Lammps的团簇（cluster）之Kmean识别—Matlab分析

已于 2023-03-05 11:03:22 修改
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分类专栏： 分子动力学—LAMMPS后处理及编程技巧 文章标签： matlab 开发语言
于 2021-12-30 00:11:28 首次发布
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本文链接：https://blog.csdn.net/qq_43689832/article/details/122227301
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本文介绍了在Lammps分子动力学模拟中使用Kmean聚类算法来识别团簇的方法。内容涵盖团簇的基本概念、周期性边界条件下的距离计算、噪声点处理策略，以及基于Matlab的MD-kmean聚类分析和中心点选取。文章提供了编程思路，并强调需根据具体模拟体系进行调整。
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根据近邻列表法识别团簇—冷凝成核 Matlab+Ovito（上）
Rockyoung
03-22 1707
我们在分析物理过程，如气体冷凝过程、粉尘降尘等，最重要的一点是如何分析识别团簇。例如，冷凝过程，有几个液滴呢？
lammps计算团簇的方法
lammps_jiayou的博客
08-31 1491
下面以Cu融化模拟为例，分析融化过程中团簇的生成过程，模拟结果使用ovito color coding命令进行涂色显示，不同的团簇显示为不同的颜色。在一个group内，原子之间的距离小于一定距离时，可以认为这组原子时一个团簇。语法比较简单，cutoff就是截断半径，小于这个距离的原子被认为是一个团簇。每一个团簇被分配了一个id，同一个团簇内的所有原子，具有相同的团簇id。...
lammps案例：团簇融化过程模拟案例学习
lammps_jiayou的博客
03-07 2244
分享一个团簇融化的lammps模拟案例，由Carsten Svaneborg博士编写。 模拟单位为LJ，2D模拟体系，周期性边界条件，力场为最常见的LJ力场。 模拟思路： （1）设置一个4040的模拟盒子，在盒子中央设置一个2020的区域，在中间区域内随机填充原子。 （2）能量最小化消除随机原子的重叠。 （3）设置LJ力场 （4）设置nve系综，使用langevin控温方式进行控温。这一步也可以直接用nvt系综代替。 （5）运行并输出轨迹文件。 案例比较简单，需要注意的是：采用随机方法生成原子，原子之间容.
分簇协议用MATLAB实现
06-05
打包的文件包括了很多种LEACH协议在MATLAB下的实现。其中leach6.m在leach.m加了画图功能。
基于Ovito的团簇识别分析
Rockyoung
12-31 2828
团簇大小分析
Cluster_analysis:分析纳米团簇性质的工具
04-06
在"Cluster_analysis-main"这个文件夹中，可能包含用于执行聚类分析的Python代码、纳米团簇的数据集、结果可视化文件等。这些文件可以帮助我们了解如何利用Python和特定的聚类算法来研究纳米团簇的性质，通过分析...
DFT的matlab源代码-cluster-expansion:CuPd团簇扩展计算
05-26
DFT的matlab源代码用于CuPd分离的神经网络 网站枚举 1×1×7 –所有层板 我们将从训练可能的平板配置的简单表示开始。 1×1的平板，但深7层。 由于有7层，因此中间有一个原子，该原子将经历像高能那样的体积，因为最远的原子（在平板表面）相距超过6.0Å。 因此，任何经过该截止训练的神经网络都应等于体结构所预测的能量。 这是为了抵消先前的NN难以外推到较大数量的图层这一事实。 我们列举了EMT，由于它的敏感性，它也很难使用。 使用PBC似乎有助于减少一些这种误差，但是，结果对所使用的晶格常数也很敏感。 from ase . lattice . surface import fcc111 from ase . db import connect from itertools import product from asap3 import EMT import numpy as np db = connect ( 'tmp/EMT/1x1x7.db' ) atoms0 = fcc111 ( 'Au' , [ 1 , 1 , 7 ], a = 3.634 , vacuum = 6
OVITO使用（3）——如何统计缺陷团簇数量及其尺寸
最新发布
m0_64452471的博客
07-24 2676
在进行分析之前，我们需要了解什么是第1近邻（最近邻）位置，第2近邻（次近邻）位置，第3近邻（次次近邻）位置？如下图，以体心立方结构为例，1号原子位置为第1近邻，2号原子位置为第2近邻，3号原子位置为第3近邻。因此，关于缺陷演变的研究，团簇分析必不可少。③ 一般进行统计时，涉及到的变量为相同尺寸团簇出现的数量及其对应的尺寸大小（包含的原子数量），因此，我们还需要对导出的数据进行处理，最后得到如下的柱状图。即某一间隙原子与其第3近邻位置内的原子形成一个团簇，同样的，空位与其第2近邻位置内的原子形成一个团簇。
论文研究 - 用计算机模拟方法研究原子表面上的团簇沉积
05-17
这项研究被广泛应用于具有多达3000个原子的团簇，从而涵盖了实验上可用于低能团簇束沉积的尺寸范围。 分子动力学模型是由Molecular Dynamics和Metropolis Monte Carlo进行的。 这代表了一系列的模拟（175种情况），当需要对参数进行更精细的调整时，可以逐点添加进一步的计算。 分析结果是一项仍在进行中的主要任务。 这样，不仅覆盖了实际的尺寸范围，而且覆盖了与固态和液态有关的整个组成范围和温度范围。
ovito手册与总结
04-23
ovito手册与总结PDF版，ovito简单入门 ovito是DXA的升级版
团簇生长过程-Ovito渲染
Rockyoung
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11-17 6804
我们可以看到OPLSAA力场文件中，每一种原子对应以数字为编号的TYPE。我们根据自己的原子结构找到对应的TYPE编号。在MS中画出自己需要的分子结构。当然也可以从其他渠道获得PDB文件，读取到MS中。所以这里我们直接运行就行：（再次注意这里的只需要我们刚才生成的。根据手册执行命令，这里不再赘述 （注意，测试的data文件为。
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LAMMPS (Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator) 是一款用来模拟原子、分子动力学模拟的软件，它能够处理数百万个粒子的系统，并在各种硬件架构下实现高性能计算。除此之外，它还能够模拟各种力场，包括分子力场、原子力场、电动力学场等。 MATLAB 是一款高级计算机语言和交互式环境，广泛用于科学、工程和技术领域。MATLAB 通过其强大的工具箱、绘图和可视化功能以及数据分析能力，支持科学计算和数据分析，涵盖了各种领域，包括数学、工程、物理学、生物学、经济学等等。 将 LAMMPS 和 MATLAB 结合起来，可以让用户更有效地分析和处理 LAMMPS 的模拟数据。用户可以使用 MATLAB 进行实时数据可视化、制作动画、处理和分析模拟结果，也可以将 LAMMPS 仿真结果直接输出到 MATLAB 中进行后续操作。 在结合使用 LAMMPS 和 MATLAB 时，用户可以利用 MATLAB 的强大数据分析和可视化功能，对 LAMMPS 的模拟数据进行更精细和深入的分析，进一步展现出 LAMMPS 模拟的效果和全貌。此外， MATLAB 还可以对 LAMMPS 模拟数据中的异常值或者错误进行错误处理，以提高模拟准确度。 总之，LAMMPS 和 MATLAB 结合使用，可以极大地提升科学研究和工程领域中 LAMMPS 模拟的分析和可视化效率，以及模拟准确度和数据可视化效果。
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