nii文件转mha, numpy转mha,dicom转mha

最新推荐文章于 2022-05-31 17:09:01 发布

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分类专栏：医疗影像与人工智能文章标签： mha 三维医疗影像

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本文介绍了如何使用Python和SimpleITK库将nii和dicom文件转换为mha格式。重点在于利用dicom的体素信息来确保三维数据的完整性。

摘要由CSDN通过智能技术生成

更多数学原理小文请关注公众号：未名方略

首先安装

conda install -c simpleitk simpleitk

如果你有dicom文件或npy文件，单层显示如下

dicom可以查体素信息，将体素信息spacing“插入”三维数据，存为.mha文件，那么三维文件才完整。

python 代码


import SimpleITK as itk
import numpy as np
import nibabel as nib

image_path = ‘’

ds = nib.load(image_path)
img = ds.get_fdata()
header = ds.header
pixdim=header['pixdim']
px=round(pixdim[1],2)
py=round(pixdim[2],2)
pz=round(pixdim[3],2)

outpath='.mha'

img=np.uint8(img)
image:itk.Image = itk.GetImageFromArray(img)

spacing = (px,py,pz)
image.SetSpacing(spacing)

save_mha = itk.ImageFileWriter()
save_mha.SetFileName(outpath)
save_mha.Execute(image)