生信人迷惑的一天 bam转fq

忙活了很久，组装基因组我发现还是有点不对劲我决定从头开始

我的HIFI数据是bam格式，今天遇到一个行家，大佬问我的bam是subreadsbam 还是ccsbam。这个问题难到我了，从老板那里拿到数据的时候我也没看名字，文件名里面也没有写。我草草给大佬截完图之后大佬说这是CCSbam，直接转fq就行，用bamTofq。我测试了一下！

bamToFastq [OPTIONS] -i <BAM> -fq <FASTQ>

结果是

	bamtofastq v1.4.1
	Unknown flag: '-i'
	Usage:
	  bamtofastq [options] <bam> <output-path>
	  bamtofastq (-h | --help)

就在我十分无助的时候我找到了samtools自带的bam2fq，于是我有了如下命令。

 samtools bam2fq new.bam > name.fastq && gzip -c name.fastq >name.fastq.gz

在执行这一步之前，我依旧是对我的bam文件进行了排序操作

samtools sort -n old.bam -o new.bam

这个地方，导致我的new.bam文件比old.bam文件小了0.3G，猛然间想起大佬说CCSbam不需要排序，直接转就行…？

![加群]charles_kiko@163.com 备注基因组加群。