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原创 antiSMASH安装与使用

antiSMASH本地安装简要:antiSMASH的本地安装需要安装很多的依赖包,本文章使用conda辅助安装参考:官方:https://docs.antismash.secondarymetabolites.org/install/文章:http://blog.sciencenet.cn/blog-3416913-1240614.html依赖包下载conda install -y diamond=0.8.36conda install -y fasttree=2.1.9conda ins

2020-11-21 13:03:13 37 2

原创 Clusterfinder结果分析

cluster结果储存图片*.cluster.out文件 requires at least three biosynthetic domains 至少需要三个生物合成域Ⅰ:自己取的生物体名称Ⅱ:chain 不同的氨基酸序列Ⅲ:gene命Ⅳ:gene_start 基因开始位置Ⅴ:gene_end 基因结束位置Ⅵ:pfam_start pfam结构域开始Ⅶ:pfam_end pfam结构域结束Ⅷ:含有簇域的概率...

2020-11-20 23:37:04 12

原创 提取Pfamscan分析后文件中满足clusterfinder输入文件格式的内容

import redef deal_file(input_file,out_file): """ 提取pfamscan分析后的文件(input_file)中满足clusterfinder输入文件格式的内容,函数返回clusterfinder输入文件(out_file) chain gene genestart genestop pfamstart pfamstop pfamID 0 1

2020-11-20 19:11:25 7

原创 Conda channels配置

bioconda安装及镜像设置# 添加channels命令conda config --add channels 镜像链接# 删除channels命令conda config --remove channels 镜像链接#查看已添加的channelsconda config --get chaneels

2020-11-20 13:22:08 23

原创 基因组序列genbank格式和fasta格式批量下载

实验内容:1.在PATRIC数据库检索栏选择“Genomes”,以Bifidobacterium(双歧杆菌)为关键字进行检索。2.对上述检索结果进行进一步的过滤筛选,选择“Genomes Status”下的“Complete”,以及“Host Name”下的“Human, Homo sapiens”,完成检索结果的过滤筛选。3.下载2中过滤后的结果,并保存为CSV文件格式。4.利用Python提取CSV文件中各个基因组的“GenBank Accessions”,存储到想要的python列表中。5.

2020-11-07 14:29:37 137

原创 blast命令

蛋白质序列比对蛋白质数据库(blastp)blastp -query seq.fast -out seq.blast -db dbname -outfmt 6 -evalue 1e-5 -num_descriptions 10 -num_threads 8核酸序列比对核算数据库(blastn)blastn -query seq.fasta -out seq.blast -db dbname -outfmt 6 -evalue 1e-5 -num_descriptions 10 -num_thread

2020-10-21 12:13:33 73

原创 查找酿酒酵母v染色体基因TATA框

from Bio import SeqIOs= SeqIO.read("酿酒酵母S288Cv染色体基因序列.fasta","fasta")sequence = s.seqprint()print("查找酿酒酵母v染色体基因TATA框")print()print("酿酒酵母v染色体基因")print(s.format("fasta"))print()print("基因序列长度:"+str(len(sequence)))def index_TA(seq1,seq2): """

2020-10-02 22:00:16 26

原创 数据可视化分析之numpy

创建数组numpy.array()numpy.array([1,2,3,4,5],dtype=“int”)numpy.array(range(10),dtype=“float”)numpy.arange((10),dtype=“int”)修改数组数据类型 array1.astype(“int”)数组形状array1.shape 返回一个元组(行数,列数)array1.reshape() 修改数组形状 一维数组:一个数 二维数组: 行数,列数 三维数组:模

2020-07-16 17:58:56 35

原创 数据可视化分析之matplotlib

导入库from matplotlib import pyplot as plt # 绘制from matplotlib import font_manager # 中文显示折线图# 设置字体(后续中文字体)my_font = font_manager.FontProperties(fname=r"C:\Windows\Fonts\simfang.ttf")# 设置图片plt.figure(figsize=(15,8),dpi=200)# plot绘制折线图 x,y为两个

2020-07-06 21:21:03 49

原创 词云

import jieba # 分词from matplotlib import pyplot as plt # 绘图,数据可视化from wordcloud import WordCloud # 词云from PIL import Image # 图片处理import numpy as np # 矩阵运算i

2020-06-30 18:12:06 45

原创 英语四级单词频率统计及翻译

英语四级单词文本处理单词频率统计,并排序excel、数据库操作import reimport xlwtimport sqlite3def get_file(): """ 将txt中的文本进行处理,删除其他字符和中文,返回文本内容 """ f1 = open(r"C:\Users\Administrator\Desktop\英语四级.txt", "r",encoding="utf-8" ) content = f1.read().lower() #

2020-06-30 14:25:21 274

原创 PyAutoGUI库-模拟鼠标键盘操作

个人学习笔记类似的库还有:模拟键盘操作:pyuserinput,win32api,以及winiopymouse模拟鼠标操作,使用pyautogui模拟鼠标操作# 获取屏幕分辨率大小size =pyautogui.size()print(size) # 鼠标位置mouse_pos = pyautogui.position()# 判断点是否在屏幕内 返回bool值print(pyautogui.onScreen(100,100))# 实时获得鼠标位置last_pos =

2020-06-29 11:38:58 123

原创 python爬虫练手项目-豆瓣top250

爬取目标1.爬取豆瓣top250的影片名称、影片链接、影片图片链接,并将其存储到excel表中2.将图片链接下载到本地,并以影片名称命名import urllib.request,urllib.errorfrom bs4 import BeautifulSoupimport reimport xlwtimport requests# 一个存储所有电影内容的列表baseurl = "https://movie.douban.com/top250?start="def main(

2020-06-19 20:39:14 136

原创 C++个人学习笔记

C++基础程序入口、注释、变量、常量、关键字、标识符命名规则程序入口main是一个程序的入口每个程序都必须有这么一个函数,有且仅有一个#include<iostream>using namespace std;int main(){ //在屏幕中输入hello word cout << "hello word" << endl; system("pause"); return 0;}注释//这是一个注释/*

2020-06-19 19:52:04 55

原创 python爬虫个人学习笔记

python爬虫笔记常用模块urllib.request urllib.error 指定url,获取网页数据bs4 (BeautifluSoup) 网页解析,获取数据re 正则表达式,进行文字匹配xlwt 进行excel操作sqlite3 进行SQLite 数据库操作常规爬虫套路得到指定一个url的网页内容req = urllib.request.Rquest(url,headers=head) 模拟浏览器向网页发起请求response = urlli

2020-06-17 20:25:42 86

原创 C++个人学习笔记

C++基础程序入口、注释、变量、常量、关键字、标识符命名规则程序入口main是一个程序的入口每个程序都必须有这么一个函数,有且仅有一个#include<iostream>using namespace std;int main(){ //在屏幕中输入hello word cout << "hello word" << endl; system("pause"); return 0;}注释//这是一个注释/*

2020-06-16 20:54:09 54

原创 python爬虫个人学习笔记

python爬虫笔记常用模块urllib.request urllib.error 指定url,获取网页数据bs4 (BeautifluSoup) 网页解析,获取数据re 正则表达式,进行文字匹配xlwt 进行excel操作sqlite3 进行SQLite 数据库操作常规爬虫套路得到指定一个url的网页内容req = urllib.request.Rquest(url,headers=head) 模拟浏览器向网页发起请求response = urlli

2020-06-16 20:44:26 302

原创 linux常用命令笔记

命令pwd 查看当前所处目录 (print work directory)命令ls 查看当前目录的所有内容命令ls -l 修改罗列展示方式(ll)命令ls -i 罗列文件及id命令ls -a 显示隐藏文件(以 . 开头的都是隐藏文件)命令 ls .txt 罗列后缀为txt的文件命令 ls 1 罗列以1开头的文件 【ls 1*.txt】 {*代表任意个任意字符 ?代表一个任意字符 []代表中括号里的任意一个字符}命令 ls 1??.txt 罗列以1开头后只能跟上两个字符的txt文

2020-05-28 22:56:24 79

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