nii文件转mha, numpy转mha,dicom转mha

最新推荐文章于 2022-05-31 17:09:01 发布
最新推荐文章于 2022-05-31 17:09:01 发布
阅读量1.6k 收藏 3
点赞数
分类专栏： 医疗影像与人工智能 文章标签： mha 三维 医疗影像
版权声明：本文为博主原创文章，遵循 CC 4.0 BY-SA 版权协议，转载请附上原文出处链接和本声明。
本文链接：https://blog.csdn.net/Arctic_Beacon/article/details/107187280
版权
本文介绍了如何使用Python和SimpleITK库将nii和dicom文件转换为mha格式。重点在于利用dicom的体素信息来确保三维数据的完整性。
摘要由CSDN通过智能技术生成

更多数学原理小文请关注公众号：未名方略

首先安装

conda install -c simpleitk simpleitk

如果你有dicom文件或npy文件，单层显示如下

dicom可以查体素信息，将体素信息spacing“插入”三维数据，存为.mha文件，那么三维文件才完整。

 

 

python 代码


import SimpleITK as itk
import numpy as np
import nibabel as nib

image_path = ‘’

ds
了解本专栏 订阅专栏 解锁全文
飞行codes
关注
专栏目录
订阅专栏
ITK 实现多张图像转成单个nii.gz或mha文件案例
12-17
主要实现的部分是利用NameGeneratorType读入系列图像，见头文件#include “itkNumericSeriesFileNames.h”。 需要包含的头文件有： #include "itkImage.h" #include "itkImageSeriesReader.h" #include "itkImageFileWriter.h" #include "itkNumericSeriesFileNames.h" #include "itkPNGImageIO.h"//转成JPG格式，将PNG替换成JPEG就可以。 int main( int argc, char ** arg
【7】SimpleITK输入终端参数将dicom转换为mha文件
qq_33612665的博客
05-21 574
【1】代码 #!/usr/bin/env python # -*- encoding: utf-8 -*- ''' @File : 03test.py @Time : 2021/05/21 10:50:10 @Author : Jian Song @Contact : 1248975661@qq.com @Desc : None ''' # here put the import lib #!/usr/bin/env python from __future
python DICOM文件转mha/mhd
Ericohe的博客
12-31 1945
pip3 install SimpleITK pip3 install opencv-python
dicom转numpy
qq_43541908的博客
04-28 503
import dicom2nifti dicom2nifti.convert_directory('./input/', './output',compression=True, reorient=True) 但要安装gdcm
DICOM医学影像文件格式与常见格式的转换
04-29
DICOM标准极大促进了医学影像设备技术的发展，处理医学图像时，首先将文件中存储的像素值提取出来并进行各种转化和处理，以便其它的图像处理软件使用和进行下一步处理。利用JAVA和开源工具包Dcm4che对DICOM文件中的各种元素进行提取并将像素值转化为各种操作平台下常见的图像格式，完全达到了使用标准，并极大地方便后续处理和操作。
python实现批量nii文件转换为png图像
09-19
`numpy`库用于处理多维数组，`os`库用于文件操作，如遍历目录，`nibabel`库用于读取和操作NII文件，而`imageio`库则用于将数据转换为图像并保存。 ```python import numpy as np import os import nibabel as nib ...
dcom医学影像处理
05-12
医学影像处理，伽马刀技术 立体定向放射治疗 立体定位,确定靶点的三维坐标及几何利用形状参数,利用治疗计划系统,规划出治疗计划,通过控制射线的入射方向，选择射野尺寸和运行轨迹,使射线在靶点处聚集,以达到对靶区的治疗。
mha.文件和nii文件的读取与写入应注意的问题spacing
weixin_43638371的博客
12-29 3994
医学图像的数据有好多后缀是mha.和nii.格式的，python读取与写入它们需要特殊的包。 用到的包主要有两种*SimpleITK***和***nibabel*** 其中SimpleITK两种格式的数据均可读取，代码图下。 import SimpleITK as sitk file = sitk.ReadImage(file_path) file = sitk.GetArrayFromImage...
在模型训练前为什么要把数据打包为.npy文件，和普通文件格式有什么区别？
Ethan的博客
05-16 1万+
看看下面两段代码的运行时间！ 代码一： import numpy as np import time # 100万个数据 n_samples=1000000 # 将随机浮点数作为字符串写入本地TXT文件 with open('fdata.txt', 'w') as fdata: for _ in range(n_samples): fdata.write(str(10*...
【医学影像数据处理】nii、npz、npy、dcm、mhd 的数据格式互转，及多目标分割处理汇总
热门推荐
钱多多先森
04-22 2万+
医学领域进行数据处理的DICOM、.nii、.npy、.mha、.npz，jpeg、png等格式。
在python中使用SimpleITKeras 进行 mha医学图像加载显示
u014576926的博客
12-18 7538
下载了BRATS的数据集，可以用SimpleITK打开，这里介绍需要的工具和配置过程
关于医疗影像的mhd和dcm格式图像的读取和坐标转换
zyc2017的博客
11-14 2万+
本篇博客主要对近年来大赛（Luna16，kaggle，天池）中使用的肺部图像的读取和坐标转换进行整理，如果有错误，欢迎批评指正，谢谢。 1 介绍mhd格式的数据： 数据可以在Luna16（https://luna16.grand-challenge.org/Data/）下载。 (1)  每个病例的数据的存储都是由一个.mhd和一个.raw格式的文件组成。 mhd的内容和比较重要的注释： ...
SimpleITK保存mhd+raw和mha文件
moshiyaofei的博客
04-21 2974
1.使用SimpleITK将同一个序列的dicom保存为mhd+raw文件时，需要将dicom图像的InstanceNumber当做索引来存储，不能按照SliceLocation属性的大小来存储（会出错）。 2.吐过dicom图像的InstanceNumber，那么取InstanceNumber的相对值当做索引来存储，就可以生成正确的mhd+raw文件。 ...
CT数据将.nii格式或.nii.gz格式转换为dcm格式
qq_39909808的博客
05-31 2832
1.先转换.nii格式或.nii.gz格式转换为dcm格式 import SimpleITK as sitk image=sitk.ReadImage(r"D:\python\project\RCN\datasets\lspig_val\segmentation0.nii.gz")# 读取要转换格式的图像 sitk.WriteImage(image, r"C:\Users\Lenovo\Desktop\tran\segmentation0.dcm") 2.读取dcm并保存图片 import pydico
医学影像数据-mhd，nii与DICOM相互转换
Ericohe的博客
07-30 6379
mhd转换为Nifti / nii import SimpleITK as sitk img = sitk.ReadImage("input.mha") sitk.WriteImage(img, "output.nii")
医学图像预处理之可视化
YYLin
12-30 5524
1 前言 本文介绍两种医疗图像可视化的方案，一种是直接使用ITK-SNAP从冠状面、矢状面、横断面，另一种是使用python+SimpleITK将后缀名为.nii.gz转化成jgp的形式进行保存。
dicom文件_NIfTI和DICOM的格式互相转换
weixin_39944074的博客
11-25 1655
NIFTI和DICOM文件互相转换https://github.com/biolab-unige/nifti2dicom(推荐使用)sudo apt install nifti2dicom下载:https://launchpad.net/ubuntu/xenial/amd64/nifti2dicom-data/0.4.11-1ubuntu3文档: http://manpages.ubuntu.co...
matlab将nii文件转dicom的程序
最新发布
06-08
我可以为您提供一个MATLAB脚本，该脚本可以将NIfTI格式的图像转换为DICOM格式。在使用脚本之前，您需要下载并安装MATLAB的DICOM工具箱。以下是脚本的代码： ```matlab % Load NIfTI image nii = load_nii('image.nii'); % Convert to DICOM object dcm = nifti2dcm(nii.img); % Write DICOM object to file dicomwrite(dcm, 'image.dcm'); ``` 在上面的代码中，`load_nii`函数用于加载NIfTI格式的图像。`nifti2dcm`函数将NIfTI图像转换为DICOM对象。最后，`dicomwrite`函数将DICOM对象写入文件。请注意，您需要将脚本中的文件名替换为您自己的文件名。
评论 5
添加红包

请填写红包祝福语或标题

个

红包个数最小为10个

元

红包金额最低5元

当前余额3.43元 前往充值 >
需支付：10.00元
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包

打赏作者

飞行codes

你的鼓励将是我创作的最大动力

¥1 ¥2 ¥4 ¥6 ¥10 ¥20
扫码支付：¥1
获取中
扫码支付

您的余额不足，请更换扫码支付或充值

打赏作者

实付元
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明：

1.余额是钱包充值的虚拟货币，按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载，可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值