1.首先下载nnUNetV2的项目代码,windows使用git clone有点不太好使,建议直接下载
2.配置一个好的能够正常使用cuda的虚拟环境
3.安装好虚拟环境测试好之后,使用pip install nnunetv2命令安装这个库,然后cd进入你下好的项目目录首页,使用 pip install -e . 命令安装项目依赖。
4.在项目主目录下新建一个nnUNetFrame文件夹,然后点开新建一个DATASET子文件夹, 再点开再新建3个文件夹,分别是nnUNet_raw;nnUNet_preprocessed;nnUNet_results
5.这一步需要仔细,打开环境变量设置,新建三个环境变量,名字分别为nnUNet_raw;nnUNet_preprocessed;nnUNet_results这个三个,值为它们的绝对路径。尽量在系统变量和用户变量中都新建一下防止出错。
6.下载训练和测试数据,网址:Medical Segmentation Decathlon
注意这是十项全能分割赛的数据,直接下载到nnUNet_raw这个文件夹里面,然后解压缩就好,不要做任何更改!
7.转换数据集格式,因为下载的数据集是按照nnUNetV1进行设置的,所以需要进行转换,使用命令行:nnUNetv2_convert_MSD_dataset -i 数据集的绝对路径 -overwrite_id 0X ,注意最后这个X的值取决于你的数据集是任务几,更改就可以。
8。数据集预处理:使用命令行:nnUNetv2_plan_and_preprocess -d 002 --verify_dataset_integrity
9.训练:nnUNetv2_train 002 2d 0
这里002是数据集ID,2d:是选择网络,其他还有3d_fullres, 3d_lowres, 3d_cascade_lowres
0:5折交叉验证中所选的折数,在[0,1,2,3,4]范围内选择,有的博主说5代表5折,我看了代码以后不那么认为,选5也可以运行,但是不是5折交叉验证,nnUNet会以4:1的比例随机选择训练集和验证集