LAMMPS实现MC模拟

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主要专栏内容包括：
$\text{ †《LAMMPS小技巧》：}$ 主要介绍采用分子动力学（$Lammps$）模拟相关安装教程、原理以及模拟小技巧（难度：$★$）
$\text{ ††《LAMMPS实例教程—In文件详解》：}$ 主要介绍采用分子动力学（$Lammps$）模拟相关物理过程模拟。（包含：热导率计算、定压比热容计算，难度：$★$$★$$★$）
$\text{ †††《Lammps编程技巧及后处理程序技巧》：}$ 主要介绍针对分子模拟的动力学过程（轨迹文件）进行后相关的处理分析（需要一定编程能力。难度：$★$$★$$★$$★$$★$）。
$\text{ ††††《分子动力学后处理集成函数—Matlab》：}$ 主要介绍针对后处理过程中指定函数，进行包装，方便使用者直接调用（需要一定编程能力，难度：$★$$★$$★$$★$）。
$\text{ †††††《SCI论文绘图—Python绘图常用模板及技巧》：}$ 主要介绍针对处理后的数据可视化，并提供对应的绘图模板（需要一定编程能力，难度：$★$$★$$★$$★$）。
$\text{ ††††††《分子模拟—Ovito渲染案例教程》：}$ 主要采用 $\mathrm{Ovito}$软件，对 $\mathrm{Lammps}$ 生成的轨迹文件进行渲染（难度：$★$$★$）。

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# Monte Carlo relaxation of perturbed 2d hex lattice

# set these parameters
# make sure neigh skin > 2*deltamove

variable iter loop 3000            # number of Monte Carlo moves
variable deltaperturb equal 0.2    # max size of initial perturbation per dim
variable deltamove equal 0.1       # max size of MC move in one dimension
variable density equal 1.0         # reduced LJ density of atoms on lattice
variable kT equal 0.05             # effective T in Boltzmann factor
variable seed equal 582783         # RNG seed

# problem setup

units		lj
atom_style	atomic
atom_modify     map array sort 0 0.0

dimension       2

lattice		hex ${density}
region		box block 0 10 0 5 -0.5 0.5

create_box	1 box
create_atoms	1 box
mass		1 1.0

pair_style	lj/cut 2.5
pair_coeff	1 1 1.0 1.0 2.5
pair_modify     shift yes

neighbor	0.3 bin
neigh_modify	delay 0 every 1 check yes

variable        e equal pe

# run 0 to get energy of perfect lattice
# emin = minimum energy

run             0
variable        emin equal $e

# disorder the system
# estart = initial energy

variable        x atom x+v_deltaperturb*random(-1.0,1.0,${seed})
variable        y atom y+v_deltaperturb*random(-1.0,1.0,${seed})

set             group all x v_x
set             group all y v_y

#dump		1 all atom 25 dump.mc

#dump		2 all image 25 image.*.jpg type type &
#		zoom 1.6 adiam 1.0
#dump_modify	2 pad 5

#dump		3 all movie 25 movie.mpg type type &
#		zoom 1.6 adiam 1.0
#dump_modify	3 pad 5

variable        elast equal $e
thermo_style    custom step v_emin v_elast pe

run             0

variable        estart equal $e
variable        elast equal $e

# loop over Monte Carlo moves

variable        naccept equal 0
variable        increment equal v_naccept+1
variable        irandom equal floor(atoms*random(0.0,1.0,${seed})+1)
variable        rn equal random(0.0,1.0,${seed})
variable        boltzfactor equal "exp(atoms*(v_elast - v_e) / v_kT)"
variable        xnew equal x[v_i]+v_deltamove*random(-1.0,1.0,${seed})
variable        ynew equal y[v_i]+v_deltamove*random(-1.0,1.0,${seed})
variable        xi equal x[v_i]
variable        yi equal y[v_i]

label           loop

variable        i equal ${irandom}

variable        x0 equal ${xi}
variable        y0 equal ${yi}

set             atom $i x ${xnew}
set             atom $i y ${ynew}

run             1 pre no post no

if              "$e <= ${elast}" then &
                  "variable elast equal $e" &
                  "variable naccept equal ${increment}" &
                elif "${rn} <= ${boltzfactor}" &
                  "variable elast equal $e" &
                  "variable naccept equal ${increment}" &
                else &
                  "set atom $i x ${x0}" &
                  "set atom $i y ${y0}"

next            iter
jump            SELF loop

# final energy and stats

variable       nb equal nbuild
variable       nbuild equal ${nb}

run             0

print           "MC stats:"
print           "  starting energy = ${estart}"
print           "  final energy = $e"
print           "  minimum energy of perfect lattice = ${emin}"
print           "  accepted MC moves = ${naccept}"
print           "  neighbor list rebuilds = ${nbuild}"