使用windows配置nnUNetV2的项目环境

1.首先下载nnUNetV2的项目代码，windows使用git clone有点不太好使，建议直接下载

2.配置一个好的能够正常使用cuda的虚拟环境

3.安装好虚拟环境测试好之后，使用pip install nnunetv2命令安装这个库，然后cd进入你下好的项目目录首页，使用 pip install -e .  命令安装项目依赖。

4.在项目主目录下新建一个nnUNetFrame文件夹，然后点开新建一个DATASET子文件夹, 再点开再新建3个文件夹，分别是nnUNet_raw；nnUNet_preprocessed；nnUNet_results

5.这一步需要仔细，打开环境变量设置，新建三个环境变量，名字分别为nnUNet_raw；nnUNet_preprocessed；nnUNet_results这个三个，值为它们的绝对路径。尽量在系统变量和用户变量中都新建一下防止出错。

6.下载训练和测试数据，网址：Medical Segmentation Decathlon

   注意这是十项全能分割赛的数据，直接下载到nnUNet_raw这个文件夹里面，然后解压缩就好，不要做任何更改！

7.转换数据集格式，因为下载的数据集是按照nnUNetV1进行设置的，所以需要进行转换，使用命令行：nnUNetv2_convert_MSD_dataset -i 数据集的绝对路径 -overwrite_id 0X ,注意最后这个X的值取决于你的数据集是任务几，更改就可以。

8。数据集预处理：使用命令行：nnUNetv2_plan_and_preprocess -d 002 --verify_dataset_integrity

9.训练：nnUNetv2_train 002 2d 0

  这里002是数据集ID，2d：是选择网络，其他还有3d_fullres, 3d_lowres, 3d_cascade_lowres
0：5折交叉验证中所选的折数，在[0,1,2,3,4]范围内选择，有的博主说5代表5折，我看了代码以后不那么认为，选5也可以运行，但是不是5折交叉验证，nnUNet会以4：1的比例随机选择训练集和验证集