lammps计算团簇的方法

最新推荐文章于 2024-05-09 21:00:00 发布

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分类专栏： lammps模拟案例文章标签： lammps 分子动力学模拟 lammps培训分子动力学 ovito

本文链接：https://blog.csdn.net/lammps_jiayou/article/details/126628368

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大家好，我是小马老师。

本文介绍在lammps中如何进行团簇的分析。

在一个group内，原子之间的距离小于一定距离时，可以认为这组原子时一个团簇。

在lammps中，提供了团簇计算命令：

compute ID group-ID cluster/atom cutoff

语法比较简单，cutoff就是截断半径，小于这个距离的原子被认为是一个团簇。

每一个团簇被分配了一个id，同一个团簇内的所有原子，具有相同的团簇id。

下面以Cu融化模拟为例，分析融化过程中团簇的生成过程，模拟结果使用ovito color coding命令进行涂色显示，不同的团簇显示为不同的颜色。

下面是模拟效果图：
在这里插入图片描述

in文件代码：

units           metal
boundary        p p p
atom_style      atomic
neighbor        2 bin
neigh_modify    every 1 delay 0 check yes

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