LAMMPS学习总结2

1、能量单位转化

能量单位
1 hartree=627.5098Kcal/mol=22.2116eV
1Kcal/mo=4.182KJ/mol
1eV=23.0604Kcal/mol=96.4385KJ/mol=1.6*10-19J

2、MS导出的data纳米团簇在四个角怎么处理？边不是沿着xyz方向的怎么办？

处理：
（1） 纳米团簇在模型的四个角是因为我们在MS中设置了体系的周期性，这里去掉周期性就好了。
（2） 不沿着xyz方向的话我们需要调整lattice，在去掉周期性之前（这个时候还有lattice），点击lattice parameter选项，在advance中恢复标准朝向就好了。

3、langevin计算热导率理解2

NEMD计算热导率公式为

fix langevin中tally yes计算的是原子上加入/减去的能量（f_hot和f_cold）
以KAPPA中in.langevin和read me计算方式为例
原子数N=8000
总转移动能=8000*(f_hot+f_cold）/2=8000*（0.907+0.968）/2=7500
计算时间t为0.00520000=100
A=LxLy=18.82*18.82
温差平均=f_ave=0.57

温度梯度=温差/Lz=f_ave/lz=0.57/18.82
热导率=7500/2/100/18.82/0.57=3.49

4、测试驰豫后的data文件和restart文件拿来计算热导率与驰豫后在一个in中直接计算热导率的区别

Case1：驰豫后的data
注意：
① 此data中有pair coeff信息，我们重新跑的时候会定义这个信息，data中的pair coeff删除掉
② Data中的数据结构和MS导出的data结构一样，只有原子坐标信息，原子质量，键信息等
③ 因为是驰豫之后写出的data，因此拿来计算的时候不需要再minisize能量最小化
Case2：驰豫后的restart
使用read restart读取之前写restart文件，计算结果为0.23左右，实际结果应为0.6左右，不知道为什么结果不对….

5、集群操作

集群操作

6、ovito显示原子真实大小，查得的几种原子真实大小

7、lammps中晶格单位和盒子单位的区别？

unit box等于实际长度 比如100 就是100A，lattice 是 乘以晶格长度，比如10就是10*晶格长度，比如 fcc 4.5 然后你在region block 0 10 0 10 0 10 units lattice，长度就是region 0 -45 0-45 0-45。

8、LAMMPS计算定压比热容

定压比热容计算文献中有两个公式，使用第二个公式计算更好。原因如下：
① 比热容的定义单位质量的某种物质升高或下降单位温度所吸收或放出的热量，LAMMPS中直接计算能量变化、温度变化和质量即可，很方便且符合定义
② Lammps计算的时候混合体系没有考虑焓减，所以对于混合体系来说，焓本来就是不准确的，这也是为什么对于混合体系不建议使用EMD方法求热导率的原因，减焓要修改源代码，很麻烦。
PS.这里第一个公式不知道为什么这么算比热容，有懂的朋友请留言指教一下。

9、LAMMPS部分命令涉及Nevery、Nrepeat以及Nfreq，这三个如何理解？

Nevery意思是每隔这么多时间步去一个输入值，输入值可以理解为用来平均处理的初值
Nrepeat意思是对这么多个输入值进行平均计算
Nfreq意思是每隔这么多步计算出一个平均值
所以Nfreq=Nevery*Nrepeat

10、非晶二氧化硅高温下的BKS+LJ24-6势函数

使用LJ24-6是为了克服高温下的斥力

具体可以参考博客
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