系统发育树操作神器-TreeTools-持续更新

系统发育树是生物学最常涉及到的内容，有多种软件（MEGA、iQtree、raxML等）以及多种算法（贝叶斯、最大似然法、邻接法等）生成多种格式（newick、nexus、phylip）的系统发育树。我们常常通过iTOL、ggtree进行可视化或者其他操作，这里介绍一个可以批量对树进行编辑、删除操作的R包-TreeTools。

TreeTools能做什么

TreeTools "是一个R软件包，它提供了用于创建、修改和分析系统发育树等多种功能。

主要功能包括：生成具有指定形状的树；分析树的形状；树的根系和提取子树；计算和描述节点支持度；计算祖先-后裔关系；从Newick、Nexus和TNT格式导入和导出树；以及分析进化树分块和clade信息。

它是对’ape’、'phangorn’和’phytools’等软件包的补充，旨在实现高效和稳健的功能，通常应用于非加权树（即那些没有边长的树）。

安装

• 从CRAN安装并载入包

install.packages('TreeTools')
library('TreeTools')

• 或可从最新的github下载最新版

if(!require(devtools)) install.packages("devtools") # 借助devtools从github安装最新版包
devtools::install_github('ms609/TreeTools')

常用功能

对系统发育树指定根

RootTree()：按照指定叶子（tips）root
RootOnNode()：按照内部节点（node）root
UnrootTree()：可以折叠一个根节点，而不会出现在预排序的树上使用 ape::unroot() 时遇到的未定义行为
首先需要说明一下什么是tips和node，如下图所示，tips是指的是每个参与建树的最小元素（t1-t8），是树的叶子；node则是指按照树的结构，一个node下有包含多个叶子或者子node(9-15)。

library('ape')
library('TreeTools')

tree <- PectinateTree(8) # 生成梳状的t1-t8叶子的树
tree
plot(tree) # 绘制树
ape::nodelabels() # 添加node lables

因此，在root的时候可以按照这两种方式来指定。

查看是否是root tree

TreeIsRooted(tree)
[1] TRUE

按照叶子名称指定root

使用RootTree，

plot(RootTree(tree, outgroupTips = 't8')) # t8 单个物种作为外支
plot(RootTree(tree, outgroupTips = c('t7', 't8'))) # t7、t8两个物种作为外支
plot(RootTree(tree, outgroupTips = c('t1', 't5', 't8'))) # t1、t5、t8 三个物种作为外支，注意由于这3个tips在原来的树结构中就是外侧，因此指定root后也不会变

按照Node名称root

指定t7、t8的祖先节点15作为root，并且不解析根节点，也就是说t8和t7不在合并在一起作为一支。

plot(RootOnNode(tree, node = 15, resolveRoot = F)) # 指定t7、t8的祖先节点15作为root，并且不解析根节点

指定t7、t8的祖先节点15作为root，并且解析根节点。t7和t8合并到一支再与其他支并列。

plot(RootOnNode(tree, node = 15, resolveRoot = T))# 指定t7、t8的祖先节点15作为root，并且解析根节点

将root tree保存

使用write.tree保存为newick格式

root.tree <- RootOnNode(tree, node = 15, resolveRoot = T)
write.tree(root.tree, 'root.tree.newick')

# 重新读入root tree
plot(read.tree('root.tree.newick'))

取消root

plot(UnrootTree(tree)) # 取消默认的root
TreeIsRooted(UnrootTree(tree))
[1] FALSE

按照tip label或者node删除某些树枝

DropTip()将指定的叶子从系统发育树中移除，并将附带的分支折叠起来。

DropTip(tree, tip, preorder = TRUE, check = TRUE)
tree <- BalancedTree(9)
plot(tree) # 9个tips的树
plot(DropTip(tree, c('t5', 't6'))) # 去掉t5和t6两个tips

• 去掉t5和t6
  
• 参数和返回值

# 参数
tree，一个phylo类的树。
tip，指定要删除的树的标签的字符向量，或指定要删除的树的索引的整数向量。指定一个内部节点的索引将删除该节点的所有子节点。
preorder， 逻辑值，指定是否在丢弃提示前对树进行预排序。指定FALSE可以节省一点时间，但是如果树不在预排序中，会导致未定义的行为。
check，逻辑值，指定是否检查提示的有效性。如果是FALSE，并且提示包含的条目与树的叶子不一致，可能会发生未定义的行为。

# 值
DropTip()返回一棵去除所请求的叶子的phylo类树。树的边缘将被按顺序编号，但其顺序可能不符合Preorder()的惯例。KeepTip() 返回所有不在树尖上的叶子都被移除的树，按预排序。

• 按照node删除树结构

plot(tree)
nodelabels() # 显示node number
plot(DropTip(tree, tip = 14)) # 去掉node 14,t4-t5

转换成newick文本格式

通过NewickTree将一棵树编码为一个Newick格式的字符串。这与write.tree()的不同之处在于将空格编码为空格，而不是下划线。

plot(tree)
NewickTree(tree)
[1] "((((t1,t2),t3),(t4,t5)),((t6,t7),(t8,t9)));"
NewickTree(DropTip(tree, 't9'))
[1] "((((t1,t2),t3),(t4,t5)),((t6,t7),t8));"
NewickTree(RootTree(tree, 't9'))
[1] "((((((t1,t2),t3),(t4,t5)),(t6,t7)),t8),t9);"

TreeTools全部函数

参见TreeTools全部函数