI官方的 SRA Toolkit 进行下载 获取GEO编号，比如GSE1009
下载sra原始数据（包含储存在sra-sos的数据）
weixin_43745169的博客
06-22 1万+
对于一个做生信分析的学生，从NCBI上下载原始的测序文件是一项基本技能。 sra文件可以理解为是fastq的压缩文件。sra文件可以通过SRA Toolkit软件包下载。但是实际上，我尝试了无数次，aspera也装了，但都不能下载。 但是sra toolkit的软件包还是要装的，因为之后需要用其中的fastq-dump把sra转换成fastq文件。 获取想要的data的SRR号 发表的文章后面都是......
GEO小白初探，先瞎写一通，以后再改
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12-03 1491
一般文章中都会给出GSE，如在GEO中搜索:GSE81916。往下面翻翻，就会有一个samples属性： 我的理解就是GSE就是一项实验的代号，然后这个实验包含很多样本(samples)。例如这个GSE中就有15个样本。 随便点进去一个样本，往下翻，就会看到关联的SRA链接： 继续点击该链接（SRX for experiments)，进入到该sample的具体处理页面，包括测序的结果（RUN）： 继续往下点就可以下载啦。 或者你可以直接在搜索GSE后的界面点击SRP(SRP fo.
使用aspera下载SRA数据速度高达 下载中国gsa数据? ascp
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01-20 1242
问：ascp: failed to authenticate, exiting. Session Stop (Error: failed to authenticate) 怎么回事？链接：https://www.jianshu.com/p/2987843d97e3。问：既然断点续传对fasta/q序列文件的完整性有影响，那我不加k1可以嘛？商业转载请联系作者获得授权，非商业转载请注明出处。问：断点续传对fasta/q序列文件的完整性有怎样的影响？问：为什么我下载的这么慢，明明我设置的也是。
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模数流Nextflow管道，用于从NCBI SRA下载和处理微生物RNA序列数据设置安装 检查的Java 8或更高版本安装使用： java -version 将nextflow下载到当前目录： curl -s https://get.nextflow.io | bash curl -s ...
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SRA数据常用的下载方法 研究生了，对以往的知识进行一个复习和总结吧。 SRA数据库存储了现在主要高通量测序平台的原始测序数据和和比对信息，包括了SRA、EBI、DDBJ、JGI等数据库的信息。（这里分享一个小的知识点，现在可以不只依赖NCBI进行查找和下载，国家基因组科学数据中心（NGDC）官网 已经进行了整合）。对于NGDC数据库的使用在这里就暂时不细说了，看后面有没有必要吧，使用方法更加贴合中国人的习惯的。 言归正传，现在SRA数据的下载主要有以下5个方法： 1、NCBI官方提供的SRA Toolki
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SRA元数据是什么意思
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