在TCGA上下载数据并且进行处理

最新推荐文章于 2025-05-06 10:29:50 发布
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分类专栏： 生信小技巧 文章标签： r语言 数据库
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版权
  1. 浏览器搜索TCGA GDC进入网站
  2. 在TCGA数据库主页选择“Repository”模式
  3. 根据所需要的选项在侧边栏选择数据
    先在cases中选择数据
    再选择一些数据的格式
  4. 清空购物车！！第一次登陆可忽略在这里插入图片描述
  5. 将刚刚选择好的数据加入购物车，并且在购物车里下载Metadata和Cart数据，下载到同一个文件夹下。
    加入购物车
    数据下载，cart数据下载时间可能比较久
  6. 使用R语言脚本对数据进行处理，将其提取为gene symbol和样本的数据，推荐看一下该博主处理数据！！真的非常详细！他R语言脚本在这个链接里
【生信分析】基于TCGA肿瘤数据进行基因共表达网络分析
小哲的博客
09-19 3217
WGCNA（Weighted Gene Coexpression Network Analysis）是一个基于基因表达数据构建基因共表达网络的方法。WGCNA和差异基因分析差异基因分析主要针对样本之间的差异，WGCNA主要针对基因之间的关系。WGCNA原文WGCNA 从数千个基因的层面开始，识别临床上感兴趣的基因模块，最后使用模块内连接、基因显著性（例如基于基因表达谱与样本特征的相关性）来识别疾病通路中的关键基因，以进一步验证。WGCNA通过分析基因之间的关联性，将基因区分为多个模块。最后通过这些。
TCGA临床数据提取
04-12
自己编写程序，对TCGA的临床信息进行整理和提取，便于做生存分析
tcga数据下载_TCGA数据下载与ID转换
weixin_39783633的博客
11-19 1849
今天继续我们的TCGA数据分析系列。TCGA数据下载TCGA数据下载的方式有很多，本次我们利用UCSC Xena数据库下载数据.该平台内置了一些公共数据集，比如来自TCGA, ICGC等大型癌症研究项目的数据，不仅可以对数据进行分析，而且还提供了对应文件的下载功能。打开后界面是这样的点击DATA SETS，里面有很多数据集，我们选择TCGA肝癌数据接着我们选择HTSeq-Count这里可以看...
TCGA下载数据的3种方法
m0_66042749的博客
02-18 1594
新版TCGA下载数据的3种方法：①直接网站下载，通过cart购物车下载：速度快，但不能下载超过5G数据。②使用官方GDC-UI软件下载。可能会失败。③使用官方GDC-client软件下载。速度快，容易能成功。
TCGA数据库和GTEx数据库下载和表达矩阵整理
Laurus_Wang的博客
10-08 4784
整理TCGA和GTEx数据库，得到合并的表达矩阵
TCGA_测序数据下载
weixin_59289660的博客
03-21 2886
R包加载 library("TCGAbiolinks") 一、数据下载 1GDCquery筛选数据 query <- GDCquery(project = "TCGA-LIHC", data.category = "Transcriptome Profiling", data.type = "Gene Expression Quantification", workflow.t.
2024年TCGA基因表达数据下载(最新版)
ZxVSaccount的博客
09-16 2056
TCGA 全称 The Cancer Genome Atlas ，即癌症基因组图谱。它是一个大型的癌症研究项目，旨在通过对大量癌症患者的样本进行全面的基因组分析，来深入了解癌症的发生、发展机制。TCGA 收集了多种癌症类型的样本，包括肿瘤组织和正常组织，并对这些样本进行了基因测序、基因表达分析、DNA 甲基化分析等多种组学层面的研究。TCGA数据库中包含了多种肿瘤类型的数据，如乳腺癌、肺癌、结直肠癌、肾癌等，其中每个肿瘤类型的数据都是由不同实验室和机构采集和上传的，数据涵盖了。
TCGA数据集下载
最新发布
m0_54998120的博客
05-06 164
下载两个数据，一个sample sheet，一个是mainfest（这个文件结合gdc来下载数据）linux食用方法 工具下载好之后直接解压，在解压处输入指令即可开始下载。点击repository进入仓库，从左侧栏目中确定筛选条件。打开工具，导入mainfest文件，即可开始下载。-d out_directory用于指定输出文件。进入tcga官网时，不要用网页翻译，会出错。进入官网，点击感兴趣的组织部位。将选择的数据加入到购物车。点击CART进入下载页面。
从TCGA下载数据集
weixin_66309610的博客
10-24 1720
2.下载专用下载工具（1.从tcga官网（
TCGA数据库的利用（一）—— 数据下载
热门推荐
小张Python
04-20 4万+
前序还有1个多月就要毕业了，而在此之前需要顺利完成自己的毕设，因为对纯生物方向一点也不感兴趣，所以课题方向选的是生信—TCGA数据的利用，虽说本科专业与生物相关，但在整个大学期间基本就是在不挂科的情况下尽可能地与生物对着干，所以大学四年过后么，就有一种虽学生物、但毫不懂生物的状态。为了能够顺利拿到毕业证，经过这段时间的“刻苦钻研”也算是多少对于这方面有点了解，因此特地写个系列来巩固一下这方面知识的...
学习笔记 — TCGA 临床数据的下载与整理
swangee的博客
08-23 7817
TCGA数据库临床数据下载与整理
TCGA数据下载及全流程分析（更新中）
01-20
一、GDCRNATools包下载 首先下载R包 if (!requireNamespace(BiocManager, quietly = TRUE)) install.packages(BiocManager) BiocManager::install(GDCRNATools) 下载好之后运行，以COAD数据为例，下载： library(GDCRNATools) gdcRNADownload(project.id = TCGA-COADREAD, data.type = RNAseq, write.ma
TCGA-ACC-mRNA表达数据（TPM）-肾上腺癌表达及临床数据集整理
01-18
因此，在后续的生物信息学分析中，常常需要将TPM值转化为对数尺度，如描述中提到的"log2(TPM+1)"，这样可以减小数值范围，使得低表达基因更容易被识别，并且对数转换有助于数据的正态化，有利于进行统计检验。...
2024年第十届全国大学生统计建模大赛数据存放_TCGA-CRC.zip
09-11
在实际操作中，参赛者需要对数据进行清洗、整合、分析，并且建立适当的数学模型，最终输出研究结果。这一过程不仅考察参赛者的专业技能，也考验他们的逻辑思维和创新能力。 在准备过程中，参赛者应该熟悉相关的统计...
MATLAB代码教程：TCGA RNA-Seq临床数据分析处理
- 用户可以根据文档中的指导在自己的数据集上运行这些脚本，以进行RNA-Seq数据分析和临床数据处理。 - 存储库强调了数据预处理的重要性，并提供了标准化原始RNA-Seq数据的方法。 - 此类资源对癌症研究和基因组学领域...
新版TCGA数据转录组表达数据下载及整理（R语言）
weixin_52486108的博客
04-05 2万+
新版TCGA转录组数据整理——R语言（傻瓜式代码）
TCGA 数据下载 —— TCGAbiolinks 简单使用
dxs18459111694的博客
05-27 6495
前言数据查询harmonized 数据库1. 甲基化数据：复发肿瘤样本2. 查询甲基化和表达数据3. 查询原始数据获取 manifest 文件获取 ATAC-seq 数据数据下载与处理查询和下载数据GDCprepare下载 CNV 数据下载转录组数据下载 DNA 甲基化数据下载蛋白质组数据下载临床数据下载 SNV 数据下载单细胞数据是一个利用GDC API接口来查询、下载和分析TCGA数据库的数据的R包数据查询和下载数据的常规分析可视化该包可以从上安装稳定版本if (!或者从GitHub。
tcga数据下载_TCGA数据挖掘（二）：数据下载与整理
weixin_39850167的博客
11-19 4800
关于TCGA数据库中的数据下载，我们之前有介绍过R语言下载包：R语言TCGA-Assembler包下载TCGA数据，同时在介绍数据库的使用教程中也介绍了在线下载以及官方下载工具下载：TCGA数据库使用教程。在线下载以及官方下载工具下载的数据是分开的，每个样本的数据的独立的，需要自己合并，这需要会R，Python 或者 perl 等编程语言（文末补充内容介绍）。这里我们先介绍TCGAbiolinks...
R语言tcga数据下载和预处理
02-27
### 使用 R 语言下载和预处理 TCGA 数据的方法 #### 安装必要的包 为了能够顺利地访问和操作 TCGA 数据，在 R 中可以利用 `BiocManager` 来安装一些专门用于生物信息学研究的软件包。 ```r if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install(c("TCGAbiolinks", "maftools")) ``` #### 加载所需的库并设置工作环境 加载上述已安装好的工具箱，并初始化会话参数以便后续的数据获取与分析过程更加顺畅[^1]。 ```r library(TCGAbiolinks) library(maftools) options(stringsAsFactors = FALSE) set.seed(123456789L) # 设置随机种子以保证实验可重复性 ``` #### 构建查询条件 定义好要检索的具体癌症类型以及感兴趣的基因表达谱或其他特征，这里以乳腺浸润癌 (BRCA) 的体细胞突变情况为例说明。 ```r query <- GDCquery( project = "TCGA-BRCA", data.category = "Simple Nucleotide Variation", workflow.type = "MAF" ) ``` #### 执行数据请求 提交构建完成后的查询对象给 Genomic Data Commons (GDC)，等待服务器返回符合条件的结果列表。 ```r GDCdownload(query) files <- GDCprepare(query) mafFile <- files$fileName[1] ``` #### 预处理 MAF 文件 读取刚刚下载下来的变异注释文件(Mutation Annotation Format, MAF), 并对其进行初步清理转换成适合进一步统计分析的形式。 ```r mafData <- read.maf(maf = mafFile) summary(mafData@data[, c('Hugo_Symbol', 'Variant_Classification')]) head(topOncogenicMutations(mafData)) ``` 通过以上步骤已经成功实现了从网络上抓取公共数据库中的肿瘤样本资料到本地计算机，并完成了基本的质量控制措施。接下来可以根据具体的研究目的继续深入挖掘这些珍贵的信息资源了[^2]。
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