本文由小马老师讲解如何在lammps中进行团簇分析。通过设置原子间的距离阈值，lammps能识别并计算团簇。每个团簇会被赋予唯一的ID，同一团簇内所有原子ID相同。以Cu融化模拟为例，利用ovito的color coding功能，展示不同团簇的可视化效果。
大家好，我是小马老师。
本文介绍在lammps中如何进行团簇的分析。
在一个group内，原子之间的距离小于一定距离时，可以认为这组原子时一个团簇。
在lammps中，提供了团簇计算命令：
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compute ID group-ID cluster/atom cutoff
语法比较简单，cutoff就是截断半径，小于这个距离的原子被认为是一个团簇。
每一个团簇被分配了一个id，同一个团簇内的所有原子，具有相同的团簇id。
下面以Cu融化模拟为例，分析融化过程中团簇的生成过程，模拟结果使用ovito color coding命令进行涂色显示，不同的团簇显示为不同的颜色。
下面是模拟效果图：
in文件代码：
units metal
boundary p p p
atom_style 
2283
2568
2896
2959
940
9910
9696
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