dicom转numpy

最新推荐文章于 2023-09-21 09:07:23 发布
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import dicom2nifti
dicom2nifti.convert_directory('./input/', './output',compression=True, reorient=True)

但要安装gdcm

qq_43541908
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dicom-numpy:从一组DICOM文件正确生成3D numpy数组
05-14
DICOM脾气暴躁 请参阅。
python读取dicom图像示例(SimpleITK和dicom包实现)
12-23
1. 用SimpleITK读取dicom序列： import SimpleITK as sitk import numpy as np img_path='F:\\\\dataset\\\\pancreas\\\\Output\\\\thick\\\\original\\\\1' mask_path='F:\\\\dataset\\\\pancreas\\\\Output\\\\thick\\\\groundtruth\\\\1' reader = sitk.ImageSeriesReader() img_names = reader.GetGDCMSeriesFileNames(img_path) reader.SetFileNames
python 读取dicom文件,生成info.txt和raw文件的方法
12-25
目标：利用python读取dicom文件，并进行处理生成info.txt和raw文件 实现：通过pydicom读取dicom文件 代码： import numpy import pydicom import os # dicom文件所在的文件夹目录 PathDicom = '/home/lk/testdata/1.3.6.1.4.1.9328.50.1.42697596859477567872763647333745089432/' # 筛选出文件夹目录下所有的dicom文件 lstFilesDCM = [] for dirName, subdirList, fileList in os.w
python 将dicom图片转换成jpg图片的实例
12-23
主要原理：调整dicom的窗宽，使之各个像素点上的灰度值缩放至[0,255]范围内。 使用到的python库：SimpleITK 下面是一个将dicom（.dcm）图片转换成jpg图片的demo： import SimpleITK as sitk import numpy as np import cv2 def convert_from_dicom_to_jpg(img,low_window,high_window,save_path): lungwin = np.array([low_window*1.,high_window*1.]) newimg = (img-lungwin
dicomweb-client:适用于DICOMweb RESTful服务的Python客户端
04-12
DICOMweb客户端 DICOMweb服务的Python客户端。 文献资料 请参阅联机文档 ，其包括具有一个例子的用户指南，一个显影剂引导，和的应用程序编程接口的完整文档dicomweb_client Python包以及所述的命令行界面dicomweb_client程序。 引文 使用客户端进行科学研究时，请引用以下文章： @article{jpathinform-2018-9-37, Author={ Herrmann, M. D. and Clunie, D. A. and Fedorov A. and Doyle, S. W. and Pieper, S. and Klepeis, V. and Le, L. P. and Mutter, G. L. and Milstone, D. S. and Schultz, T. J. and
dcm转numpy
sdhdsf132452的博客
02-23 802
from glob import glob import os import pydicom import matplotlib.pyplot as plt import numpy as np def extract_voxel_data(files_path_list): # 将很多dcm切片存成npz数组 arrays = [] for file_path in files_path_list: ds = pydicom.dcmread(file_path)...
dicom转换
f9547064141的博客
05-21 1127
opencv的imshow、imwrite 用了很久的imshow只会用，不知道原理。 发现一个问题把归一化后的图像imshow可以正常显示，此时的类型是float 但是如果把这个float的图像imwrite发现输出全为黑。 那么说名imwrite是对0~255的格式进行输出的，归一化后默认都是0了。 对于imshow，如果数据是float或者double那么是按照0-1进行显示，如果是uint就是0-255 把原始的dicom转化成png import os import numpy as np imp
U-Net与胰腺分割学习（1）
饱腹的鼹鼠的博客
01-15 2800
title: U-Net与胰腺分割学习（1） date: 2020-08-29 08:15:02 tags: CNN 前馈神经网络 图像识别 U-Net 胰腺分割 categories: 医学图像处理与医学软件 TCIA (The Cancer Imaging Archive) TCIA是一个包含常见肿瘤（肺癌、前列腺癌等）医学图像及相应临床信息（治疗方案细节、基因、病理等）的大规模公用数据库，其影像模态包括MRI、CT等，图像格式均为DICOM，并且网站内数据在持续增加。所有数据都是由TCIA整理.
医学影像数据集DICOM文件(影像数据+轮廓数据)转为标注可识别 python代码
w524254582的博客
11-24 1263
做记录使用，没有做太多详细注释，当时debug然后根据属性获取 转换的。可根据代码内函数自定义改为labelme或者其他可识别的标签文件。dcm后缀 数据+轮廓数据 转为eiseg标注可识别工具代码。当时找了好多个代码，感觉转换出来都没那么亮，就随便贴一个吧。2.dcom轮廓数据转标注可识别。
利用SimpleITK将Numpy转Dcm
weixin_45069929的博客
09-20 2766
利用SimpleITK将Numpy转Dcm目的代码质控后记 目的 在临床和科研中，我们经常需要将numpy数组转换成dicom格式的文件，以方便对这些dicom数据进行处理，例如剂量计算，形变配准或轮廓的映射等等。 代码 话不多说，直接上代码（适合在jupyter-notebook里运行） import SimpleITK as sitk import sys, time, os import numpy as np #%matplotlib inline import matplotlib.pyplot
【医学影像数据处理】nii、npz、npy、dcm、mhd 的数据格式互转，及多目标分割处理汇总
钱多多先森
04-22 2万+
医学领域进行数据处理的DICOM、.nii、.npy、.mha、.npz，jpeg、png等格式。
【医学影像数据处理】 Dicom 文件格式处理汇总
最新发布
钱多多先森
09-21 3102
Dicom数据存储格式，是医学领域通用的数据传输形式，本文将围绕dicom与医学算法展开
医学影像数据集处理01：dcm文件转换为jpg及npy格式
今天要早睡
06-04 5537
本人下载的CT医学影像数据集源文件为DICOM文件，需要进行数据集处理后进行后续的模型训练。 1.dcm格式转换为jpg格式 首先考虑将dcm格式转换为jpg格式。
Dicom 医学图像与 nii 标签数据处理
qq_40690815的博客
01-10 7219
Dicom 医学图像与 nii 标签数据处理Dicom医学图像处理nii标记数据处理综合数据处理code1需要说明code2 Dicom医学图像处理 reference: https://blog.csdn.net/u011764992/article/details/84501300 dicom 图像就长这样 dicom图像的源数据范围相当大，而转化为图像形式保存的数据则为uint8类型，直...
1.DICOM文件转array
aigonna
08-06 735
DICOM文件读取 来源于 Convert dicom to np.array - the correct way 1. 读取 import numpy as np import pydicom from pydicom.pixel_data_handlers.util import apply_voi_lut def read_xray(path, voi_lut=True, fix_monochrome=True): """读取DICOM格式数据转为np.array uint8格式"""
3D Slicer 把dicom数据转换成numpy
gylph的博客
09-12 1936
1. 先打开数据 找到需要的数据所在文件夹 ，import im[ort成功后，会提示： load 数据 2. 找到load数据对应信息 3. 写代码 在对应下方命令行输入 import numpy as np x = array('4: Recon 3: 5mm/10mm') # 引号内为2找到的当前文件信息 np.save('test.npy',x) ...
Python 处理医学影像学中的DICOM
jiandanjinxin的专栏
03-06 2万+
DICOMDICOM（Digital Imaging and Communications in Medicine）即医学数字成像和通信，是医学图像和相关信息的国际标准（ISO 12052）。它定义了质量能满足临床需要的可用于数据交换的医学图像格式，可用于处理、存储、打印和传输医学影像信息。DICOM可以便捷地交换于两个满足DICOM格式协议的工作站之间。目前该协议标准不仅广泛应用于大型医院，而且已
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深藏功与名
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灰度图像怎么转成dicom
07-27
将灰度图像转换为DICOM格式需要进行以下步骤： 1. 首先，确保你有一个DICOM图像处理库，比如`pydicom`。你可以使用pip命令来安装它：`pip install pydicom` 2. 加载灰度图像。你可以使用Python的图像处理库（如PIL或OpenCV）来读取灰度图像文件，并将其转换为NumPy数组。 3. 创建一个DICOM文件。使用pydicom库创建一个DICOM对象，并设置相关的元数据（例如像素尺寸、像素间距、灰度级别等）。 4. 将灰度图像数据存储到DICOM对象中。将灰度图像的像素值存储到DICOM对象的像素数据属性中。 5. 保存DICOM文件。使用pydicom库将DICOM对象保存为DICOM文件。 以下是一个示例代码片段，演示如何将灰度图像转换为DICOM格式： ```python import numpy as np import pydicom # 读取灰度图像 gray_image = cv2.imread('gray_image.png', cv2.IMREAD_GRAYSCALE) # 创建一个DICOM对象 ds = pydicom.Dataset() # 设置DICOM元数据 ds.Rows = gray_image.shape[0] ds.Columns = gray_image.shape[1] ds.PixelSpacing = [1, 1] # 像素间距 ds.BitsAllocated = 8 # 每个像素的位数 ds.BitsStored = 8 # 实际存储的位数 ds.HighBit = 7 # 最高有效位 ds.PixelRepresentation = 0 # 像素表示（0表示无符号整数） # 将灰度图像数据存储到DICOM对象中 ds.PixelData = gray_image.tobytes() # 保存DICOM文件 ds.save_as('output.dcm') ``` 请注意，这只是一个简单的示例，实际应用中可能还需要设置更多的DICOM元数据，例如患者信息、扫描参数等。具体的DICOM对象属性和元数据设置可以根据你的需求进行调整。

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