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原创 centos7.9离线安装alphafold2

根据github上的安装步骤进行安装。

2024-03-01 09:41:22 1341 2

原创 生信软件:psiblast、HH-suite3使用anaconda安装

我用的python3.6版本,网络上都是从ftp直接下载psiblast的压缩包,然后解压使用,再配置环境变量,和再anaconda中安装是一样的。

2023-07-06 17:41:10 699 2

转载 在linux服务器上查询显卡GPU型号

本文参考。

2023-06-25 21:53:44 4886

原创 RuntimeError: Error(s) in loading state_dict for DataParallel:

模型训练时在单GPU上训练,测试时在多GPU上时,就会报这个错

2023-06-06 20:25:31 458

原创 超嗜热酶综述翻译,《Hyperthermophilic Enzymes: Sources, Uses, and Molecular Mechanisms for Thermostability》

超嗜热酶:来源、用途和热稳定性的分子机制,翻译

2023-04-25 14:53:40 585

原创 Python Matplotlib 柱状图 改变柱子两边空白区域宽度

Python Matplotlib 柱状图 改变柱子两边空白区域宽度

2023-04-21 16:55:56 1073

原创 ImportError: /lib64/libstdc++.so.6: version `GLIBCXX_3.4.21‘ not found

无root权限解决ImportError: /lib64/libstdc++.so.6: version `GLIBCXX_3.4.21‘ not found

2022-08-17 16:58:58 751

原创 【代码阅读】GitHub:tomerdesign/implement_strategies.py

使用重采样策略提高酶的最佳催化温度(Topt)预测

2022-07-22 15:03:06 417

原创 AlphaFold/run_alphafold.py代码阅读理解

alfhafold2源码运行代码阅读

2022-07-07 21:28:50 1072

原创 AlphaFold2/docker/run_docker.py阅读理解

阅读alphafold2源码中的run_docker.py文件

2022-07-07 12:06:01 669

原创 在Linux服务器anaconda环境下离线安装tensorflow-gpu2.3.0版本(python 3.7)

在Linux服务器anaconda环境下离线安装tensorflow-gpu2.3.0版本(python 3.7)

2022-06-13 13:01:03 2268 2

原创 使用awk处理多行fasta文件拆分为单个fasta文件,并去掉后缀^M

大文件:31万个序列(我看的文章里面说一小时处理100条序列,这里我用了)代码如下:把mulfa.fasta文件拆分成单个fasta文件awk '{if($0~/^>/)a=$0; else{system("echo \\"a"\"\n\""$0a)}}' mulfa.fastamulfa.fasta文件如下:生成的单个fasta文件如下:小文件处理及代码解释如这篇文章所说:http://t.csdn.cn/xTZId感谢这位大佬......

2022-05-16 10:25:15 1437 3

原创 python实现并行运算(读文件查找并写入另一个文件)

代码目的:1.读取1.tsv文件,提取列索引ogt_source=“experimental”的所在行的uniprot_id列的值举个栗子:假设1.tsv文件如下图所示,则列索引为:(uniprot_id、a、b、c、opt_source ),下面代码中提到的all_uniprotid = [3,5],类型为<class 'numpy.ndarray'>2. 在2.fasta文件中查找步骤一提取到的uniprotid,并把当前行和下一行写入re.txt文件中细节:...

2022-05-07 18:34:04 645

原创 一些快捷键、命令

快捷键

2022-02-25 17:11:39 929

原创 python代码由于版本问题的各种报错

本文所有的报错解决方案均为互联网上搜索的结果,我只是将其进行了总结,方便以后的查找,最后按照报错顺序附上了原文链接。所有报错:报错:xlrd.biffh.XLRDError: Excel xlsx file; not supported原因:xlrd更新到了2.0.1版本,只支持.xls文件,所以pandas.read_excel(‘xxx.xlsx’)会报错。解决方法:1.可以安装旧版xlrd,在cmd中运行:pip uninstall xlrdpip install x.

2021-12-19 16:55:23 701

原创 Linux/windows10配置环境/tensorflow由于版本等等问题遇到的报错

每次配环境都要百度百度百度,我决定把他们都记录下来,防止以后浪费时间python:1. bash: /usr/bin/python: Too many levels of symbolic links(符号链接级别过多)相关命令:(1)查看都有哪些链接ls -l /usr/bin | grep python(2)删除链接sudo rm /usr/bin/python(3)添加链接(python3指向3.5版本)sudo ln -s /usr/bin/python3

2021-04-06 14:35:15 444

原创 JAVA——拼图小游戏

大三Java程序设计课老师让做的大实验,我做了拼图游戏,参考了https://blog.csdn.net/A1344714150/article/details/84888599这个博主的代码,我的没有实现存储记录和难度选择功能。运行结果:主要组成:HelpPanel和GamePanel页面。源码如下:import java.awt.BorderLayout;import ...

2020-05-26 23:15:39 1257 8

BigExperience.zip

大三Java程序设计课老师让做的大实验,拼图游戏,很简单的功能,没有实现存储记录和难度选择功能。包括Gamepanel和Helppanel页面,可点击按钮移动,键盘,鼠标,点击拼图块移动。

2020-06-14

空空如也

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