Fiji/ImageJ的使用

于 2024-05-20 14:43:54 发布
阅读量175 收藏
点赞数 1
文章标签： python
版权声明：本文为博主原创文章，遵循 CC 4.0 BY-SA 版权协议，转载请附上原文出处链接和本声明。
本文链接：https://blog.csdn.net/qq_43369406/article/details/138961383
版权

x.1 将lif文件选取特定stack后转为灰度图再存成image sequence

ctrl + i: 查看文件信息

  1. 下载最新版本ImageJ（我的是ImageJ 2.14.0），导入lif文件，选择你需要处理的series；

  2. Image - hyperstacks - stack to hyperstacks，参数默认生成hyperstack；??这一步的作用是什么，为什么要生成hyperstacks？

  3. 拖动slice参数和channel参数，挑选好你需要的slice number；右键-duplicate-输入slice

  4. 选择两个channel，都使用LUT - gray转为灰度图；

  5. File - save as - image Sequnce存储图片

樱木之
关注
  • 1
    点赞
  • 踩
  • 0
    收藏
    觉得还不错? 一键收藏
  • 0
    评论
Fiji（Fiji is just ImageJ）
07-27
ImageJ是一款基于JAVA开发的图像处理工具，Fiji（Fiji is just ImageJ）集成了更强大的图像处理功能。版本为windows 64位。
ImageJ（Fiji）安装
qq_44747572的博客
09-14 2943
OCTA-500公开下载----数据整理 ImageJ（Fiji）安装 链接：https://pan.baidu.com/s/1cuAn4sUG_ucFZc3nkd6nJw 提取码：y961 **注意：**安装包需放在C:\Users\yx_computer该路径下
FIJI (ImageJ) 图像处理合集
qq_41911570的博客
03-08 2万+
1.更改伪彩颜色 ImageJ可以打开CAI格式，尼康的2084的原始格式等等。 将图片直接拖拽到imageJ软件上。 会弹出一个窗口 这个窗口就是告诉我们：关于这个图像的原始格式是否需要进行设置。通常使用默认的，点击Ok。 就可以打开这个图像 如果打开后图像的伪彩颜色不正常怎么办？ 这时可以打开Image->Color->Channels Tool 就可以设置图像伪彩颜色 ...
Fiji/ImageJ调整图像的对比度；Fiji/Image查看图像的像素直方图分布
weixin_43803950的博客
05-29 6318
很多ImageJ/Fiji的问题用中文查不到，尽早尝试用英文去搜索！！！！！！！！ 下面记录两个小功能，以及英文教程和imageJ写脚本的教程。 调整图像对比度 Step1：打开一张图像。比如我的一个tif图特别暗，就可以调一调对比度 Step2:调整对比度 使用快捷键：Ctrl+Shift+C 或者：Image—>Adjust —>Brightness/Contrast 得到下面这个调节框，然后一般点击Auto就可以了，也可手调 查看图像的像素直方图分布 Step1:打开一张图像
ROS学习：安装ROS
技术小白的进阶之路
05-08 1539
安装ROS 在正式的安装前，先检查下Ubuntu初始环境是否配置正确。 打开Ubuntu的设置 -> 软件与更新 -> Ubuntu软件 -> 勾选关键字universe, restricted,multiverse三项。 如图所示: 配置完成后，就可以开始安装ROS了，打开终端Ctrl+Alt+t。 ① 添加sources.list $ sudo sh -c 'echo "d...
Fiji(ImageJ) Win64安装包
04-29
https://imagej.net/software/fiji/downloads
matlab灰度处理代码-fractal_dimension_analysis:按照FIJI/ImageJ对灰度图像，显微复制图像和生物应用进
05-23
ImageJ（用于吸气检查）对灰度图像，显微复制图像和生物应用进行分形维分析。 在ImageJ上可以找到很好而透彻的解释，介绍和动力。 此存储库背后的动机是使图像的分形分析（FA）和灰度级，显微镜或其他生物学相关图像...
Fiji-ImageJ-科研与工程研发成像软件
11-10
基于JAVA的数据处理成像功能工具
改变图像的对比度matlab代码-PHANTAST-FIJI:相差显微镜分割工具箱（PHANTAST）的FIJI/ImageJ实施存储库
05-26
为了实现与平台无关的最终目标，PHANTAST当前可作为独立的GUI，MATLAB代码和FIJI插件使用。 重要信息：您当前正在浏览PHANTAST for FIJI插件。 如果您对PHANTAST for MATLAB或独立的GUI应用程序感兴趣（提供相似的...
windows10安装ImageJ、Fiji总流程
baidu_33122327的博客
01-10 2万+
首先哈，先检查一下自己电脑上是否安装有java： 输入 java、javac、java -version 其中一种，显示不是内部或外部命令，也不是可运行的程序或批处理文件，那么表示目前电脑中没有安装java，若有安装，那就不用再安装了。 接下来，开始进入java安装阶段：（总共三步：安装JDK、配置系统环境变量、检查是否安装成功） 安装JDK 1、进入java下载页面 2、找到想要的版本，点...
Imagej/Fiji编写Python脚本（Jython & ImageJ）
1nsights的博客
03-24 2546
前言 Imagej是生物和光学显微成像领域的一款非常实用，强大的软件。但是其GUI的界面往往不利于对批量的图像进行操作，FIJI可以通过Jython编写脚本，来实现.py文件的运行。 由于python执行速度较慢，imagej基于java编写而成，运行速度快，因此一些imagej里的操作可以通过编写python脚本的方式来加快运行速度 读取图像 from ij import IJ, ImagePlus # read a image imp = IJ.getImage() # get its Im
宏程序自动生成软件_ImageJ/Fiji软件使用（3）
weixin_39736047的博客
12-09 3320
关不关注我都在这里，YOU不得腻本栏目为大家提供了小编团队原创的知识产物，包括课件、插画、视频等，期望对大家有用。本系列为大家分享一些经常做的生物实验的结果分析中，希望能够给生物专业的入门学生提供一些帮助。本篇主要介绍利用ImageJ/Fiji软件定量分析免疫组织化学结果。使用ImageJ/Fiji软件进行免疫组织化学分析的方法有很多种，在这一系列的视频中我们介绍以下三种方法：手动分析免...
imagej fiji 查看结果 变换色彩
fi_hu的博客
02-09 2728
按一下步骤： ->进入fiji, 打开需要的图片： eg：segmentation是label；Tresult是预测结果。 ->image ->color ->channel tool ->more ->merge channels: ->下面是举例环节啦，把c1和c3变为自己的图片，按一下‘ok’ dangdangdangdang~获得重叠图片啦，可以用来看看自己预测结果和真值之间肉眼可见缺失点等。 ...
ImageJ -介绍与安装
sheldonxxd的博客
05-19 4万+
写在开头ImageJ，一款免费却又极其强大的图像处理软件。百科但很不幸的是，这款软件对于电脑小白而言，可能并不容易上手。看一下这个软件的界面就知道了。反正我第一打开的时候就直接想关掉，这些个 icon 根本不知道干嘛的好吧。但是后来，大量的图像不得不用 ImageJ 分析，只有硬着头皮好好学习。所以说，学点什么，都是被逼出来的，主动学习反而效率不高。软件安装ImageJ貌似也有好几个distrib...
Ubuntu下安装 imagej 和 Fiji
jiandanjinxin的专栏
11-19 7572
安装ImageJ方法一sudo apt-get install imagej whereis imagej imagej -version方法二下载 Linux版本的 imagej 安装 Instructionscd /home mkdir imagej cp ij150-linux64-java8.zip /home/imagej unzip ij150-linux64-java8.zip建立软
Imagej－Fiji批量处理图片实现二值化
qq_52926136的博客
08-06 6118
Imagej-Fijin 批量处理图片实现二值化 1. Plugins - macros - Record(里面会记录你的图片处理过程生成操作代码）； 2. 读取图像：File - Import - Image Sequence(选择一张图片）； 3. 提取处理区域：在读入的图片上选取要处理的区域 - Image- crop; 4. 滤波（将信号中特定波段频率滤除的操作）：process - filter - mediam - 0.5; 5. 阈值分割（把图
imagej 基本操作
热门推荐
WeisongZhao
06-14 7万+
imagej菜单栏列出了ImageJ的所有命令，它包含八个菜单： File：基本的文件操作，包括打开、保存、创建新图片，大多数命令看名字就知道什么意思 Edit：编辑和绘制操作，以及全局设定 Image：图像显示，包括图像格式的转化、怎样显示等 Process：图像处理，包括点操作、过滤器和算术运算 Analyze：图像分析，统计测量、直方图绘制和其他与图像分析有关的操作 Pl...
Fiji Is Just ImageJ
02-28 928
Fiji Is Just ImageJ Fiji Is Just ImageJFiji Is Just ImageJTweetshort URLFrom FijiJump to: navigation, search The SPIM Registration ...
imagej/fiji软件使用(1)
最新发布
06-06
imagej/fiji软件是一款功能强大的图像处理软件，主要用于科学研究和医学影像分析。以下是使用该软件的一些基本步骤： 1. 打开软件，导入需要处理的图像文件。 2. 在菜单栏中选择相应的处理功能，如图像增强、滤波、分割等。 3. 调整参数，预览处理效果，确认后保存处理结果。 4. 可以使用插件扩展软件功能，如3D重建、细胞计数等。 5. 学习使用软件的快捷键，可以提高操作效率。 总之，imagej/fiji软件是一款非常实用的图像处理工具，可以帮助科学家和医学工作者更好地分析和处理图像数据。

“相关推荐”对你有帮助么？

  • 非常没帮助
  • 没帮助
  • 一般
  • 有帮助
  • 非常有帮助
提交
评论
添加红包

请填写红包祝福语或标题

个

红包个数最小为10个

元

红包金额最低5元

当前余额3.43元 前往充值 >
需支付：10.00元
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付元
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明：

1.余额是钱包充值的虚拟货币，按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载，可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值