生信小技巧
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此人不懒，写了点什么。
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TranSiGen|Deep representation learning of chemicalinduced transcriptional profile for phenotype-base
TranSiGen|Deep representation learning of chemicalinduced transcriptional profile for phenotype-based drug discovery|生物信息论文原创 2024-10-14 21:04:57 · 791 阅读 · 0 评论 -
生信名词|MOA|基因敲低与基因敲除|DMSO|MODZ|生信基础
生信名词|MOA|基因敲低与基因敲除|DMSO|MODZ|生信基础原创 2024-10-03 00:47:38 · 418 阅读 · 0 评论 -
生信名词|脱靶效应|表型药物发现|VAE|批次效应|基于表型|自监督学习
生信名词|脱靶效应|表型药物发现|VAE|批次效应|基于表型|自监督学习原创 2024-10-01 01:17:49 · 482 阅读 · 1 评论 -
Python处理csv文件|csv文件的读取保存|dataframe修改行名列名|dataframe筛选指定行|loc和iloc|dataframe筛选符合条件的值|dataframe提取数值
在切片是按闭区间切片，也就是区间两边都能取到。例子如下，假设有如下dataframe。（下标，从0开始）。按传统的左闭右开的的方式切片。简单来说就是loc通过。dataframe使用。原创 2024-09-19 23:20:08 · 442 阅读 · 0 评论 -
AUPR|AUROC|Recall|ACC|F1|Precision|评价指标|生物信息评价指标|药物重定位评价指标|生物信息基础
AUPR|AUROC|Recall|ACC|F1|Precision|评价指标|生物信息评价指标|药物重定位评价指标原创 2024-09-19 11:57:06 · 977 阅读 · 0 评论 -
GEO数据库提取疾病样本和正常样本|GEO数据库区分疾病和正常样本|直接用|生物信息|生信
GEO数据库提取疾病样本和正常样本|GEO数据库区分疾病和正常样本|直接用|生物信息|生信原创 2024-09-18 21:46:19 · 464 阅读 · 0 评论 -
GEO数据的下载和处理|GEO数据转换为Gene symbol|GEO注释文件提取symbol|查看样本标签|查看GEO数据疾病或正常|生物信息基础
GEO数据的下载和处理|GEO数据转换为Gene symbol|GEO注释文件提取symbol|查看样本标签|查看GEO数据疾病或正常|生物信息基础原创 2024-09-15 12:13:20 · 940 阅读 · 0 评论 -
GEO数据如何查看样本信息|GEO数据区分疾病和正常样本
GEO数据如何查看样本信息|GEO数据区分疾病和正常样本原创 2024-09-14 11:52:40 · 373 阅读 · 0 评论 -
生信绘图|origin入门基础|origin绘制折线图|origin注释去掉黑框|origin图片添加标题|origin修改单个柱子颜色
生信绘图|origin入门基础|origin绘制折线图|origin注释去掉黑框|origin图片添加标题|origin修改单个柱子颜色原创 2024-09-13 12:06:38 · 769 阅读 · 0 评论 -
Excel数据转置|Excel数据旋转90°
Excel数据转置|Excel数据旋转90°原创 2024-09-13 11:40:50 · 503 阅读 · 0 评论 -
生物信息名词汇总|生物信息基础知识
生物信息名词汇总|生物信息基础知识原创 2024-09-10 21:27:09 · 271 阅读 · 0 评论 -
Seaborn热图修改画布大小|Seaborn热图修改横纵坐标大小|Seaborn删除注释|Seaborn删除调色板|Seaborn注释添加标注文字|Seaborn删除刻度线
Seaborn热图修改画布大小|Seaborn热图修改横纵坐标大小|Seaborn删除注释|Seaborn删除调色板|Seaborn注释添加标注文字|Seaborn删除刻度线原创 2024-09-09 22:26:40 · 374 阅读 · 0 评论 -
Seaborn绘制热图|基因热图|生物信息|Seaborn更改颜色|Seaborn配色|Seaborn上下限值修改
Seaborn绘制热图|基因热图|生物信息|Seaborn更改颜色|Seaborn配色|Seaborn上下限值修改原创 2024-09-09 16:40:08 · 359 阅读 · 0 评论 -
R语言热图绘制|生物信息热图绘制|热图
生物信息R语言热图绘制原创 2024-09-05 20:12:30 · 489 阅读 · 0 评论 -
R语言|KEGG通路分析图绘制|GO通路分析图绘制|按大小排列|David数据库|生物信息
R语言|KEGG通路分析图绘制|GO通路分析图绘制|按大小排列|David数据库|生物信息原创 2024-08-19 14:20:01 · 688 阅读 · 0 评论 -
GDC超5G数据下载
GDC下载超过5G数据原创 2024-07-17 20:48:25 · 557 阅读 · 0 评论 -
Ensembl ID转Gene Symbol
【代码】Ensembl ID转Gene Symbol。原创 2024-07-15 20:32:08 · 1779 阅读 · 0 评论 -
在TCGA上下载数据并且进行处理
浏览器搜索TCGA GDC进入网站在TCGA数据库主页选择“Repository”模式根据所需要的选项在侧边栏选择数据清空购物车！！第一次登陆可忽略将刚刚选择好的数据加入购物车，并且在购物车里下载Metadata和Cart数据，下载到同一个文件夹下。使用R语言脚本对数据进行处理，将其提取为gene symbol和样本的数据，推荐看一下该博主处理数据！！真的非常详细！他R语言脚本在这个链接里原创 2023-12-28 13:25:26 · 1281 阅读 · 1 评论 -
查看GEO中GSE数据的更多标签
过滤一些冗余信息（但也有可能是有用信息），最后查看所需要的分类统计。a. 无法直接下载GEOquery，使用这3句代码进行下载。通过GSE序号下载并且查看数据。原创 2023-12-26 22:16:57 · 464 阅读 · 0 评论