Elbow method确定聚类簇数（R语言）

聚类是单细胞下游分析中关键的一环，有助于识别细胞类型，分析细胞异质性，常见基础的聚类算法有kmeans、louvain、层次聚类、谱聚类等等，但确定簇数K的大小仍是一个难点。

可以通过elbow method（肘方法）绘制曲线，横坐标为聚类簇数K，纵坐标为每个数据点与聚类中心的欧式距离之和，具体计算如下：

随后找到一个距离首末两点连接直线距离最短的点，确定为elbow point。

cal_dist <- function(data,cluster_center){
   
  data <- t(data)
  min_dist <- c()
  for (n in c(1:nrow(data))) {
   
    dist <- c()
    for(cc in c(1:nrow(cluster_center))){
   
      dist <- c(dist,sqrt(sum((