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RSS订阅原创 用sys实现动态输出
import sysimport timeN = 100for i in range(N): time.sleep(1) sys.stdout.write(f"\r{i} / {N}") sys.stdout.flush()
2022-02-23 20:17:18
266
原创 使用python包scanpy读取单细胞h5ad文件
import scanpy as scannData = sc.read_h5ad(filePath)print(annData.X.to_df()) #这里显示的就是单细胞数据的pandas.DataFrame类型了#其中annData.var里面的是细胞，annData.var里面的是基因
2022-02-12 17:08:20
8449
原创 pandas读取大文件tsv方法
import pandas as pddf = pd.read_csv("test.tsv", dilimiter = '\t')tsv文件与csv文件的区别为前者是以\t为分隔符，后者是以,为分隔符，所以读取tsv文件时，只需要把分隔符dilimiter设置为\t即可
2022-01-06 16:52:56
3070
原创 用requirement.txt安装python包
numpy==1.18.1torch==1.2.0networkx==2.4pandas==0.25.3matplotlib==3.1.2seaborn==0.9.0umap-learn==0.3.10munkres==1.1.2tqdm==4.48.0python-igraph==0.8.3使用命令python install -r requirement.txt
2021-12-24 20:58:00
1003
原创 tensorboard使用方法
log_dir="logs/fit/" + datetime.datetime.now().strftime("%Y%m%d-%H%M%S")tensorboard_callback = tf.keras.callbacks.TensorBoard(log_dir=log_dir, histogram_freq=1)#就是加上面这两行代码，然后在fit的时候加上callbacks = [tensorboard_callback]model.fit(x=x_train, y=y
2021-12-16 21:32:15
157
原创 图可视化networkx
导入包networkxpip install networkx #创建一个没有边和结点的空图 import networkx as nx G = nx.Graph() #添加一个结点 G.add_node(1) #添加多个结点，可以从list，也可以从tuple中添加 G.add_nodes_from([2,3]) #添加结点属性，通过元组实现 G.add_nodes_from([ (4, {"color": "red"}), (5, {"color": "green"})]) .
2021-12-16 21:32:01
1183
原创 pandas获取列名称
col = list(df)取出某一列df.col_name，返回series类型取出某一行df.iloc[i]，第i行，放回series类型value_counts可以计算相同key的值有多少个unique()方法可以去重Series转list的方法：Series.tolist()
2021-12-16 20:01:28
2804
原创 单细胞测序对于医学的意义
转录组学技术对于医学的意义主要集中在对病变组织和相应健康组织的比较工作上，或者可以对大量的病变组织进行分析，找出其间的差异，即进行亚型鉴定。我们主要是通过细胞组成情况（比如浸润的免疫细胞），以及和转化细胞和周围间质细胞里的基因表达情况来确定肿瘤组织的。因此，在组织层面进行观察时需要同时对几种不同的基因表达谱进行研究。高通量的病变组织单细胞分析能够同时检测细胞的组成变化（通过细胞聚类分析手段）和相应的基因表达变化。我们可以对健康组织和病变组织里特定的细胞进行比较，发现与疾病相关的特异性基因表达改变情况。不过要
2021-12-04 18:47:17
1601
原创 限制tensorflow使用所有显卡内存，使其动态使用显卡内存的方法
可以复制粘贴直接使用的代码import tensorflow as tfgpus = tf.config.experimental.list_physical_devices('GPU')if gpus: try: # Currently, memory growth needs to be the same across GPUs for gpu in gpus: tf.config.experimental.set_memory_growth(gpu, True)
2021-12-03 10:53:15
389
原创 pandas控制展示的行数
import warningswarnings.filterwarnings("ignore")pd.set_option("display.max_columns", 6)pd.set_option("display.max_rows", 6)
2021-11-28 14:08:01
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原创 python类
类定义是为了继承，没有继承，定义类也没有意义。类可以多继承，在括号里多加一个类就可以实现多继承。类里面加__的属性是私有属性，加__的方法是私有方法，继承的类不能获得。继承的类可以重写父类的函数，通过定义跟父类一样的函数名实现。__init__()是一个特殊的方法，每当你用这个类创建新实列时，python会自动运行它定义的类中的参数叫做形参，实列化时传入的参数叫实参以self为前缀的变量可供类中的所有方法使用，可以通过类的任何实例来访问。所以如果你想让一个变量被整个类都使用，你可以定义一个以s
2021-11-28 13:31:36
444
原创 keras定义自己的层
keras定义自己的层，只需要实现三个方法即可。build(self, input_shape):这里是编写层的功能逻辑的地方。你只需要关注传入 call 的第一个参数：输入张量，除非你希望你的层支持masking。 call(self, x)：这里是编写层的功能逻辑的地方。你只需要关注传入 call 的第一个参数：输入张量，除非你希望你的层支持masking。 comput_output_shape(self, input_shape)：如果你的层更改了输入张量的形状，你应该在这里定义形状变化的逻辑，这
2021-11-28 13:24:19
1283
原创 python正则表达式
正则表达式是用于匹配字符串的\d可以匹配一个数字，\w可以匹配一个数字或字母，.可以匹配任意字符匹配变长的字符，*表示任意个字符（包括0），+表示至少一个字符，?表示0或1个字符，{n}表示n个字符，{n-m}表示n-m个字符\s可以匹配一个空格(也包括Tab等空白符)，\s+可以匹配至少有一个字符^代表首部，$代表尾部，如果想实现全部匹配，可以^ $，用这两个符号把pattern夹在里面正则表达式可以用来处理字符串，当用户输入一些不规则字符串时，可以把它转换为规则字符串切分字符串：很厉害的一
2021-11-26 14:00:08
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原创 cs223w课程笔记7-GNN2
GNN = message + aggregationMSG可以是一个线性变换，注意hvl{h_v}^lhvl利用了v结点本身的信息。
2021-11-22 17:34:06
686
原创 seaborn_practice
```pythonimport seaborn as snssns.set_theme()tips = sns.load_dataset("tips")print(type(tips))<class 'pandas.core.frame.DataFrame'>print(tips.shape)(244, 7)print(tips[:5]) total_bill tip sex smoker day time size0 ...
2021-11-22 13:02:28
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原创 图神经网络pyg，使用Cora数据集
关于Core数据集的手动导入问题，见博客https://blog.csdn.net/qq_42969578/article/details/121450994?spm=1001.2014.3001.5501关于Core数据集的一些问题import osos.environ["CUDA_DEVICE_ORDER"] = "PCI_BUS_ID"#导入数据集from torch_geometric.datasets import Planetoiddataset = Planetoid(root =
2021-11-21 20:37:22
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2
原创 Planetoid手动导入Cora数据集
首先建立文件夹在你的相对路径下建立如下图所示文件目录dataCoreprocessedraw把下载好的数据集放入raw中，然后运行如下代码#导入数据集from torch_geometric.datasets import Planetoiddataset = Planetoid(root = "data/", name = "Cora")print(dataset)...
2021-11-21 11:12:37
1906
原创 pyg对图进行可视化
import networkx as nxfrom torch_geometric.utils.convert import to_networkximport matplotlib.pyplot as pltdef draw(Data): #type(Data) = <class 'torch_geometric.data.data.Data'> G = to_networkx(Data) nx.draw(G) plt.show()有个问题，不知道为什么每次
2021-11-21 10:04:15
1186
1
原创 图神经网络未来发展的四个方向
是不是模型越深越好呢？如何平衡算法的可拓展性和图的整体性？图数据的异质性，能不能加入不同类的数据，例如图片和文本图网络在处理动态图数据方面，例如结点和边可能会消失和产生...
2021-11-19 15:34:15
658
原创 图神经网络一些模型的开源代码实现链接
ChebNet (2016) tensorflow https://github.com/mdeff/cnn_graphGCN (2017) tensorflow https://github.com/tkipf/gcnCayleyNet (2017) tensorflow https://github.com/amoliu/CayleyNetGraphSage (2017) tensorflow https://github.com/williamleif/GraphSAGEGAT (2017).
2021-11-19 14:55:45
1228
原创 图神经网络常用数据集总结
Citation NetworksCoraCiteseerPubmedDBLPbiochemical GraphsPPINCI-1MUTAGD&DPROTEINPTCQM9AlchemySocial NetworksRedditBlogCatalog更多详细内容见review： A comprehensive survey on Graph Neural Networks.
2021-11-19 14:47:13
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原创 shell编程
什么是shell编程？允许执行程序，输入并获取某种半结构化的输出，电脑的终端就是一个shellshell 基于空格分割命令并进行解析，然后执行第一个单词代表的程序，并将后续的单词作为程序可以访问的参数。如果希望传递的参数中包含空格（例如一个名为 My Photos 的文件夹），要么用使用单引号，双引号将其包裹起来，要么使用转义符号 \ 进行处理（My\ Photos）。可以在程序中创立连接，可以将输入输出流分别重定向到文件中missing:~$ echo hello > hello.txt.
2021-11-18 23:24:04
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原创 pytorch中几个重要的操作意思
optimizer.zero_grad() #把每个参数的梯度设置为0loss.backyard() #计算参数梯度optimizer.step() #更新梯度
2021-11-17 20:08:20
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原创 pytorch构造数据集的方法
X 为 features, y 为 label,from torch.utils import datadataset = data.TensorDataset((X, y))train_iter = data.DataLoader(dataset, batch_size, shuffle) #生成一个迭代器
2021-11-17 19:49:38
143
翻译 谱模型和空间模型的对比-图神经网络
谱模型在图信号处理中有理论基础。我们可以通过设计新的图信号过滤器取建立新的ConvGNNs,然而，相对于谱模型，我们更偏爱空间模型，因为空间模型在效率、通用性和灵活性问题上优于谱模型。首先，谱模型比空间模型效率低。谱模型要么需要计算特征向量要么需要同时处理整张图的数据。空间模型对于结点大的图有更好的可扩展性，因为他们通过信息传播直接在图领域进行卷积，可以计算一批结点数据而不是整张图的数据。第二，谱模型是依赖于傅里叶变换的，它很难应用于新的图中，它们假定的是一个固定的图，对图结点的任何一个排列会导致基的改
2021-11-17 18:05:33
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原创 顶级图神经网络会议
§ KDD§ ICLR§ ICML§ NeurIPS§ WWW§ WSDM搜索建议：Tips: Narrow down relevant papers by searchingtitles (e.g., containing “graph”).
2021-11-12 17:11:59
2113
原创 cs223w课程笔记-06-GNN1
感知机就是线性转换 + 非线性函数xl+1=σ(Wlxl+bl) x^ {l + 1} = \sigma ( W_l x ^ l + b ^ l)xl+1=σ(Wlxl+bl)里面有一句话，Graph is permutation invariant.图没有标准的结点顺序我们有很多种结点的顺序方案permutaion invariant functionconsider we learn a function fff that maps a graph $G = (A, X) $.
2021-11-12 17:01:34
2025
原创 常用latex符号
A与B的交集A∩BA \cap BA∩B: $A \cap B$, A与B的并集A∪BA \cup BA∪B: $A \cup B$分数ab\frac a bba: $\frac a b$， 如果是分式a−bc−d\frac {a - b} {c - d}c−da−b: $\frac {a - b} {c - d}$单箭头→\rightarrow→: $\rightarrow$， 这是右箭头，左箭头把right给成left就行；双箭头⇒\Rightarrow⇒: $\Rightarrow$, 同理.
2021-11-07 16:08:13
1174
原创 python中os操作
pid = os.getbid() #获取当前进程idos.environ['CUDA_DEVICE_ORDER'] = "PCI_BUS_ID" 让显卡编号固定住，看到的就是真实编号os.environ["CUDA_VISIBLE_DEVICE"] = "0,1,2" 设置cuda可用的显卡
2021-11-07 15:59:01
215
原创 iterable,generator, yield三个的关系
generator只能遍历一次，然后就消失，iterable可以一直遍历，yield就是相当于return， 但是yield是用于生成generator用的，详情请见https://stackoverflow.com/questions/231767/what-does-the-yield-keyword-do，这篇博客讲的非常详细...
2021-10-21 21:14:47
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原创 使用tensorflow建立模型
#第一种方式import tensorflow as tfimport tensorflow.keras as kerasimport tensorflow.keras.layers as layersinputs = keras.Input(shape =(784,))dense1 = layers.Dense(64,activation = 'relu')x = dense1(inputs)dense2 = layers.Dense(64,activation = 'relu')x
2021-10-19 17:32:19
488
原创 tensorflow遇到的问题
为什么dense1后面可以接()然后把参数输入进去？import tensorflow as tfimport tensorflow.keras as kerasimport tensorflow.keras.layers as layersinputs = keras.Input(shape =(784,))dense1 = layers.Dense(64,activation = 'relu')x = dense1(inputs) #为什么dense1后面可以接()然后把参数输入进去d
2021-10-19 16:55:03
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原创 automatic differentiation自动微分
higher-order derivatives 高阶导数import tensorflow as tf'''使用tf.GradientTape()记录梯度,含有两个参数,默认persistent = False, watch_accessed_variables = True, persistent = False的话那么梯度就只能计算一次，因为计算一次后梯度就会被释放掉，如果像计算多次，那么一定要使persistent为True。watch_accessed_varibles = True的
2021-10-19 11:36:58
2109
原创 tensor
import tensorflow as tftensor = tf.constant(0) #产生常数tf.rank(tensor) #0,常数的秩为0#直接打印tensorprint(tensor) #tf.Tensor(0, shape=(), dtype=int32), 会出现值，shape和dtype#tensor 转换为numpy,只需要tensor后加 '.numpy()'即可tensor.numpy()x = tf.constant([[1,1],
2021-10-19 10:01:18
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原创 python小知识点
ord©， 返回字符’c’ 的ASCII值，'a’的ASCII值为97，'A’的ASCII值为65，'0’的ASCII值为48chr(number), chr函数与ord函数相反,是根据ASCII值返回对应的字符
2021-10-17 11:59:34
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原创 python模块的导入问题
main.py与要导入的文件svm.py位置关系如下：file -main.py -file1 -file2 -svm.py 在VScode中打开file文件夹，环境是在Linux下，注意使用’/’，而不是’’\import sys sys.path.append('../file/file1/file2') #sys.path是用于python查找模块的路径，我们现在把这条相对路径添加进入python查找模块的路径中，此处需要注意是从file开始，而不是从file1开始
2021-10-17 11:40:10
75
空空如也
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