GO富集可视化-气泡图

GO富集可视化-气泡图 GeneClear -vgo

急需一些不一样的图可视化方法！

一次标准的可视化

新的可视化方法：

绘制方法安装GeneClear脚本包！

pip install GeneClear-0.0.0-py3-none-any.whl

GeneClear -h 

usage: GeneClear [options]

runing GeneClear
    --------------------------------------

options:
  -h, --help            show this help message and exit
  -v, --version         show program's version number and exit
  -getpasa GETPASA      get_PASA
  -getncbi GETNCBI      get_NCBI
  -vgo VISUALIZATION_GO
                        Visualization_GO

GO可视化

查看配置文件

GeneClear -vgo ?

输出

[Visualization_GO]
# 脚本适用于TBtools的GO富集可视化
TB_file = TBtools file
Class_dic = Biological process:#0095d9,Molecular function:#f39800,Cellular component:#d7003a
top = 20
savefile = save file (*.png, *.pdf, *.svg)

配置文件重定向到total.conf
覆盖式

GeneClear -vgo ? > total.conf

追加式

GeneClear -vgo ? >> total.conf

配置文件解释

TB_file = TBtools file
#TBtools的GO聚类结果文件
Class_dic = Biological process:#0095d9,Molecular function:#f39800,Cellular component:#d7003a
#三种类型的颜色配置
top = 20
#保留富集程度最高的前20个
savefile = save file (*.png, *.pdf, *.svg)
#保存文件 svg方便后续拼图或者精修！

运行

GeneClear -vgo total.conf

不知道有多少生信人在此迷茫，我曾经在各种生信群里求助最后消息都如同泥牛入海。为此我新建立一个群，进群的小伙伴备注以下自己使用什么软件。咱尽量做到基因组方面有问必答。也欢迎大佬来群视察，要是能开个基因组组装的讲座啥的就再好不过了！

进群请charles_kiko@163.com 备注基因组加群