plink处理数据使用记录

vcf 文件转换为 ped  和 map文件：
plink --noweb --vcf AMP_SNP_anno.vcf --recode --out output --double-id

转换为二进制文件：
plink --noweb --file output --make-bed --out outputB

quality control:
plink --bfile outputB --geno 0.05 --hwe 0.0001 --maf 0.1 --mind 0.05 --recode --out output3
--geno 0.05 如果一个个体有5%的SNP都是缺失的，那么就删掉该SNP。
--mind 0.05 如果一个SNP5%的个体中都是缺失的，那么就删掉该个体。

plink --bfile outputB --geno 0.05 --hwe 0.0001 --maf 0.1 --mind 0.05 --recode vcf
输出文件为vcf

snp_chr1_12777254.vcf：
plink --noweb --vcf snp_chr1_12777254.vcf --make-bed --out outputBC1   
1.9版本的plink  用以上命令生成ped文件

报错：Error: Out of memory. The memory flag may be helpful.
Failed allocation size: 665225152
执行： plink --memory 665225152
报错：Error: --memory parameter too larges for 32-bit version
换个64version 试一下
成功~~~