16s 分析，调整文库顺序

PE250下机数据文库顺序是随机的，Qiime2也没有提供调整文库顺序的方案，故使用Qiime1来调整文库顺序

~$ source activate qiime1
~$ extract_barcodes.py \
-f 1.clean.fq \
-r 2.clean.fq \
-o outputdict \
-c barcode_paired_end \
-l 0 \
-L 0 \
-a \
-m mapping.txt  \

barcode长度定为0是为了以后用qiime2去splite barcodes，-a 是调整文库顺序的参数，可以通过mapping文件的forward和reverse primer去调整文库顺序。

之后压缩，导入qiime2即可

~$ pigz reads1.fastq reads2.fastq -p 8
~$ source deactivate

导入时候试用qiime2，未分割barcode格式MultiplexedPairedEndBarcodeInSequence
格式很简单，只要把forward.fastq.gz 和 reverse.fastq.gz放在同一个文件夹就行

~$ qiime tools import \
--type MultiplexedPairedEndBarcodeInSequence \
--input-path PED/ \
--output-path PED.qza

Imported PED/ as MultiplexedPairedEndBarcodeInSequenceDirFmt to PED.qza

然后cutadapt一下

~$ qiime cutadapt demux-paired \
--i-seqs PED.qza \
--m-forward-barcodes-file mapping.txt \
--m-forward-bar