超嗜热酶综述翻译，《Hyperthermophilic Enzymes: Sources, Uses, and Molecular Mechanisms for Thermostability》

超嗜热酶：来源、用途和热稳定性的分子机制

Abstract

Enzymes synthesized by hyperthermophiles (bacteria and archaea with optimal growth temperatures of >80°C), also called hyperthermophilic enzymes, are typically thermostable (i.e., resistant to irreversible inactivation at high temperatures) and are optimally active at high temperatures. These enzymes share the same catalytic mechanisms with their mesophilic counterparts. When cloned and expressed in mesophilic hosts, hyperthermophilic enzymes usually retain their thermal properties, indicating that these properties are genetically encoded. Sequence alignments, amino acid content comparisons, crystal structure comparisons, and mutagenesis experiments indicate that hyperthermophilic enzymes are, indeed, very similar to their mesophilic homologues. No single mechanism is responsible for the remarkable stability of hyperthermophilic enzymes. Increased thermostability must be found, instead, in a small number of highly specific alterations that often do not obey any obvious traffic rules. After briefly discussing the diversity of hyperthermophilic organisms, this review concentrates on the remarkable thermostability of their enzymes. The biochemical and molecular properties of hyperthermophilic enzymes are described. Mechanisms responsible for protein inactivation are reviewed. The molecular mechanisms involved in protein thermostabilization are discussed, including ion pairs, hydrogen bonds, hydrophobic interactions, disulfide bridges, packing, decrease of the entropy of unfolding, and intersubunit interactions. Finally, current uses and potential applications of thermophilic and hyperthermophilic enzymes as research reagents and as catalysts for industrial processes are described.

摘要

由超嗜热菌（最佳生长温度 >80°C 的细菌和古细菌）合成的酶，也称为超嗜热酶，通常是热稳定的（即，在高温下抵抗不可逆失活）并且在高温下具有最佳活性。这些酶与其嗜温对应物具有相同的催化机制。当在嗜温宿主中克隆和表达时，超嗜热酶通常会保留其热特性，表明这些特性是基因编码的。序列比对、氨基酸含量比较、晶体结构比较和诱变实验表明，超嗜热酶确实与其嗜温同系物非常相似。没有单一的机制是造成超嗜热酶显着稳定性的原因。相反，必须在少数高度特异性的改变中发现增加的热稳定性，这些改变通常不遵守任何明显的交通规则。在简要讨论了超嗜热生物的多样性后，这篇综述集中讨论了它们酶的卓越热稳定性。描述了超嗜热酶的生化和分子特性。回顾了导致蛋白质失活的机制。讨论了蛋白质热稳定所涉及的分子机制，包括离子对、氢键、疏水相互作用、二硫键、堆积、去折叠熵降低和亚基间相互作用。最后，描述了嗜热和超嗜热酶作为研究试剂和工业过程催化剂的当前用途和潜在应用。

介绍

超嗜热菌在 80 到 110°C 之间的温度下生长最佳。这些生物仅以细菌和古细菌物种为代表，已从所有类型的陆地和海洋热环境中分离出来，包括自然和人造环境。来自这些生物体的酶（或超嗜热酶）在 70°C 以上的温度下具有高热稳定性和最佳活性的独特结构-功能特性。其中一些酶在高达 110°C 及以上的温度下仍具有活性（349). 嗜热生物在 50 到 80°C 之间生长最佳。它们的酶（嗜热酶）显示出介于超嗜热酶和嗜温酶之间的热稳定性能。这些嗜热酶通常在 60 至 80°C 之间具有最佳活性。在高温下活跃，嗜热和超嗜热酶通常在 40°C 以下不能很好地发挥作用。

目前的理论和环境证据表明，超嗜热生物是地球上最早出现的生命形式 ( 318 )。因此，超嗜热酶可以作为模型系统供有兴趣了解酶进化、蛋白质热稳定性的分子机制和酶功能的温度上限的生物学家、化学家和物理学家使用。这些知识可以导致开发新的和/或更有效的蛋白质工程策略和广泛的生物技术应用。

本综述将涵盖嗜热和超嗜热酶的来源和用途，以及蛋白质稳定性的分子决定因素。重点将放在超嗜热酶上，因为目前大多数研究都集中在这些酶和超嗜热菌上。生命的最高温度是多少？早在 1969 年，当 TD Brock 及其同事发现Thermus aquaticus（现在以PCR 技术中的Taq聚合酶而闻名）时， T. aquaticus被认为是极端嗜热菌，因为它在 75°C 下生长最佳 ( 41 )。当然，如今，生长温度高达 113°C ( 28 ) 的超嗜热生物，如Pyrolobus fumarii ，被认为是极端的。

嗜热酶和超嗜热酶（也称为嗜热酶 [参见参考文献349 ]）是另一种称为极酶的酶类的一部分，它在极端微生物中进化。极酶可以在高盐水平（盐酶）、高碱性条件（碱酶）和其他极端条件（压力、酸度等）下发挥作用（参见参考文献4、144、223和371). 嗜热和超嗜热酶在高温下具有本质稳定性和活性，与嗜温酶相比具有重要的生物技术优势。（即酶在 25 至 50°C 下具有最佳活性）或嗜冷酶（即酶在 5 至 25°C 下具有最佳活性）：(i) 一旦在嗜温宿主中表达，嗜热和超嗜热酶更容易通过热处理纯化，（ii）它们的热稳定性与对化学变性剂（例如溶剂或盐酸胍）的更高抵抗力相关，并且（iii）在高温下进行酶促反应允许更高的底物浓度，更低的粘度，更少的微生物污染风险，和通常反应速率较高。

超嗜热菌已经成为广泛评论 ( 140 , 317 , 319 , 320 )的对象，此处仅作简要描述。没有对从嗜热菌和超嗜热菌中分离和表征的所有酶进行详尽描述，因为该信息可在别处获得 ( 2 , 3 , 139 , 263 , 349 )。相反，我们将关注解释极端蛋白质热稳定性的分子决定因素的最新发现，以及具有最高商业相关性的嗜热和超嗜热酶。

超嗜热菌多样性

在过去的 30 年里，科学界对嗜热菌的兴趣不断增加。这种日益增长的兴趣体现在已被描述的超嗜热物种数量的增加（从 1972 年的 2 个 [ 40 , 372 ] 到 1999 年底的 70 多个 [ 140 , 320 ]），关于主题，以及全球基因组测序项目中嗜热菌占据的主要中心位置（六个完整的基因组序列，以及至少四个正在进行的基因组测序项目）（见表的表格11个和http://www.tigr.org ）对源自单一大陆温泉（黄石国家公园的黑曜石池）的样本中的环境 16S rRNA 序列 ( 18 , 19 ) 和环境脂质分析 ( 128 ) 的研究表明，已知的嗜热菌仅代表超嗜热物种多样性的一小部分。

既然我们能够几乎常规地从深海海底采集样本，那么接触超嗜热生境就不再是研究超嗜热生物多样性的限制因素。分离和培养新的超嗜热菌的纯培养物一直是——而且仍然是——一个挑战。这种困难的一个显着例子是细菌Thermocrinis ruber ( 147 )。Brock ( 39 )早在 1967 年就描述了这种形成粉红色细丝的细菌，但成功培养这种生物体 ( 147 )花费了超过 25 年的时间。在不久的将来，科学家的一项主要任务将是为具有不同的、不可预见的代谢要求的微生物开发新的分离技术。胡贝尔等。( 145) 率先使用光学镊子克隆了一种新的古菌超嗜热菌。

超嗜热菌几乎完全从温度范围为 80 至 115°C 的环境中分离出来。热的自然环境包括大陆 solfataras、深层地热加热含油层、浅海和深海热沉积物，以及位于海平面以下 4,000 米的热液喷口（表的（表格1）。1个). 超嗜热菌也已从高温工业环境中分离出来（例如，地热发电厂和污水污泥系统的流出物）。深海超嗜热生物在静水压力为 200 至 360 atm 的环境中茁壮成长。其中一些物种具有耐压性 ( 281 ) 甚至嗜压性 ( 95 , 233 , 257 )。已知最嗜热的生物，P. fumarii, 在 90 至 113°C 的温度范围内生长。可能存在生命的最高温度仍然未知，但可能不会超过 113°C。高于 110°C，氨基酸和代谢物等分子变得高度不稳定（ATP 在低于 140°C 的温度下在水溶液中自发水解）并且疏水相互作用显着减弱（163 ）。

在已描述的超过 70 个物种、29 个属和 10 个嗜热菌目中 ( 320 )，大多数是古细菌。Thermotogales和Aquificales是唯一的细菌（表