使用python包scanpy读取单细胞h5ad文件

已于 2022-02-12 17:13:07 修改
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分类专栏： 小白成长日记 文章标签： python 数据分析 开发语言
于 2022-02-12 17:08:20 首次发布
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这篇博客介绍了如何利用scanpy库读取和打印单细胞数据分析中的AnnData对象。通过`sc.read_h5ad(filePath)`加载h5ad文件，并通过`annData.to_df()`将数据转换为DataFrame格式，便于查看细胞和基因信息。

摘要生成于 C知道 ，由 DeepSeek-R1 满血版支持， 前往体验 >

import scanpy as sc
annData = sc.read_h5ad(filePath)
print(annData.to_df()) #这里显示的就是单细胞数据的pandas.DataFrame类型了
#其中annData.var里面的是细胞，annData.var里面的是基因
scRNA-seq不同数据读入方式总结-Scanpy 篇
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其他的读入方式官网都有介绍：https://scanpy.readthedocs.io/en/stable/api.html#module-scanpy.pl。
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今天小编就为大家分享一篇python中利用h5py模块读取h5文件中的主键方法，具有很好的参考价值，希望对大家有所帮助。一起跟随小编过来看看吧
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