pyg对图进行可视化

最新推荐文章于 2024-04-30 11:04:41 发布
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分类专栏： 图神经网络 文章标签： 神经网络 深度学习 人工智能
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版权 
import networkx as nx
from torch_geometric.utils.convert import to_networkx
import matplotlib.pyplot as plt
def draw(Data):		#type(Data) = <class 'torch_geometric.data.data.Data'>
    G = to_networkx(Data)
    nx.draw(G)
    plt.show()

有个问题，不知道为什么每次生成的图看起来都不一样，欢迎交流

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PyG Cora图数据集可视化教程
CSDN 精品推荐
01-22 3593
本文使用NetworkX对Cora论文数据集进行可视化
使用PyG、NetworkX对Graph图数据进行可视化
CSDN 精品推荐
01-23 940
使用PyG、NetworkX对Graph图数据进行可视化
PyG2Plot可视化库
weixin_43210595的博客
03-17 656
PyG2Plot可视化库 Python绘制各种各样的可视化图，比如折线图、饼状图，柱形图等等。 大部分人可能会使用matplotlib或者pyecharts进行绘制而我今天发现了一个非常简单且使用的Python库PyG2Plot，相比如matplotlib和pyecharts简洁很多很多。 先来科普一下，G2是蚂蚁金服开源的一个基于图形的语法，G2Plot则是在G2的基础上去繁从简，剔除了复杂概念的前提下，保留了强大的图表库。而PyG2Plot是完全基于G2Plot进行封装的。 通过Python语法提供AP
PyG ENZYMES蛋白质分子图数据集可视化指南
HnrzLinux的博客
09-22 270
在本教程中，我们将讨论如何使用PyTorch Geometric（PyG）库中的ENZYMES数据集进行蛋白质分子图的可视化。同时，我们还将提供相关的源代码示例。ENZYMES数据集是一个用于蛋白质分子结构分析的经典数据集，其中包含600个蛋白质酶类分子的图形表示。通过本教程，你学会了如何使用PyTorch Geometric库中的ENZYMES数据集进行蛋白质分子图的可视化。运行上述代码后，将显示一个具有节点和边的蛋白质分子图。然后，我们可以使用以下代码加载ENZYMES数据集并可视化其中的一个样本。
【pyg】第一篇总结（基于karate的3层GCN+简单可视化，额外补充了cora）
图挖掘领域，新晋砖家 ☞ 未来可期，欢迎和静静一起学习交流吖
02-04 782
代码 数据集dataset统计查看 from torch_geometric.datasets import Planetoid # 使用pyg内置函数下载数据集 # 下载数据集 dataset = Planetoid(root='./data/',name='Cora') # ./下载到当前同级下的data文件下（自动创建data目录，具体的Cora下载就是内置函数的事情了） print(dataset) print(f'Dataset: {dataset}:') print('========
Python-GraphTSNE一种图结构化数据的可视化技术
08-10
- `example.py`: 示例代码，展示了如何使用GraphTSNE对图数据进行降维和可视化。 - `requirements.txt`: 所需的Python库列表，如PyTorch和PyG。 - `data/`: 存放示例图数据的目录。 - `README.md`: 提供项目介绍、...
【Python】这个Python模块太厉害了，一行代码生成Tableau可视化图表
fengdu78的博客
03-29 531
今天给大家介绍一个十分好用的Python模块，用来给数据集做一个初步的探索性数据分析(EDA)，有着类似Tableau的可视化界面，我们通过对于字段的拖拽就可以实现想要的可视化图表，使用起来十分的简单且容易上手，学习成本低，并且不需要我们写一大推冗长的代码。PyGWalker接下来小编就给大家来介绍一下这款名叫PyGWalker的Python模块，在使用之前，我们先通过pip命令来将其下载安装，代...
pyg使用教程
qq_45759229的博客
09-30 977
pyg使用教程
CORA 数据集 精美可视化+详解 番外篇：PyG框架及Cora数据集简介Obifold Consulting
人工智能曾小健
03-11 3496
CORA 数据集Cora 数据集包含 2708 份科学出版物，分为七类之一。引文网络由 5429 个链接组成。数据集中的每个出版物都由 0/1 值词向量描述，指示词典中相应词的不存在/存在。该词典由 1433 个独特单词组成。该数据集是图学习中的 MNIST 等价物，我们在其他文章的功能中明确地探索它，一次又一次地使用该数据集作为测试平台。下载并解压，以这edgelist是一个简单的表格，其中source引用了target因此一个节点是每个节点都有一个subject5行×1434列。
【GNN 1】PyG实现图神经网络，完成节点分类任务，人话、保姆级教程
池塘春草梦的博客
01-09 1932
适合新手入门图神经网络，通俗易懂
PYG教程【二】使用networkx创建一个PYG图
vincent_duan的专栏
11-17 3692
上面通过torch_geometric自带的方式创建了一个图，本节使用networkx包来创建一个图，代码如下： 首先利用networkx创建edge数据： import numpy as np import networkx as nx import matplotlib.pyplot as plt G = nx.Graph() edgelist = [(0,1),(0,2),(0,3),(1,3)] G.add_edges_from(edgelist) fig = plt.figure() ax =
【PyG】-- 入门教程
qq_46656857的博客
04-06 2141
PyG入门教程
【PyG】与networkx的图转换
zzy_NIC的博客
11-23 4281
在使用图神经网络的过程中，往往需要使用到相关的 GNN 库，而在这些 GNN 库中，一款比较高效热门的图神经网络库是 PyTorch 中的 PyG 库。PyG 提供了很多经典的图神经网络模型和图数据集，通常在使用 PyG 框架来构建和训练图模型时，需要事先选择合适的图数据结构来构造图，PyG 提供的选择包括 Data、HeteroData、TemporalData。
PyG从networkx导入数据的节点名称问题
codingclassonline
10-18 1779
最近在研究使用PyG进行图数据处理时，发现PyG从networkx导入数据时，原有节点的名字都被转为了整数，而后面还要把训练的节点嵌入与原有节点名字标签一一对应起来。 经过一番探索，发现是PyG的from_networkx函数在实现时，用到了networkx.relabel.convert_node_labels_to_integers函数： def from_networkx(G, group_node_attrs: Optional[Union[List[str], all]] = None,
问题记录：使用PYG的to_networkx出现AttributeError: ‘KarateClub‘ object has no attribute ‘node_offsets‘
A1799604432的博客
04-30 155
使用pyg的时候用Karateclub数据集出现上述错误，出错代码如下。发现如果直接使用data放到to_networkx函数里会报错。使用print(data[0])发现输出的结果是。使用print(data)发现输出的结果是。问题很明显了，应该用。
PyG-使用networkx对Graph进行可视化
图挖掘领域，新晋砖家 ☞ 未来可期，欢迎和静静一起学习交流吖
02-10 2187
代码 方法一 根据networkx的文档: https://networkx.github.io/documentation/networkx-1.10/reference/generated/networkx.drawing.nx_pylab.draw_networkx.html 我们可以写出来一个非常简单的例子，如下(代码可以左右滑动): import networkx as nx import matplotlib.pyplot as plt G = nx.Graph() edge_inde
PyG ENZYMES蛋白质分子图数据集可视化教程
CSDN 精品推荐
01-27 898
ENZYMES数据集是在GNN领域是非常经典的数据集，它是一个根据生物分子蛋白质结构而构建的Graph数据集合，总共600个图，也就是对应600个样本（蛋白质分子） ，共有六种结构。PyG没有提供可视化的工具，所以我们需要将PyG的图数据。这个数据集是一个用于图级分类任务的数据，该数据集中共有。对ENZYMES数据集进行可视化需要使用到。
PyG教程(2)：图数据
LW的技术小筑
06-09 5833
PyG中是面向图数据的，它同时支持同构图（homogeneous graphs）和异构图（heterogeneous）。同构图指只包含一种类型的节点和边的图（下图左）。而异构图指包含两种及以上类型的节点和边的图（下图右）。在PyG中，同构图被描述为类的实例，而异构图被描述为的实例。本文主要介绍PyG关于同构图的的相关操作。............
在Windows平台下gnn环境中，进行数据降维与可视化
最新发布
10-31
在Windows平台上使用Graph Neural Networks (GNN)环境进行数据降维和可视化通常涉及几个步骤： 1. **选择工具和库**：首先，你需要安装适合Windows的Python集成环境，如Anaconda，它包含了一些常用的机器学习和图形处理库，比如PyTorch Geometric (PyG) 或 NetworkX，用于GNN操作；此外，还需要像TensorBoard或Matplotlib这样的可视化库。 2. **预处理数据**：对于GNN，通常需要的是图数据结构，可以使用Pandas加载和预处理网络数据，包括节点特征矩阵和边的关系信息。 3. **数据降维**：GNN模型本身并不直接支持降维，但你可以先用其他降维技术（如PCA、t-SNE或UMAP等）对节点特征进行处理，减少维度。例如，通过scikit-learn库中的`sklearn.decomposition.PCA()`或`umap-learn`库中的`UMAP()`函数。 4. **训练并提取嵌入**：使用GNN模型（如GCN、GAT等）对图进行训练，得到每个节点的低维表示（嵌入）。这一步通常在PyG或自定义的图神经网络框架中完成。 5. **可视化**：将嵌入结果输入到可视化工具中。使用TensorBoard，你可以创建一个事件文件夹，记录模型的训练过程和嵌入结果，然后在浏览器中查看交互式图表。如果用Matplotlib，可以绘制二维或三维散点图展示节点在降维后的空间分布。 ```python # 示例代码片段 import torch_geometric as pyg from torch_geometric.nn import GCNConv import umap import matplotlib.pyplot as plt # 数据处理... data = ... # GNN模型... model = GCNConv(data.num_features, 16) model.train() embeddings = model(data.x) # 降维... reducer = umap.UMAP() embedding_reduced = reducer.fit_transform(embeddings.cpu().numpy()) # 可视化... plt.scatter(embedding_reduced[:, 0], embedding_reduced[:, 1]) plt.title("Nodes Embeddings in 2D after UMAP") plt.show()
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