生信人填坑记 orthofinder的安装和基础使用

orthofinder软件的安装【使用conda】

你好！ 这是你以为的使用conda安装orthofinder conda install orthofinder
或者稍微高级一点 conda install -c bioconda orthofinder ！！

应该在大多数conda用户的计算机上这个方法会出现环境冲突！这个时候就会有人想起来使用conda创建新环境之后再安装。

conda create -n orthofinder
conda install orthofinder
然而这个方法可以解决一部分问题，但是依旧有的同学解决不了这个软件的安装问题。
在这里有两点我希望大家可以利用起来！

在安装conda之后的第一件事是安装mamba

在国内使用conda的同学我相信很多人都会遇到-|- -|- -|- -|- -|- -|- -|- -|- 一直转圈。

所以我强烈安利 安装conda之后的第一件事就是 conda install -c conda-forge mamba
然后几乎所有的conda命令都可以把conda替换成mamba。

合理利用yml文件

根据软件的官网提供的依赖软件
mafft
muscle
iqtree
raxml
raxml-ng
fasttree
BLAST
DIAMOND
MMSeqs2

构造yaml文件

name: orthofinder
channels:
  - defaults
  - conda-forge
  - bioconda
dependencies:
  - python=3.8
  - numpy
  - pandas
  - mafft
  - muscle
  - iqtree
  - raxml
  - raxml-ng
  - fasttree
  - BLAST
  - DIAMOND
  - MMSeqs2
  - orthofinder

然后使用mamba mamba env create -f orthofinder.yaml 当然，很多软件都会自带一个这样的文件，conda装不了的时候可以去软件官网溜达溜达。

orthofinder软件的基础使用

软件的是由很简单，将你要跑的物种的蛋白质文件放在work/data目录下，文件名都用物种缩写，后缀统一就行。
然后在work目录下，先进入环境 然后运行

conda activate orthofinder
orthofinder -f ./data -t 36 -a 16 -M msa -S blast -A mafft -T raxml-ng

-t指定比对线程;
-a指定分析线程;
-M指定推断基因树的方法: dendroblast(default)/msa;
-S指定比对软件: diamond(default)/blast/blast_gz/mmseqs/blast_nucl
-A指定多序列比对(MSA)使用软件：mafft(default)/muscle；需要指定-M msa
-T指定画树软件：fasttree(default)/raxml/raxml-ng/iqtree

结果文件

软件会在data下面生成一个OrthoFinder的文件夹，里面就是我们的运行结果。
其中常用的有两个结果，第一个是Orthogroups文件夹下的Orthogroups.GeneCount.tsv，这个文件里保存着每个家族在每个物种里的成员数量。
有了这个文件我们可以进行不同物种之间的基因家族韦恩图绘制，可以使用jvenn，但是在使用之前需要对文件进行修改，将每个物种的家族数替换成家族名字，使用orthofinder2jvenn.py这个脚本。

import numpy as np
import pandas as pd
import sys

def chang(n,gene):
	if n != 0:
		return gene
	else:
		return ''

data = pd.read_csv(sys.argv[1],header = 0, sep='\t', comment='#')
print(data)

columns = [column for column in data]
print(columns)
for i in range(1,len(columns)-1):
	column = columns[i]
	print(column)
	data[column] = data.apply(lambda row:chang(row[column],row[columns[0]]), axis = 1)
print(data)

data.to_csv('jvenn_'+sys.argv[1], index=False,sep='\t',mode='w')

修改之后的jvenn_Orthogroups.GeneCount.tsv文件：

然后就可以打开jvenn，进行可视化了。将需要展示的物种名字填在name处，把家族列表复制到输入框就可以生成你自己的韦恩图了。

第二个常用的结果就是用于研究基因家族扩张与收缩的文件MultipleSequenceAlignments/SpeciesTreeAlignment.fa 和Species_Tree/SpeciesTree_rooted.txt这两个文件用法比较复杂，需要python2，python3多种环境，以及r8s和cafe等软件工具。所以以后单独出一期解释。（写到这儿饭点到了，吃饭要紧…）

不知道有多少生信人在此迷茫，我曾经在各种生信群里求助最后消息都如同泥牛入海。为此我重新建立一个群，进群的小伙伴备注以下自己使用什么软件。咱尽量做到基因组组装方面有问必答。也欢迎大佬来群视察，要是能开个基因组组装的讲座啥的就再好不过了！
进群请charles_kiko@163.com 备注基因组加群