生信软件：psiblast、HH-suite3使用anaconda安装

一、PSI-blast

conda install -c bioconda blast

我用的python3.6版本

1. 网络上都是从ftp地址直接下载最新的psiblast的压缩包

2. 然后解压：tar -zxvf ncbi-blast-2.13.0+-x64-linux.tar.gz

3.切换到bin/目录下，直接运行./psiblast -h查看帮助文档使用

4. 可以配置环境变量，这样可以和在anaconda中安装一样使用。

bin/目录下运行./psiblast -query text.fasta -db lib.fasta -num_iterations 3 -evalue 0.001 -out_ascii_pssm outfile.pssm
参数解释：-query text.fasta是用于比对的序列文件；-db lib.fasta是用于比对的库文件；-num_iterations 3表示迭代三次；-out_ascii_pssm outfile.pssm表示输出文件为pssm格式，文件名称为outfile.pssm

二、Hh-suite3

conda install -c conda-forge -c bioconda hhsuite

这个GitHub上有安装教程，多种安装方式。GitHub地址：GitHub - soedinglab/hh-suite: Remote protein homology detection suite.