ggplot2绘制差异表达基因火山图

一、前置环境

1.1 R 语言

下载对应系统的R软件

R: The R Project for Statistical Computing (r-project.org)

以win11为演示

https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/bin/windows/

1.2 R Studio

安装R Studio

https://download1.rstudio.org/electron/windows/RStudio-2022.12.0-353.exe

安装后启动并关联已安装的R语言

设置工作目录Session ----> Set Working Directory ---> Choose Directory

注意最好是全英文路径，避免奇奇怪怪的Bug

1.3 安装ggplot2 R包

##安装包

install.packages("ggplot2") 

##加载包

library(ggplot2)

二、DE基因火山图绘制

2.1 准备文件

主要需要三列信息：Gene          Log2FoldChange           padj

可自行命名，其中

Log2FoldChange列的数值为Log2(FoldChange)

padj 是校正P值或者 可以用原始P value

2.2 读取文件

##文件输入

data <- read.table("V_GV_GV.anno.xls_ggplot2",header = T)

##去除NA行

data_na <-na.omit(data)   

##或将NA替换为其他值,如1，但出来的图会在底部多出许多异常点，不建议此操作

data[is.na(data)] <-  "1"

2.3 标记上下调基因

##设置阈值，其中padj< 0.05； Log2FoldChange) > 1；需相应更改

data_na$changed <- factor(ifelse(data_na$padj < 0.05 & abs(data_na$Log2FoldChange) > 1,ifelse(data_na$Log2FoldChange > 1,'Up','Down'),'Stable'))

##查看DE基因数

summary(data_na$changed)

2.4 绘图并保存

##绘图 

ggplot(data_na,aes(Log2FoldChange,-log10(padj),
                   color=factor(changed),
                   )) +
      geom_point() +
      labs(x=expression("log2"*"(FoldChange)"), ##x轴Title
           y=expression(-Log[10]*" (p value)")) + ##y轴Title
      theme_grey(base_size = 10)+
      scale_color_manual(values = c('green','grey','red'))+ ##对应分类点的颜色
      scale_size_manual(values = c(1,1,1))+ ##对应分类点的Size
      theme(legend.title = element_blank(), 
            legend.position = c(0.3,0.9),
            legend.background = element_rect(fill='transparent'))

##保存

ggsave("V_GV_GV_mRNA.png",width=10,height=10,dpi=300) 

参考文章：

R语言 ggplot2火山图 - 知乎 (zhihu.com)

(22条消息) R语言如何删除数据集中包含缺失数据NA的行？_ofoliao的博客-CSDN博客_r语言删除缺失值所在一行

ggplot2之二：图像的保存 - 知乎 (zhihu.com)

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