一、PSI-blast
conda install -c bioconda blast
我用的python3.6版本
1. 网络上都是从ftp地址直接下载最新的psiblast的压缩包
2. 然后解压:tar -zxvf ncbi-blast-2.13.0+-x64-linux.tar.gz
3.切换到bin/
目录下,直接运行./psiblast -h
查看帮助文档使用
4. 可以配置环境变量,这样可以和在anaconda中安装一样使用。
bin/目录下运行./psiblast -query text.fasta -db lib.fasta -num_iterations 3 -evalue 0.001 -out_ascii_pssm outfile.pssm
参数解释:-query text.fasta是用于比对的序列文件;-db lib.fasta是用于比对的库文件;-num_iterations 3表示迭代三次;-out_ascii_pssm outfile.pssm表示输出文件为pssm格式,文件名称为outfile.pssm
二、Hh-suite3
conda install -c conda-forge -c bioconda hhsuite
这个GitHub上有安装教程,多种安装方式。GitHub地址:GitHub - soedinglab/hh-suite: Remote protein homology detection suite.