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RSS订阅原创 生信人填坑记~pasa注释结果提取常用gff，lens等文件-基因组注释后续
历经千辛万苦，我终于拿到了一个可以用的基因组数据了！值得纪念拿到注释结果之后就可以直接使用嘛？当然不是的啦！通过WGDI入门生信的我第一次看注释结果就是一脸懵。如何才能制作成我想要的格式？耗费了了大量的时间。
2023-10-19 16:25:42
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原创 生信人填坑记 orthofinder的安装和基础使用
其中常用的有两个结果，第一个是Orthogroups文件夹下的Orthogroups.GeneCount.tsv，这个文件里保存着每个家族在每个物种里的成员数量。（写到这儿饭点到了，吃饭要紧…在国内使用conda的同学我相信很多人都会遇到-|- -|- -|- -|- -|- -|- -|- -|- 一直转圈。软件的是由很简单，将你要跑的物种的蛋白质文件放在work/data目录下，文件名都用物种缩写，后缀统一就行。当然，很多软件都会自带一个这样的文件，conda装不了的时候可以去软件官网溜达溜达。
2023-10-10 13:22:11
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原创 entry_points() got an unexpected keyword argument ‘group‘
@[TOC](python twine上传问题：entry_points() got an unexpected keyword argument ‘group’)长时间没有更新的软件包，在准备更新的时候发现，上传失败！！！！entry_points() got an unexpected keyword argument ‘group’检查命令twine check dist/*时报错Traceback (most recent call last): File "/root/anaconda3
2021-10-15 09:25:27
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原创 北大生物信息笔记01
北大生物信息笔记01同源与相似从相似到同源相似性查找序列比对合理的创建标题，有助于目录的生成如何改变文本的样式插入链接与图片如何插入一段漂亮的代码片生成一个适合你的列表创建一个表格设定内容居中、居左、居右SmartyPants创建一个自定义列表如何创建一个注脚注释也是必不可少的KaTeX数学公式新的甘特图功能，丰富你的文章UML 图表FLowchart流程图导出与导入导出导入同源与相似同源是指来自于同一祖先。又分为直系同源和旁系同源。直系同源是两个序列来自于历史上物种分化事件；旁系同源是两个序列来自同一
2021-03-11 09:30:49
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原创 生物编程
时隔多日我再一次来到桌案前写下来我的python@生信基础python内的序列(组)好长时间没写过了！想来我也不能按照一定的时间来更新我的博客，就拿博当做笔记吧 。经历了一段时间的颓废之后，今天我又开始写了 作为一个学生物的仔，跑来学python，我觉得还是非常有必要的，对于大量的生物数据来说最好的方法就是实现 “自动化” 。作为一个处理生物数据基本都亲历亲为的仔，在处理大量的生物数据之后，只能想到吐槽NCBI的数据实在是太不标准了，每次运行脚本我都要改半天，开发效率大大降低。脚本给别人，别人还不会。
2021-01-26 19:11:28
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原创 本地BLAST (Basic Local Alignment Search Tool)入门
#生物本地blast初步这里的blast并非BLAST（Bell Labs Layered Space-Time）而是BLAST (Basic Local Alignment Search Tool)是一套在蛋白质数据库或DNA数据库中进行相似性比较的分析工具。BLAST程序能迅速与数据库进行相似性序列比较。BLAST结果中的得分是对一种对相似性的统计说明。这里我们需要了解什么是打分矩阵。（如...
2019-11-18 18:41:46
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原创 自学者的python编程之路003
#运算符与表达式编写每一个逻辑行都包含表达式例如一个简单的2+3.可以分解为运算符呵操作数。运算符的功能是完成某件事，像+就是完成相加这件事。运算符需要数据来进行运算，是这样的数据称为操作数，在上面的示例中2和3就是操作数。##运算符运算符主要就是数学运算，有些也可以进行字符运算。运算符名称说明例子+加两个对象相加3+5得8；‘a’+‘b’得’ab’...
2019-09-01 21:55:08
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原创 自学者的python编程之路001
python语言在数据分析方面应用较为广泛，而生物信息学有大量需要数据分析的地方，为此我想自学一下python，用以生物信息学分析。认识pythonPython（计算机程序设计语言）是一种面向对象的动态类型语言，最初被设计用于编写自动化脚本，随着版本的不断更新和语言新功能的添加，越来越多被用于独立的、大型项目的开发。[1]中文名蟒蛇外文名Python发行时间19...
2019-08-15 14:38:05
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我脚本里的异步非阻塞每个子进程的CPU占用率都很低怎么办，我想都跑满应该怎么做？
2022-02-14
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