bam文件批量统计-qualimap multi-bamqc

最新推荐文章于 2024-05-21 10:23:42 发布
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分类专栏： 生信分析 文章标签： java ubuntu
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版权

一、平台

win11 Ubuntu20.0

1.1 qualimap安装

软件官方地址 Qualimap: Evaluating next generation sequencing alignment data (conesalab.org)

conda install -c bioconda qualimap

1.2 multi-bamqc

qualimap --java-size 10G multi-bamqc -r -d bam_sample_path_group.txt -outdir outputdir -outformat PDF:HTML 

bam_sample_path_group.txt 两列或三列

如：

sample1 /mnt/e/bam/sample1.bam group1

sample2 /mnt/e/bam/sample2.bam group1

sample3 /mnt/e/bam/sample3.bam group2

sample4 /mnt/e/bam/sample4.bam group2

-r:输入bam文件

--java-size 10G防止内存不够，可以适当调整

参考：

基因组质量评估：（五）mapping法：5. 用软件QualiMap统计BAM文件 - 知乎 (zhihu.com)

寤寐花开
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对bam文件作基础统计 https://www.jianshu.com/p/4bc060bc6785 一只烟酒僧 0.078 2020.09.12 23:16:06 字数 76 阅读 245 参考链接https://www.jianshu.com/p/82ed6e27f571 一、有多少read比对到参考基因组上 使用软件：samtools flagstat或idxstats 参考samtools命令详解http://www.cnblogs.com/emanlee/p/4316581.html 命令：sam
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03-12 690
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