GDC超5G数据下载

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于 2024-07-17 20:48:25 发布

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分类专栏：生信小技巧文章标签： r语言数据库

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GDC（新版TCGA网页）下载超过5G数据

超过5G的数据会显示不能直接下载，如图。图中显示需要下载Manifest，我们先下载好。
通过下载GDC的插件进行下载样本。下载链接: GDC网站
下载好后将其解压。和一开始下载的Manifest文件放在一个文件夹下（记住路径，后面添加环境变量需要用到）。
打开此电脑，配置环境变量。点开path新建，加入环境变量。
将之前下载解压的exe所在路径添加进来，并且按确认。
到此，环境变量配置完成。按win+R进入cmd模式，并且切换路径为exe所在位置，开始下载所需样本文件。

> d:
> cd D:\Program Files (x86)\GDC 
> GDC>gdc-client -h

# 输出以下则代表下载好啦
usage: gdc-client [-h] [--version] {download,upload,settings} ...

The Genomic Data Commons Command Line Client

optional arguments:
  -h, --help            show this help message and exit
  --version             show program's version number and exit

commands:
  {download,upload,settings}
                        for more information, specify -h after a command
    download            download data from the GDC
    upload              upload data to the GDC
    settings            display default settings
    
#开始下载所需样本
> gdc-client.exe download -m gdc_manifest.2024-07-17.txt	#这里将txt文件换成自己的文件即可

接下来等待数据下载就行啦~还有其他的方法可以，等我看看再更新。
文章参考：B站链接