Lefse本地运行并更换颜色

首先是lefse的安装

由于lefse使用的环境比较早，建议使用conda虚拟环境的方式安装，可以省掉不少麻烦

    conda create -n lefse python=2.7 python=2.7 #python这里选成2.7否则会卡住

环境安装完成后，进入环境安装lefse

    source activate lefse

    conda install lefse

等lefse 自动安装完成以后，可以用lefse-plot_cladogram.py 来调用绘图，具体可以查看bioconda的官方文档

lefse安装说明

另外完全按照这个程序走，会报错没有 axis_bgcolor() 这个参数，一开始的想法是去lefse-plot_cladogam.py修改这个参数 axis_bgcolor() 改成facecolor() 不过尝试过以后发现不只是bgcolor这一个参数改动了，很多参数都有变化，如果只改这一个图还是会很奇怪。
后来发现是matplotlib的版本问题，降低版本就可以解决。
直接降低到最早的版本会报错

/usr/include/time.h:37:10: fatal error: bits/types/clock_t.h: No such file or directory

找了半天，找到1.5.3的版本还是可以用的。（之后就更新到2.0了，大概大改都发生在这边）。
在lefse环境里卸载matplotlib重装

pip unin