TCGAbiolinks下载临床数据报错

最新推荐文章于 2024-05-27 11:39:13 发布
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分类专栏： R 文章标签： TCGA
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本文链接：https://blog.csdn.net/qq_42424756/article/details/81386201
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本文档介绍了在使用TCGAbiolinks库下载TCGA临床数据时遇到的错误及相应的解决方法，帮助用户顺利进行数据获取。
摘要由CSDN通过智能技术生成 
query <- GDCquery(project = "TCGA-GBM",
                  data.category = "Clinical",
                  barcode = c("TCGA-08-0516","TCGA-02-0317")) 
GDCdownload(query)
clinical <- GDCprepare_clinic(query, clinical.info = "patient")
Error in doc_parse_file(con, encoding = encoding, as_html = as_html, options = options) :

修改方式

#It seems the parsed TXT were added to
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qq_42424756
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专栏目录
TCGAbiolinks：TCGAbiolinks
02-05
TCGAbiolinks：TCGAbiolinks
TCGA临床数据提取
04-12
自己编写程序，对TCGA的临床信息进行整理和提取，便于做生存分析
TCGA 数据下载 —— TCGAbiolinks 简单使用
dxs18459111694的博客
05-27 2230
前言数据查询harmonized 数据库1. 甲基化数据：复发肿瘤样本2. 查询甲基化和表达数据3. 查询原始数据获取 manifest 文件获取 ATAC-seq 数据数据下载与处理查询和下载数据GDCprepare下载 CNV 数据下载转录组数据下载 DNA 甲基化数据下载蛋白质组数据下载临床数据下载 SNV 数据下载单细胞数据是一个利用GDC API接口来查询、下载和分析TCGA数据库的数据的R包数据查询和下载数据的常规分析可视化该包可以从上安装稳定版本if (!或者从GitHub。
TCGA 数据下载 —— TCGAbiolinks 临床数据下载
最新发布
dxs18459111694的博客
05-27 1381
患者与临床信息是一对多的关系，即一个患者可能会接受多次化疗，因此，只能对单个表进行解析，使用。使用下面的代码可以获取所有 TCGA 项目的临床数据。还提供了一些用于查询、下载和解析临床数据的函数，查看具体包含的临床信息，有药物、随访、化疗等信息。由于这两个患者没有放疗信息，返回了。还有一些函数用过筛选临床样本，例如。我觉得还是直接从一些数据库中（如。），下载整理好的临床数据即可。如果我们想获取乳腺癌患者的。还可以获取其他临床信息，如。查看所包含的所有信息种类。获取其他项目的临床信息。
TCGAbiolinks整理表达数据和临床数据
sayhello1025的博客
06-10 6870
TCGA 表达数据和临床数据
GDC API下载肿瘤数据
qq_27390023的博客
10-14 876
注： 表达谱文件在单独的文件夹中，UUIDs号为文件夹名称，没有TCGA中样品编号，不是表达矩阵。
TCGA_临床数据下载
weixin_59289660的博客
03-22 2539
一、数据下载 1GDCquery筛选-GDCDownload下载-GDCprepare_clinic()读取 数据 query <-GDCquery(project = "TCGA-LUAD", data.category = "Clinical", file.type = "xml") GDCdownload(queryDown, method = "api", dir.
methylXprs:在多变量背景下将DNA甲基化与基因表达相关联的方法。 可以类似地评估任何可能的二分修饰语在这种关系中的作用
03-30
即，为了构建原始模型，使用TCGAbiolinks软件包从The Cancer Genome Atlas TCGA下载了成对的DNA甲基化和基因表达，以评估种族在DNA甲基化与基因表达之间的多变量关系中作为修饰子的作用。 下载了八种具有高非裔美国...
在更新后的TCGA数据库中利用更新后的TCGAbiolinks下载转录组数据
dudasha的博客
09-04 1259
在更新后的TCGA数据库中利用更新后的TCGAbiolinks下载转录组数据
TCGA官网下载和TCGAbiolinks下载的文件数量竟然不一样？
医学和生信笔记的博客
09-18 1723
本文首发于公众号：医学和生信笔记 “ 医学和生信笔记，专注R语言在临床医学中的使用，R语言数据分析和可视化。主要分享R语言做医学统计学、meta分析、网络药理学、临床预测模型、机器学习、生物信息学等。 最近有小伙伴问我TCGA的表达矩阵整理问题，用到了我的一篇推文中的教程： TCGA官网下载的数据也可以用TCGAbiolinks包搞定，只需2行代码！ 但是总是遇到以下报错： # 查询这一步是需要的！即使网在烂，这一步应该可以成功的...query <- GDCquery
求助，大神们可不可以帮我看看这个报错
m0_54759627的博客
04-09 2382
求大神帮我解答一下，我卡了一天了 TCGAbiolinks:::getProjectSummary("TCGA-DLBC") DLBC_query <- GDCquery(project = "TCGA-DLBC", legacy = FALSE, experimental.strategy = "RNA-Seq", data.c
TCGA下载病理数据，文件太大无法完整下载
wuyang27的博客
03-04 1634
尝试了三种办法，直接下载、用官方软件gdc-client下载、R语言包下载，都失败了。都是超过一定大小就下载不完整无法正常打开或者R语言直接报错。求问有人碰到过类似的情况或者能提供解决的思路吗？
新版TCGA表达矩阵1行代码提取2.0版
医学和生信笔记的博客
11-13 1784
配合视频教程使用更佳：【1行代码提取6种TCGA表达矩阵和临床信息】 https://www.bilibili.com/video/BV12R4y197Ne/?之前写了一个脚本，可以让大家1行代码提取6种类型的表达矩阵以及对应的临床信息。
tcgabiolinks临床数据下载
06-28
### 回答1： tcgabiolinks是一个R包，可以用来下载TCGA（The Cancer Genome Atlas）项目的临床数据。使用该包，可以方便地获取TCGA项目中的患者临床信息，如年龄、性别、病理诊断、治疗方案等。这些信息对于研究肿瘤的发病机制、预后、治疗等方面都有很大的帮助。 ### 回答2： TCGA BioLinks是一种非常实用的工具，可以帮助研究人员访问TCGA的临床数据，以及其他数据源，并且包含了诸如RNA序列、miRNA序列、表观遗传学、基因组学、蛋白质组学等多种类型的数据，并且进行了整合。该工具可以轻松地访问临床数据，使得研究人员能够研究许多不同的癌症类型，从而更好地了解这些癌症的基本属性和疾病进展情况。 TCGA BioLinks提供了一些简单而有效的下载功能，以帮助用户获得源数据和元数据，并合并它们以供后续分析。此外，这个工具还提供了一些高级搜索功能，可以根据研究人员的需求，精确地定位他们想要的数据，并根据不同的生物学特征对它们进行过滤和排序，以便进行进一步的研究。 为了下载临床数据，研究人员需要登录TCGA BioLinks的网站，并选择“数据下载”选项。在这里，用户可以选择他们感兴趣的数据集，并选择下载数据，同时也可以定制下载的选项。例如，用户可以选择下载某个癌症类型的RNA序列数据，或者下载所有癌症类型的外显子组数据，并且还可以通过基因名称或某个特定的生物学特征进行过滤。 总的来说，TCGA BioLinks是一个非常强大且易于使用的工具，可以帮助研究人员快速访问TCGA的临床数据，并且提供高级搜索功能，允许定制下载选项，以便进行下游分析。它为研究人员提供了一种新的且简便的方法来分析临床数据，并提供了必要的元数据和工具，帮助研究人员更好地理解癌症的生物学特征和疾病进程。 ### 回答3： tcgabiolinks是一个R语言包，可以用于从TCGA（癌症基因组图谱）数据库下载临床数据。TCGA项目旨在为全球研究人员提供高质量的癌症分子数据，以便进行更深入的生物信息学研究和数据分析。 首先，您需要在R语言环境下安装tcgabiolinks包。可以使用以下命令安装： ``` R install.packages("tcgabiolinks") ``` 一旦安装了这个包，您就可以使用以下命令从TCGA数据库下载临床数据： ``` R clinical_data <- GDCquery_clinic(project = "TCGA-BRCA", save = TRUE) ``` 上述命令将下载TCGA-BRCA项目的临床数据，然后将其保存在名为clinical_data的变量中。TCGA-BRCA项目指的是乳腺癌研究，您可以替换为您感兴趣的项目名称。 下载的临床数据包括许多有用的信息，例如患者的生存期、治疗方式、癌症等级、转录组数据等等。您可以使用以下命令查看这些信息： ``` R head(clinical_data) ``` 此命令将显示clinical_data变量的前几行，其中包含了下载的临床数据。 如果您想下载其他类型的TCGA数据，例如转录组数据，可以使用GDCquery函数并提供所需的参数。例如，以下命令将从TCGA数据库中下载BRCA项目的全部RNA-Seq数据： ``` R GDCquery(project = "TCGA-BRCA", data.category = "Transcriptome Profiling", data.type = "Gene Expression Quantification", workflow.type = "HTSeq - FPKM", save = TRUE) ``` tcgabiolinks包使得从TCGA数据库中下载临床数据变得非常容易。在R语言环境中进行生物信息学研究和数据分析时，该包是非常有用的工具之一。
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